Institución principal

Dirección institucional

Formación académica

• Concluida

  • Doctorado

    • Programa de Pós Graduação em Biologia Computacional e Sistemas (2012 - 2016)

      Fundação Oswaldo Cruz - Rio de Janeiro , Brasil
      Título de la disertación/tesis/defensa: Planejamento racional aplicado à busca e otimização de inibidores do HIV-1 e doença de Chagas
      Tutor/es: Ernesto Raúl Caffarena y Rafaela Salgado Ferreira
      Obtención del título: 2016
      Sitio web de la disertación/tesis/defensa: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/17690
      Financiación:
      CAPES , Brasil

    Maestría

    • Programa de Pós-Graduação em Ciências Computacionais (2010 - 2012)

      universidad estadual de rio de janeiro , Brasil
      Título de la disertación/tesis/defensa: Teoria de Controle Ótimo com Aplicações a Sistemas Biológicos
      Tutor/es: Maria Hermínia de Paula Leite Mello
      Obtención del título: 2012
      Sitio web de la disertación/tesis/defensa: http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/7687
      Financiación:
      Fundacao Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro , Brasil

  • Grado

    • Instituto de Matemática e Estatística (2005 - 2009)

      universidad estadual de rio de janeiro , Brasil
      Título de la disertación/tesis/defensa: Estudo matemático do efeito da poluição sobre populações de plantas aquáticas
      Tutor/es: Solange Rutz
      Obtención del título: 2009

Formación complementaria

• Concluida

  • Posdoctorados

    • Postdoctorado en Bioinformática (2018 - 2022)

      Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad Federal de Minas Gerais , Brasil
      Financiación:
      CAPES , Brasil

    • Postdoctorado en computación (2016 - 2017)

      Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad Federal de Minas Gerais , Brasil
      Financiación:
      CAPES , Brasil

Ciencias Naturales y Exactas

Ciencias Naturales y Exactas

Ciencias Naturales y Exactas

Sector Educación Superior/Público - Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas - Uruguay

Área Química (PEDECIBA)

• Vínculos con la Institución

  • Otro (07/2023 - a la fecha)

    15 horas semanales
    Investigadora Activa, Grado 3

Sector Organizaciones Privadas sin Fines de Lucro/Sociedades Científico-Tecnológicas - Institut Pasteur de Montevideo - Uruguay

Institut Pasteur de Montevideo / Laboratorio de Simulaciones Biomoleculares

• Vínculos con la Institución

  • Funcionario/Empleado (04/2022 - a la fecha)Trabajo relevante

    Investigadora adjunta 40 horas semanales / Dedicación total

• Actividades

  • Líneas de investigación

    • Implementación del método de pH constante utilizando el campo de fuerza SIRAH (04/2022 - a la fecha )

      Ph constante es una metodología de dinámica molecular que utiliza el parámetro de pH para muestrear protonaciones de residuos en proteínas. Usando campos de fuerza de grano grueso como SIRAH, podemos reducir los detalles del modelo a los grados de libertad básicos del sistema, lo que permite que las simulaciones atraviesen los límites más rápido.
      Aplicada
      40 horas semanales , Integrante del equipo
      Equipo: Lucianna Helene Silva Santos , Sergio Pantano
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Dinámica molecular
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / simulaciones grano grueso
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / interacciones proteína-proteína
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática estructural

    • Estabilidad de partículas virales por técnicas de modelado molecular y simulaciones (04/2022 - a la fecha )

      Con protocolos de simulación específicos, aplicamos diversas técnicas para estudiar la dinámica de maduración y activación de virus completos como Flavivirus y Circovirus.
      Aplicada
      40 horas semanales , Integrante del equipo
      Equipo: Lucianna Helene Silva Santos , Sergio Pantano
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / dinámica molecular
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / acoplamiento molecular
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / interacciones proteína-proteína
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática estructural

Sector Extranjero/Internacional/Otros - Brasil

Universidad Federal de Minas Gerais

• Vínculos con la Institución

  • Becario (02/2018 - 03/2022)Trabajo relevante

    Postdoctorado 40 horas semanales / Dedicación total

• Actividades

  • Líneas de investigación

    • Estudio de sitios de del complejo NS2B-NS3 del virus ZIKA (03/2020 - 03/2022 )

      Aplicación de dinámica molecular a los sitios activos y alostéricos del complejo NS2B-NS3 del virus del Zika para descubrir interacciones importantes.
      Aplicada
      30 horas semanales , Integrante del equipo
      Equipo: Lucianna Helene Silva Santos

    • Desarrollo de fármacos asistido por métodos computacionales (02/2018 - 02/2020 )

      Uso de métodos computacionales como modelado molecular, cálculo de propiedades físico-químicas, acoplamiento molecular y dinámica molecular para el descubrimiento de compuestos activos para la enfermedad de Chagas, enfermedad del sueño y Zika.
      Aplicada
      30 horas semanales , Integrante del equipo
      Equipo: Lucianna Helene Silva Santos

  • Proyectos de investigación y desarrollo

    • Desarrollo de fármacos basado en estructuras: producción y caracterización de la estructura tridimensional de posibles estructuras moleculares en complejo con candidatos a fármacos contra covid-19 (07/2020 - 03/2022 )

      La pandemia mundial de COVID-19 provocada por la coronavirus SARS-CoV-2 exige con urgencia nuevos antivirales. La proteasa principal (Mpro) y la proteasa similar a la papaína (PLpro) son objetivos farmacológicos atractivos entre los coronavirus debido a su papel esencial en el procesamiento de las poliproteínas traducidas del virus ARN. En este estudio, examinamos virtualmente compuestos y derivados frente a Mpro y PLpro del SARS-CoV-2. Los compuestos seleccionados se evalúan en ensayos bioquímicos para confirmar nuevas clases de inhibidores específicos de Mpro y PLpro.
      30 horas semanales
      Investigación
      Integrante del Equipo
      Concluido
      RRHH formados en el proyecto:
      Maestría/Magister:3
      Doctorado:2
      Financiación:
      CAPES/CNPq/MEC, Brasil, Apoyo financiero
      Equipo: Lucianna Helene Silva Santos
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Bioquímica y Biología Molecular /

    • Aplicación de cálculos de cambio de energía libre basados en dinámica molecular en el descubrimiento de fármacos (03/2020 - 03/2022 )

      El objetivo principal de este proyecto es proponer nuevos inhibidores competitivos para las principales dianas de enfermedades desatendidas como la enfermedad de Chagas (Cruzaína), Zika (NS3) y la enfermedad del sueño (Rhodesaína), utilizando enfoques in silico de bioinformática estructural y biología computacional. Con estos enfoques se obtendrán estimaciones de afinidad de decenas de moléculas dentro de una campaña de optimización de uno o un pequeño grupo de prototipos. Se llevarán a cabo los siguientes pasos: (i) cuantificar el proceso de unión de pequeños sistemas de un receptor biológico y una pequeña molécula orgánica, haciendo un total de alrededor de 50.000 partículas, para decenas de moléculas seleccionadas mediante la técnica de fuerza de polarización adaptativa; (ii) proponer modificaciones estructurales en compuestos con similitud a los compuestos líderes más prometedores, creando posibles análogos optimizados de la serie; (iii) Evaluar la diferencia de afinidad entre los compuestos generados a partir del cálculo de la perturbación de energía libre, con el fin de priorizar entre los análogos para la evaluación experimental
      20 horas semanales
      Investigación
      Integrante del Equipo
      Concluido
      RRHH formados en el proyecto:
      Maestría/Magister:1
      Doctorado:3
      Financiación:
      CAPES/CNPq/MEC, Brasil, Apoyo financiero
      Equipo: Lucianna Helene Silva Santos
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Bioquímica y Biología Molecular /

    • Desarrollo de inhibidores de proteasas para el tratamiento de enfermedades desatendidas (02/2018 - 02/2020 )

      En este proyecto pretendemos obtener compuestos para el tratamiento de las enfermedades de Chagas y Zika, enfermedades desatendidas para las que urge desarrollar nuevas terapias. Se proponen estrategias basadas en estructuras moleculares esenciales para los agentes etiológicos: proteasas de cruzaína de Trypanosoma cruzi y NS2B-NS3 del virus Zika (NS2B-NS3ZV). De esta forma, el objetivo general de la propuesta es la optimización de inhibidores enzimáticos en cuanto a su potencia frente a enzimas y actividad en modelos celulares, mediante un enfoque moderno de química médica y computacional, el diseño racional de fármacos en base a la estructura de las proteínas. Se utilizarán como puntos de partida inhibidores de cruzaina descubiertos recientemente en nuestro grupo de investigación e inhibidores de NS2B-NS3ZV u otras proteasas homólogas de otros flavivirus, ya descritos en la literatura.
      30 horas semanales
      Investigación
      Integrante del Equipo
      Concluido
      RRHH formados en el proyecto:
      Maestría/Magister:2
      Doctorado:3
      Financiación:
      CAPES/CNPq/MEC, Brasil, Apoyo financiero
      Equipo: Lucianna Helene Silva Santos
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Bioquímica y Biología Molecular /

Producción bibliográfica

• Artículos publicados

  • Arbitrados

    • Structural and dynamic properties of guanosine-analog binding to 2′-deoxyguanosine-II riboswitch: a computational study (Completo, 2025)

      DEBORAH ANTUNES , LUCIANNA H. S. SANTOS , ERNESTO RAUL CAFFARENA , ANA CAROLINA RAMOS GUIMARÃES
      Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, v.: 43 p.:9654 - 9675, 2025
      Medio de divulgación: Internet
      Lugar de publicación: United kingdom
      ISSN: 07391102
      E-ISSN: 15380254
      DOI: 10.1080/07391102.2025.2530092
      https://doi.org/10.1080/07391102.2025.2530092
      
      

    • SIRAH Tools GUI: An Intuitive Interface for the Analysis of CG Simulations (Completo, 2025)

      ANDRÉS BALLESTEROS-CASALLAS , ANTONELLA ALBA , JORGE CANTERO , MARTÍN SOÑORA , LUCIANNA H. S. SANTOS , SERGIO PANTANO
      Journal of Chemical Information and Modeling, v.: 65 p.:10797 - 10802, 2025
      Medio de divulgación: Internet
      Lugar de publicación: United states
      ISSN: 15499596
      E-ISSN: 1549960X
      DOI: 10.1021/acs.jcim.5c01226
      https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c01226
      
      

    • Coarse?Grained DNA Models: Bridging Scales Through Extended Dynamics (Reseña, 2025)

      MARTÍN SOÑORA , LUCIANNA HELENE SILVA SANTOS , ANTONELLA ALBA , ANDRÉS BALLESTEROS?CASALLAS , SERGIO PANTANO
      Wiley Interdisciplinary Reviews Computational Molecular Science, v.: 15 2025
      Escrito por invitación
      E-ISSN: 17590884
      DOI: 10.1002/wcms.70028
      https://doi.org/10.1002/wcms.70028
      
      

    • Challenges in simulating whole virus particles and how to fix them with the SIRAH force field (Completo, 2025)Trabajo relevante

      LUCIANNA HELENE SILVA SANTOS , SERGIO PANTANO
      Biophysical Reviews, 2025
      Lugar de publicación: Germany
      Escrito por invitación
      ISSN: 18672450
      E-ISSN: 18672469
      DOI: 10.1007/s12551-025-01305-x
      https://doi.org/10.1007/s12551-025-01305-x
      
      

    • Unraveling Common Patterns and Differences among Cruzipains through Molecular Dynamics Simulations and Structural Analyses (Completo, 2025)

      LUCIANNA HELENE S. SANTOS , AUGUSTO CÉSAR BROILO CAMPOS , VIVIANE CORRÊA SANTOS , ALEXANDRE VICTOR FASSIO , MAURÍCIO G. S. COSTA , RAFAELA SALGADO FERREIRA
      ACS Omega, 2025
      Lugar de publicación: United states
      E-ISSN: 24701343
      DOI: 10.1021/acsomega.5c01876
      https://doi.org/10.1021/acsomega.5c01876
      
      

    • Understanding fungal and plant active urea transport systems: Keys from Aspergillus nidulans and beyond (Completo, 2024)

      ANA RAMÓN , MANUEL SANGUINETTI , LUCIANNA HELENE SILVA SANTOS , SOTIRIS AMILLIS
      Biochemical and Biophysical Research Communications, v.: 735 p.:150801 2024
      Lugar de publicación: United states
      Escrito por invitación
      ISSN: 0006291X
      E-ISSN: 10902104
      DOI: 10.1016/j.bbrc.2024.150801
      https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2024.150801
      
      

    • Pouring SIRAH on NAMD (Completo, 2024)

      JORGE CANTERO , ANDRÉS BALLESTEROS-CASALLAS , LUCIANNA H. S. SANTOS , MARGOT PAULINO , SERGIO PANTANO
      The Journal of Physical Chemistry B, v.: 128 p.:11971 - 11980, 2024
      Lugar de publicación: United states
      Escrito por invitación
      ISSN: 15206106
      E-ISSN: 15205207
      DOI: 10.1021/acs.jpcb.4c03278
      https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.4c03278
      
      

    • Structural Characterization and Rat Aortic Vascular Reactivity of Bradykinin-Potentiating Peptides (BPPs) from the Snake Venom of Bothrops moojeni from Delta do Parnaíba Region, Brazil (Completo, 2024)

      SAMUEL R. COSTA , ANDREANNE G. VASCONCELOS , JOSÉ OTÁVIO C. S. ALMEIDA , DANIEL D. R. ARCANJO , ANDERSON DEMATEI , EDER A. BARBOSA , PEDRO COSTA SILVA , THIAGO NASCIMENTO , LUCIANNA H. SANTOS , PETER EATON , JOSÉ ROBERTO S. DE A. LEITE , GUILHERME D. BRAND
      Journal of Natural Products, v.: 87 p.:820 - 830, 2024
      Lugar de publicación: United states
      ISSN: 01633864
      E-ISSN: 15206025
      DOI: 10.1021/acs.jnatprod.3c00991
      https://doi.org/10.1021/acs.jnatprod.3c00991
      
      

    • Structure-based discovery of thiosemicarbazones as SARS-CoV-2 main protease inhibitors (Completo, 2023)

      VINÍCIUS GONÇALVES MALTAROLLO , ELANY BARBOSA DA SILVA , THALES KRONENBERGER , MARINA MOL SENA ANDRADE , GABRIEL V DE LIMA MARQUES , NEREU J CÂNDIDO OLIVEIRA , LUCIANNA H SANTOS , CELSO DE OLIVEIRA REZENDE JÚNIOR , ANA C CASSIANO MARTINHO , DANIELLE SKINNER , PAVLA FAJTOVÁ , THAÍS H M FERNANDES , EDUARDO DA SILVEIRA DOS SANTOS , POLIANA A RODRIGUES GAZOLLA , ANA P MARTINS DE SOUZA , MILENE LOPES DA SILVA , FABÍOLA S DOS SANTOS , STEFÂNIA N LAVORATO , ANA C OLIVEIRA BRETAS , DIOGO TEIXEIRA CARVALHO , LUCAS LOPARDI FRANCO , STEPHANIE LUEDTKE , MIRIAM A GIARDINI , ANTTI POSO , LUIZ C DIAS , LARISSA M PODUST , RICARDO J ALVES , JAMES MCKERROW , SAULO F ANDRADE , RÓBSON R TEIXEIRA , JAIR L SIQUEIRA-NETO , ANTHONY O?DONOGHUE , RENATA B DE OLIVEIRA , RAFAELA S FERREIRA
      Future Medicinal Chemistry, v.: 15 p.:959 - 985, 2023
      Lugar de publicación: United kingdom
      ISSN: 17568919
      E-ISSN: 17568927
      DOI: 10.4155/fmc-2023-0034
      http://dx.doi.org/10.4155/fmc-2023-0034
      
      

    • Pragmatic Coarse-Graining of Proteins: Models and Applications (Completo, 2023)

      LUÍS BORGES-ARAÚJO , ILIAS PATMANIDIS , AKHIL P. SINGH , LUCIANNA H. S. SANTOS , ADAM K. SIERADZAN , STEFANO VANNI , CEZARY CZAPLEWSKI , SERGIO PANTANO , WATARU SHINODA , LUCA MONTICELLI , ADAM LIWO , SIEWERT J. MARRINK , PAULO C. T. SOUZA
      Journal of Chemical Theory and Computation, v.: 19 p.:7112 - 7135, 2023
      Medio de divulgación: Internet
      Lugar de publicación: United states
      ISSN: 15499618
      E-ISSN: 15499626
      DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00733
      http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.3c00733
      
      

    • Evaluating Known Zika Virus NS2B-NS3 Protease Inhibitor Scaffolds via In Silico Screening and Biochemical Assays (Completo, 2023)Trabajo relevante

      LUCIANNA H. SANTOS , RAFAEL E. O. ROCHA , DIEGO L. DIAS , BEATRIZ M. R. M. RIBEIRO , MATEUS SÁ M. SERAFIM , JÔNATAS S. ABRAHÃO , RAFAELA S. FERREIRA
      Pharmaceuticals, v.: 16 p.:1319 2023
      Medio de divulgación: Internet
      Lugar de publicación: Switzerland
      E-ISSN: 14248247
      DOI: 10.3390/ph16091319
      http://dx.doi.org/10.3390/ph16091319
      
      

    • Structure-based discovery of novel cruzain inhibitors with distinct trypanocidal activity profiles (Completo, 2023)

      VIVIANE CORRÊA SANTOS , PAULO GAIO LEITE , LUCIANNA HELENE SANTOS , PEDRO GERALDO PASCUTTI , PETER KOLB , FABIANA SIMÃO MACHADO , RAFAELA SALGADO FERREIRA
      European Journal of Medicinal Chemistry, v.: 257 p.:115498 2023
      Lugar de publicación: Netherlands
      ISSN: 02235234
      E-ISSN: 17683254
      DOI: 10.1016/j.ejmech.2023.115498
      http://dx.doi.org/10.1016/j.ejmech.2023.115498
      
      

    • The SIRAH force field: A suite for simulations of complex biological systems at the coarse-grained and multiscale levels (Completo, 2023)

      FLORENCIA KLEIN , MARTÍN SOÑORA , LUCIANNA HELENE SANTOS , EZEQUIEL NAZARENO FRIGINI , ANDRÉS BALLESTEROS-CASALLAS , MATÍAS RODRIGO MACHADO , SERGIO PANTANO
      Journal of Structural Biology, v.: 215 p.:107985 2023
      Lugar de publicación: United states
      ISSN: 10478477
      E-ISSN: 10958657
      DOI: 10.1016/j.jsb.2023.107985
      http://dx.doi.org/10.1016/j.jsb.2023.107985
      
      

    • Bacterial 2?-Deoxyguanosine Riboswitch Classes as Potential Targets for Antibiotics: A Structure and Dynamics Study (Completo, 2022)

      DEBORAH ANTUNES , LUCIANNA H. S. SANTOS , ERNESTO RAUL CAFFARENA , ANA CAROLINA RAMOS GUIMARÃES
      International Journal of Molecular Sciences, v.: 23 p.:1925 2022
      Lugar de publicación: Switzerland
      E-ISSN: 14220067
      DOI: 10.3390/ijms23041925
      http://dx.doi.org/10.3390/ijms23041925
      
      

    • Substrate Recognition Properties from an Intermediate Structural State of the UreA Transporter (Completo, 2022)Trabajo relevante

      MANUEL SANGUINETTI , LUCIANNA HELENE SILVA SANTOS , JULIETTE DOURRON , CATALINA ALAMÓN , JUAN IDIARTE , SOTIRIS AMILLIS , SERGIO PANTANO , ANA RAMÓN
      International Journal of Molecular Sciences, v.: 23 p.:16039 2022
      Lugar de publicación: Switzerland
      E-ISSN: 14220067
      DOI: 10.3390/ijms232416039
      http://dx.doi.org/10.3390/ijms232416039
      
      

    • Structure-Based Identification of Naphthoquinones and Derivatives as Novel Inhibitors of Main Protease M^pro and Papain-like Protease PL^pro of SARS-CoV-2 (Completo, 2022)Trabajo relevante

      LUCIANNA H. SANTOS , THALES KRONENBERGER , RENATA G. ALMEIDA , ELANY B. SILVA , RAFAEL E. O. ROCHA , JOYCE C. OLIVEIRA , LUIZA V. BARRETO , DANIELLE SKINNER , PAVLA FAJTOVÁ , MIRIAM A. GIARDINI , BRENDON WOODWORTH , CONNER BARDINE , ANDRÉ L. LOURENÇO , CHARLES S. CRAIK , ANTTI POSO , LARISSA M. PODUST , JAMES H. MCKERROW , JAIR L. SIQUEIRA-NETO , ANTHONY J. O?DONOGHUE , EUFRÂNIO N. DA SILVA JÚNIOR , RAFAELA S. FERREIRA
      Journal of Chemical Information and Modeling, v.: 62 p.:6553 - 6573, 2022
      Lugar de publicación: United states
      ISSN: 15499596
      E-ISSN: 1549960X
      DOI: 10.1021/acs.jcim.2c00693
      http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00693
      
      

    • Thermostabilizing mechanisms of canonical single amino acid substitutions at a GH1 ??glucosidase probed by multiple MD and computational approaches (Completo, 2022)

      RAFAEL EDUARDO OLIVEIRA ROCHA , DIEGO CÉSAR BATISTA MARIANO , TIAGO SILVA ALMEIDA , LEON SULFIERRY CORRÊACOSTA , PEDRO HENRIQUE CAMARGO FISCHER , LUCIANNA HELENE SANTOS , ERNESTO RAUL CAFFARENA , CARLOS HENRIQUE DA SILVEIRA , LEONIDA M. LAMP , MONICA LISA FERNANDEZ?QUINTERO , KLAUS ROMAN LIEDL , RAQUEL CARDOSO DE MELO?MINARDI , LEONARDO HENRIQUE FRANÇA DE LIMA
      Proteins Structure Function and Bioinformatics, v.: 91 p.:218 - 236, 2022
      Lugar de publicación: United states
      ISSN: 08873585
      E-ISSN: 10970134
      DOI: 10.1002/prot.26424
      http://dx.doi.org/10.1002/prot.26424
      
      

    • BR-bombesin: a novel bombesin-related peptide from the skin secretion of the Chaco tree frog (Boana raniceps) with physiological gastric effects (Completo, 2022)

      NAYARA ALVES DE SOUSA , MARIELA M. MARANI , ANDRÉ LUÍS FERNANDES LOPES , EMANUELLE MORAIS SILVA , EDER ALVES BARBOSA , ANDREANNE GOMES VASCONCELOS , FELIPE T. B. KUZNIEWSKI , SUELLEN SOUSA LUSTOSA , KARINA PEREIRA GOMES , DIEGO BASILE COLUGNATI , JEFFERSON A. ROCHA , LUCIANNA HELENE SANTOS , MARCELO P. BENQUERER , PATRICK QUELEMES , LEIZ VÉRAS , DANIEL C. MOREIRA , KALINNE KELLY LIMA GADELHA , PEDRO JORGE CALDAS MAGALHÃES , ALEXANDRA PLÁCIDO , PETER EATON , LUCAS NICOLAU , JAND VENES R. MEDEIROS , JOSÉ R. S. A. LEITE
      Amino Acids, v.: 54 p.:733 - 747, 2022
      Lugar de publicación: Germany
      ISSN: 09394451
      E-ISSN: 14382199
      DOI: 10.1007/s00726-021-03114-4
      http://dx.doi.org/10.1007/s00726-021-03114-4
      
      

    • Characterization of an Allosteric Pocket in Zika Virus NS2B-NS3 Protease (Completo, 2022)

      NAIÁ PORÃ SANTOS , LUCIANNA HELENE SANTOS , MARIANA TORQUATO QUEZADO DE MAGALHÃES , JIAN LEI , ROLF HILGENFELD , RAFAELA SALGADO FERREIRA , LUCAS BLEICHER
      Journal of Chemical Information and Modeling, v.: 62 p.:945 - 957, 2022
      Lugar de publicación: United states
      ISSN: 15499596
      E-ISSN: 1549960X
      DOI: 10.1021/acs.jcim.1c01326
      http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.1c01326
      
      

    • Rad5 HIRAN domain: Structural insights into its interaction with ssDNA through molecular modeling approaches (Completo, 2022)

      BRUNO M. SILVA , LUCIANNA H. SANTOS , JOÃO PAULO P. DE ALMEIDA , MARIANA T. Q. DE MAGALHÃES
      Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, p.:1 - 14, 2022
      Lugar de publicación: United kingdom
      ISSN: 07391102
      E-ISSN: 15380254
      DOI: 10.1080/07391102.2022.2045222
      http://dx.doi.org/10.1080/07391102.2022.2045222
      
      

    • Synoeca?MP: New insights into its mechanism of action by using NMR and molecular dynamics simulations approach (Completo, 2022)

      ELIANE SANTANA FERNANDES ALVES , BRUNO DE PAULA OLIVEIRA DE SANTOS , LETICIA VALVASSORI RODRIGUES , CARLOS DANIEL PEREIRA FREITAS , LUCIANNA HELENE SILVA DOS SANTOS , SIMONI CAMPOS DIAS , OCTÁVIO LUIZ FRANCO , LUCIANO MORAIS LIÃO , MARIANA TORQUATO QUEZADO DE MAGALHÃES
      Peptide Science, v.: 115 2022
      E-ISSN: 24758817
      DOI: 10.1002/pep2.24293
      http://dx.doi.org/10.1002/pep2.24293
      
      

    • pH and non-covalent ligand binding modulate Zika virus NS2B/NS3 protease binding site residues: Discoveries from MD and constant pH MD simulations (Completo, 2021)Trabajo relevante

      LUCIANNA H. SANTOS , ERNESTO R. CAFFARENA , RAFAELA S. FERREIRA
      Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, v.: 40 p.:10359 - 10372, 2021
      Lugar de publicación: United kingdom
      ISSN: 07391102
      E-ISSN: 15380254
      DOI: 10.1080/07391102.2021.1943528
      http://dx.doi.org/10.1080/07391102.2021.1943528
      
      

    • Propedia: a database for protein?peptide identification based on a hybrid clustering algorithm (Completo, 2021)

      PEDRO M. MARTINS , LUCIANNA H. SANTOS , DIEGO MARIANO , FELIPPE C. QUEIROZ , LUANA L. BASTOS , ISABELA DE S. GOMES , PEDRO H. C. FISCHER , RAFAEL E. O. ROCHA , SABRINA A. SILVEIRA , LEONARDO H. F. DE LIMA , MARIANA T. Q. DE MAGALHÃES , MARIA G. A. OLIVEIRA , RAQUEL C. DE MELO-MINARDI
      BMC Bioinformatics, v.: 22 2021
      Lugar de publicación: United kingdom
      E-ISSN: 14712105
      DOI: 10.1186/s12859-020-03881-z
      http://dx.doi.org/10.1186/s12859-020-03881-z
      
      

    • ToxAnalyzer: A user-friendly web tool for interactive data analysis and visualization of chemical compounds from the Comparative Toxicogenomics Database (CTD)? (Completo, 2021)

      DANIEL RIBEIRO RODRIGUES , DIEGO CÉSAR BATISTA MARIANO , LUCIANNA HELENE SILVA SANTOS , CARLOS ALBERTO TAGLIATI
      Computational Toxicology, v.: 19 p.:100170 2021
      ISSN: 24681113
      DOI: 10.1016/j.comtox.2021.100170
      http://dx.doi.org/10.1016/j.comtox.2021.100170
      
      

    • Shared Binding Mode of Perrottetinene and Tetrahydrocannabinol Diastereomers inside the CB1 Receptor May Incentivize Novel Medicinal Drug Design: Findings from an in Silico Assay (Completo, 2020)

      MATHEUS HENRIQUE REIS , DEBORAH ANTUNES , LUCIANNA H. S. SANTOS , ANA CAROLINA RAMOS GUIMARÃES , ERNESTO RAUL CAFFARENA
      ACS Chemical Neuroscience, v.: 11 p.:4289 - 4300, 2020
      Lugar de publicación: United states
      E-ISSN: 19487193
      DOI: 10.1021/acschemneuro.0c00547
      http://dx.doi.org/10.1021/acschemneuro.0c00547
      
      

    • Proteus: An algorithm for proposing stabilizing mutation pairs based on interactions observed in known protein 3D structures (Completo, 2020)

      JOSÉ RENATO M. S. BARROSO , DIEGO MARIANO , SANDRO R. DIAS , RAFAEL E. O. ROCHA , LUCIANNA H. SANTOS , RONALDO A. P. NAGEM , RAQUEL C. DE MELO-MINARDI
      BMC Bioinformatics, v.: 21 2020
      Lugar de publicación: United kingdom
      E-ISSN: 14712105
      DOI: 10.1186/s12859-020-03575-6
      http://dx.doi.org/10.1186/s12859-020-03575-6
      
      

    • Profiling selectivity of chagasin mutants towards cysteine proteases cruzain or cathepsin L through molecular dynamics simulations (Completo, 2020)

      NÚBIA PRATES TOMAN , ANNA SOPHIA KAMENIK , LUCIANNA HELENE SANTOS , FLORIAN HOFER , KLAUS R. LIEDL , RAFAELA SALGADO FERREIRA
      Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, v.: 39 p.:5940 - 5952, 2020
      Lugar de publicación: United kingdom
      ISSN: 07391102
      E-ISSN: 15380254
      DOI: 10.1080/07391102.2020.1796797
      http://dx.doi.org/10.1080/07391102.2020.1796797
      
      

    • Structural insights into NS5B protein of novel equine hepaciviruses and pegiviruses complexed with polymerase inhibitors (Completo, 2020)

      PEDRO PEREIRA LIRA FURTADO DE ALBUQUERQUE , LUCIANNA H.S. SANTOS , DEBORAH ANTUNES , ERNESTO RAUL CAFFARENA , ANDREZA SORIANO FIGUEIREDO
      Virus Research, v.: 278 p.:197867 2020
      Lugar de publicación: Netherlands
      ISSN: 01681702
      DOI: 10.1016/j.virusres.2020.197867
      http://dx.doi.org/10.1016/j.virusres.2020.197867
      
      

    • Insights into the Mechanism of Ethionamide Resistance in Mycobacterium tuberculosis through an in silico Structural Evaluation of EthA and Mutants Identified in Clinical Isolates (Completo, 2020)

      VINICIUS CARIUS DE SOUZA , DEBORAH ANTUNES , LUCIANNA H.S. SANTOS , PRISCILA VANESSA ZABALA CAPRILES GOLIATT , ERNESTO RAUL CAFFARENA , ANA CAROLINA RAMOS GUIMARÃES , TECA CALCAGNO GALVÃO
      Catalysts, v.: 10 p.:543 2020
      Lugar de publicación: Switzerland
      E-ISSN: 20734344
      DOI: 10.3390/catal10050543
      http://dx.doi.org/10.3390/catal10050543
      
      

    • Glutant?ase: a database for improving the rational design of glucose-tolerant ?-glucosidases (Completo, 2020)

      DIEGO MARIANO , NAIARA PANTUZA , LUCIANNA H. SANTOS , RAFAEL E. O. ROCHA , LEONARDO H. F. DE LIMA , LUCAS BLEICHER , RAQUEL CARDOSO DE MELO-MINARDI
      BMC Molecular and Cell Biology, v.: 21 2020
      E-ISSN: 26618850
      DOI: 10.1186/s12860-020-00293-y
      http://dx.doi.org/10.1186/s12860-020-00293-y
      
      

    • Antigenic and Substrate Preference Differences between Scorpion and Spider Dermonecrotic Toxins, a Comparative Investigation (Completo, 2020)

      RAMLA BEN YEKHLEF , LIZA FELICORI , LUCIANNA HELENE SANTOS , CAMILA F. B. OLIVEIRA , RAOUDHA FADHLOUN , ELHAM TORABI , DELAVAR SHAHBAZZADEH , KAMRAN POOSHANG BAGHERI , RAFAELA SALGADO FERREIRA , LAMIA BORCHANI
      Toxins, v.: 12 p.:631 2020
      Lugar de publicación: Switzerland
      E-ISSN: 20726651
      DOI: 10.3390/toxins12100631
      http://dx.doi.org/10.3390/toxins12100631
      
      

    • Benzimidazole inhibitors of the major cysteine protease of Trypanosoma brucei (Completo, 2019)

      GLAÉCIA AN PEREIRA , LUCIANNA H SANTOS , STEVEN C WANG , LUAN C MARTINS , FILIPE S VILLELA , WEITING LIAO , MARCO A DESSOY , LUIZ C DIAS , ADRIANO D ANDRICOPULO , MARIANA AF COSTA , RONALDO AP NAGEM , CONOR R CAFFREY , KLAUS R LIEDL , ERNESTO R CAFFARENA , RAFAELA S FERREIRA
      Future Medicinal Chemistry, v.: 11 p.:1537 - 1551, 2019
      Lugar de publicación: United kingdom
      ISSN: 17568919
      E-ISSN: 17568927
      DOI: 10.4155/fmc-2018-0523
      http://dx.doi.org/10.4155/fmc-2018-0523
      
      

    • A Computational Method to Propose Mutations in Enzymes Based on Structural Signature Variation (SSV) (Completo, 2019)

      DIEGO MARIANO , LUCIANNA SANTOS , KARINA MACHADO , ADRIANO WERHLI , LEONARDO DE LIMA , RAQUEL DE MELO-MINARDI
      International Journal of Molecular Sciences, v.: 20 p.:333 2019
      Lugar de publicación: Switzerland
      E-ISSN: 14220067
      DOI: 10.3390/ijms20020333
      http://dx.doi.org/10.3390/ijms20020333
      
      

    • Introducing Programming Skills for Life Science Students (Completo, 2019)

      DIEGO MARIANO , PEDRO MARTINS , LUCIANNA HELENE SANTOS , RAQUEL CARDOSO DE MELO??MINARDI
      Biochemistry and Molecular Biology Education, v.: 47 p.:288 - 295, 2019
      Lugar de publicación: United states
      ISSN: 14708175
      E-ISSN: 15393429
      DOI: 10.1002/bmb.21230
      http://dx.doi.org/10.1002/bmb.21230
      
      

    • nAPOLI: a graph-based strategy to detect and visualize conserved protein-ligand interactions in large-scale (Completo, 2019)

      ALEXANDRE VICTOR FASSIO , LUCIANNA H. SANTOS , SABRINA A. SILVEIRA , RAFAELA S. FERREIRA , RAQUEL CARDOSO DE MELO-MINARDI
      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, p.:1 - 1, 2019
      Lugar de publicación: United states
      ISSN: 15455963
      E-ISSN: 15579964
      DOI: 10.1109/tcbb.2019.2892099
      http://dx.doi.org/10.1109/tcbb.2019.2892099
      
      

    • Proteingo: Motivation, user experience, and learning of molecular interactions in biological complexes (Completo, 2019)

      MARCOS F.M. SILVA , PEDRO M. MARTINS , DIEGO C.B. MARIANO , LUCIANNA HELENE SANTOS , ISABELA PASTORINI , NAIARA PANTUZA , CRISTIANE N. NOBRE , RAQUEL C. DE MELO-MINARDI
      Entertainment Computing, v.: 29 p.:31 - 42, 2019
      Lugar de publicación: Netherlands
      ISSN: 18759521
      DOI: 10.1016/j.entcom.2018.11.001
      http://dx.doi.org/10.1016/j.entcom.2018.11.001
      
      

    • Studying effects of different protonation states of His11 and His102 in ribose-5-phosphate isomerase of Trypanosoma cruzi: an example of cooperative behavior (Completo, 2019)

      RAFAEL F. SOARES , DEBORAH ANTUNES , LUCIANNA H. S. SANTOS , GISELE VIEIRA ROCHA , LEONARDO SOARES BASTOS , ANA CAROLINA R. GUIMARÃES , ERNESTO R. CAFFARENA
      Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, v.: 38 p.:2047 - 2056, 2019
      Lugar de publicación: United kingdom
      ISSN: 07391102
      E-ISSN: 15380254
      DOI: 10.1080/07391102.2019.1626769
      http://dx.doi.org/10.1080/07391102.2019.1626769
      
      

    • Thiophenacetamide as a potential modulator to NF-?B: structure and dynamics study using in silico and molecular biology assays (Completo, 2018)

      VANESSA S. SILVA , FATIMA M. VERGARA , LEONARDO N. SEITO , DEBORAH ANTUNES , LUCIANNA H. S. SANTOS , MARIA G. HENRIQUES , ERNESTO R. CAFFARENA
      Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, v.: 37 p.:4395 - 4406, 2018
      Lugar de publicación: United kingdom
      ISSN: 07391102
      E-ISSN: 15380254
      DOI: 10.1080/07391102.2018.1552623
      http://dx.doi.org/10.1080/07391102.2018.1552623
      
      

    • Characterization of glucose-tolerant ?-glucosidases used in biofuel production under the bioinformatics perspective: a systematic review (Completo, 2017)

      D.C.B. MARIANO , C. LEITE , L.H.S. SANTOS , L.F. MARINS , K.S. MACHADO , A.V. WERHLI , L.H.F. LIMA , R.C. DE MELO-MINARDI
      Genetics and Molecular Research, v.: 16 2017
      Lugar de publicación: Brazil
      E-ISSN: 16765680
      DOI: 10.4238/gmr16039740
      http://dx.doi.org/10.4238/gmr16039740
      
      

    • Computational drug design strategies applied to the modelling of human immunodeficiency virus-1 reverse transcriptase inhibitors (Completo, 2015)

      LUCIANNA HELENE SANTOS , RAFAELA SALGADO FERREIRA , ERNESTO RAÚL CAFFARENA
      Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v.: 110 p.:847 - 864, 2015
      Lugar de publicación: Brazil
      E-ISSN: 00740276
      DOI: 10.1590/0074-02760150239
      http://dx.doi.org/10.1590/0074-02760150239
      
      

    • Global and Local Controllability (Completo, 2014)

      MARIA HERMINIA DE PAULA LEITE MELLO , LUCIANNA HELENE SILVA DOS SANTOS
      Boletim da Sociedade Paranaense de Matemática, v.: 32 p.:27 2014
      ISSN: 00378712
      E-ISSN: 21751188
      DOI: 10.5269/bspm.v32i1.16899
      http://dx.doi.org/10.5269/bspm.v32i1.16899
      
      

Producción técnica

• Otras Producciones

  • Cursos de corta duración dictados

    • Docking Molecular (2020)

      Lucianna Helene Silva Santos
      Extensión extracurricular
      País: Brasil
      Idioma: Portugués
      

    • Tópicos em Bioinformática II - Software R para modelagem molecular (2019)

      Lucianna Helene Silva Santos
      Otro
      País: Brasil
      Idioma: Portugués
      Tipo de participación: Docente
      

    • Tópicos em Bioinformática II - Software R para modelagem molecular (2018)

      Lucianna Helene Silva Santos
      Otro
      País: Brasil
      Idioma: Portugués
      

    • Tópicos Especiais em Ciência da Computação - Práticas em docking molecular e virtual screening (2017)

      Lucianna Helene Silva Santos
      Otro
      País: Brasil
      Idioma: Portugués
      

• Formación de RRHH

  • Tutorías concluidas

    • Posgrado

      • Caracterização estrutural de subtipos de cruzipaína por modelagem molecular (2020 - 2023)

        Tesis de maestria
        Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad Federal de Minas Gerais , Brasil
        Programa: Pós-graduação em Bioquímica e Imunologia.
        Tipo de orientación: Cotutor ( Lucianna Helene Silva Santos )
        Nombre del orientado: Augusto César Broilo Campos
        País: Brasil

      • Análise in silico da ligação do sítio polibásico de sars-cov-2 a serina proteases relacionadas a furina através de docagem e dinâmica molecular, indicando contatos possivelmente relevantes (2020 - 2022)

        Tesis de maestria
        Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad Federal de Minas Gerais , Brasil
        Programa: Programa de Pós-Graduação em Bioinformática
        Tipo de orientación: Cotutor ( Lucianna Helene Silva Santos )
        Nombre del orientado: Arthur Pereira da Fonseca
        País: Brasil

      • Domínio HIRAN: variações estruturais e suas implicações na interação com ssDNA (2018 - 2020)

        Tesis de maestria
        Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad Federal de Minas Gerais , Brasil
        Programa: Programa de Pós-Graduação em Bioinformática
        Tipo de orientación: Cotutor ( Lucianna Helene Silva Santos )
        Nombre del orientado: Bruno Marques Silva
        País: Brasil

      • A new method for ligand-based virtual screening using linear algebra. (2016 - 2020)

        Tesis de doctorado
        Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad Federal de Minas Gerais , Brasil
        Programa: Programa de Pós-Graduação em Bioinformática
        Tipo de orientación: Cotutor ( Lucianna Helene Silva Santos )
        Nombre del orientado: Carmelina Figueiredo Vieira Leite
        País: Brasil

    • Grado

      • ToxAnalyzer: Uma Ferramenta para Análise de Dados em Toxicogênomica e Toxicologia Computacional (2015 - 2019)

        Tesis/Monografía de grado
        Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad Federal de Minas Gerais , Brasil
        Programa: Faculdade de Fármacia
        Tipo de orientación: Cotutor ( Lucianna Helene Silva Santos )
        Nombre del orientado: Daniel Ribeiro Rodrigues
        País: Brasil

  • Tutorías pasaje a doctorado

    • Posgrado

      • Optimización del campo de fuerza de grano grueso SIRAH para la correcta reproducción de temperaturas de melting de proteínas (2023 - 2025)

        Tesis de maestria
        Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Ciencias , Uruguay
        Programa: Posgrado en Química
        Tipo de orientación: Cotutor ( Lucianna Helene Silva Santos , PANTANO S )
        Nombre del orientado: María Antonella Alba López
        País: Uruguay

• Otros datos relevantes

  • Presentaciones en eventos

    • XLVIII Congreso Internacional de Químicos Teóricos de Expresión Latina (2025)

      Congreso
      Investigating the impact of genomic configurations on the Porcine Circovirus (PCV2) capsid via CG MD
      Colombia
      Tipo de participación: Expositor oral

    • II CONESUL Symposium on Biomolecular Simulation (2024)

      Encuentro
      Exploring PCV2d virus-like particle stability through coarse-grained molecular dynamics simulations
      Argentina
      Tipo de participación: Poster
      Nombre de la institución promotora: University of Buenos Aires

    • Conesul Symposium on Biomolecular Simulation (2023)

      Encuentro
      Coarse-grained simulations of a virus like particle with the SIRAH force field
      Brasil
      Tipo de participación: Expositor oral

    • 34o Congresso Brasileiro de Virologia (2023)

      Congreso
      MOLECULAR SIMULATIONS FOR VIROLOGY: UTILIZING THE SIRAH FORCE FIELD TO VIRUS-LIKE PARTICLES DYNAMICS
      Brasil
      Tipo de participación: Poster

    • L Annual Meeting of the Argentinean Biophysical Society (2022)

      Encuentro
      he intermediate state structure of the UreA transporter from a blend of Artificial and Biological intelligence. Shaken, not stirred.
      Argentina
      Tipo de participación: Expositor oral

• Indicadores de producción

  Actividades	7
  Líneas de investigación	4
  Proyectos Investigación Desarrollo	3
  Producción bibliográfica	46
  Artículos publicados en revistas científicas	41
  Completo	40
  Reseña	1
  Libros y Capítulos	5
  Libro publicado	1
  Capítulos de libro publicado	4
  Otros tipos	4
  Producción técnica	4
  Formación RRHH	6
  Tutorías/Orientaciones/Supervisiones concluidas	5
  Tesis de maestria	3
  Tesis de doctorado	1
  Tesis/Monografía de grado	1
  Tutorías/Orientaciones/Supervisiones con pasaje a doctorado	1
  Tesis de maestria	1