Soy bioinformática de formación y desarrollo investigación en biología predictiva, combinando genómica a gran escala, biología evolutiva, biología estructural y modelos computacionales para estudiar mecanismos celulares bacterianos. Me interesan particularmente los mecanismos de división celular, su relación con la biogénesis de las envolturas bacterianas y la forma en que estos sistemas interactúan con los bacteriófagos.
Trabajo con conjuntos de datos que abarcan desde proteínas individuales y sus interacciones hasta decenas de miles de genomas, muchas veces a grandes distancias evolutivas. Diseño e implemento los pipelines necesarios para estos análisis, desarrollo herramientas cuando las disponibles no son suficientes y trabajo con genómica comparativa, filogenómica, predicción y comparación estructural y análisis de interacciones proteicas. Estos proyectos requieren el uso de infraestructura de cómputo de alto rendimiento, incluyendo clusters institucionales internacionales de gran capacidad.
Mi trabajo es fuertemente interdisciplinario y colaborativo. Con Anne-Marie Wehenkel (Institut Pasteur de París) trabajo desde 2021 en mecanismos de división celular y biogénesis de la micomembrana en Mycobacteriales, integrando análisis computacionales, evolutivos y estructurales con resultados experimentales. Con Martin Loose (ISTA, Austria) estudio la evolución y el funcionamiento de sistemas del citoesqueleto procariota, incluyendo la identificación de nuevos reguladores. Con Antoine Gedeon (Sorbonne Université, Francia) participo en el estudio de proteínas asociadas a resistencia en Mycobacterium tuberculosis. En estos proyectos aporto el componente bioinformático, evolutivo y de análisis estructural. Comparto con Jean Ducasse-Lapeyrusse (Ministerio de Cultura de Francia), un proyecto interdisciplinario que combina análisis genómico, microbiología e ingeniería civil para estudiar el uso de bacterias en la conservación y reparación de hormigón patrimonial. Con Natalia Echeverría (Facultad de Ciencias, Udelar) colaboro en varios proyectos sobre bacteriófagos contra bacterias multirresistentes, combinando trabajo experimental con análisis genómicos y modelos de aprendizaje automático, además de compartir la formación de estudiantes en proyectos que integran los componentes biológico y bioinformático.
El aprendizaje automático forma parte de mi trabajo desde mi formación de maestría. En 2016 desarrollé una métrica basada en estructura secundaria y modelos de clasificación para identificar proteínas de fusión de membranas, trabajo publicado en Lecture Notes in Computer Science. Más recientemente dirigí una tesis centrada en el desarrollo de herramientas de aprendizaje automático para la obtención de péptidos antimicrobianos en genomas fágicos. Actualmente dirijo una tesis de maestría sobre predicción computacional de la especificidad fago-bacteria en Klebsiella pneumoniae, y otra basada en la predicción de la capacidad de formar biofilm en Staphylococcus aureus.
Este enfoque computacional y evolutivo atraviesa mi producción científica. He publicado como primera autora, co-primera autora y autora correspondiente, además de participar en trabajos interdisciplinarios, en revistas como Science, Nature Microbiology, Nature Ecology and Evolution, Nature Communications, PNAS, Molecular Biology and Evolution y Communications Biology. Estos trabajos incluyen estudios de genómica evolutiva a gran escala, reconstrucciones de la evolución de sistemas celulares bacterianos y análisis que integran información de secuencia, estructura e interacción proteica.
También participo regularmente en actividades de evaluación científica. He actuado como revisora para revistas como Nature, Molecular Biology and Evolution, Journal of Medicinal Chemistry, BMC Microbiology, Frontiers in Molecular Biosciences y Protein Science, como evaluadora de becas de posgrado de ANII y en comités de selección y evaluación de trabajos en congresos científicos.
Esta experiencia se complementa con formación de recursos humanos y docencia. Soy co-organizadora y docente del curso de posgrado “Fundamentos y herramientas bioinformáticas para análisis genómicos” (PEDECIBA), fui docente de Bioinformática I y II en la Universidad ORT y dirijo tesis de grado y maestría en bioinformática. Soy además miembro fundador de la Sociedad Uruguaya de Bioinformática.
Mi objetivo es que la bioinformática no sea solamente una herramienta para analizar datos, sino una forma de abordar preguntas biológicas: integrar grandes volúmenes de información y señales evolutivas, estructurales y funcionales para generar predicciones sobre mecanismos celulares que puedan ser puestas a prueba experimentalmente.
Soy miembro fundador de la Sociedad Uruguaya de Bioinformática (SUBI, seccional de la SUB). Participo activamente de las asambleas y de la organización de las actividades que involucran a la sociedad.
Soy investigadora PEDECIBA Biología, subárea Microbiología, grado 3, desde 2024.
Pertenezco al SNI Nivel Iniciación desde 2024, cuando regresé a Uruguay.
Actividades |
28 |
Líneas de investigación |
5 |
Proyectos Investigación Desarrollo |
6 |
Docencia |
7 |
Extensión |
3 |
Servicio Técnico Especializado |
1 |
Pasantia |
6 |
Producción bibliográfica | 20 |
Artículos publicados en revistas científicas | 16 |
| Completo | 16 |
Trabajos en eventos |
1 |
Preprints |
3 |
Otros tipos |
1 |
Producción técnica | 1 |
Evaluaciones | 18 |
Evaluación de proyectos | 2 |
Evaluación de eventos | 4 |
Evaluación de publicaciones | 8 |
Jurado de tesis | 4 |
Formación RRHH | 6 |
Tutorías/Orientaciones/Supervisiones concluidas |
3 |
| Otras tutorías/orientaciones | 1 |
| Tesis/Monografía de grado | 2 |
Tutorías/Orientaciones/Supervisiones en marcha |
3 |
| Iniciación a la investigación | 1 |
| Tesis de maestria | 2 |
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