• Datos Personales

    • Identidad

      Nombre en citaciones bibliográficas: PABLO D. DANS
      Documento: Cédula de identidad - 16951738 ,Pasaporte - AG631094
      Género: Masculino
      Fecha de nacimiento: 23/05/1972
      País de nacimiento: Uruguay
      Ciudad de nacimiento: Montevideo
      Nacionalidad: Uruguaya/Canadiense
      Estado civil: Divorciado
      Fecha de nacimiento de hijos:
      11/04/2012 , 14/04/2009
    • Dirección personal

      Dirección: Juan Manuel Blanes 1063, apto 2 / 11200 / Montevideo / Montevideo / Uruguay
      Teléfono: (598) 091695145
      Correo electrónico: pablo.d.dans@gmail.com
      Sitio Web: https://danslab.xyz
  • Datos Generales

    • Institución principal

      Universidad de la República/ Centro Universitario Regional Litoral Norte / Departamento de Ciencias Biológicas / Uruguay
    • Dirección institucional

      Institución: Universidad de la República / Centro Universitario Regional Litoral Norte / Sector Educación Superior/Público
      / Departamento de Ciencias Biológicas
      Dirección: Gral. Fructuoso Rivera 1350 / 50000 / Salto , Salto , Uruguay
      Teléfono: (00598) 47334816
      Correo electrónico/Sitio Web: pablo.dans@unorte.edu.uy https://danslab.xyz
  • Formación

    • Formación académica

      • Concluida

        • Doctorado

          • Doctorado en Química (2002 - 2008)
            Universidad de la República - Facultad de Química - UDeLaR , Uruguay
            Título de la disertación/tesis/defensa: Modelado de las características estructurales y mecanismo de acción molecular de compuestos de Pd(II) y Pt(II) con potencial acción antineoplásica
            Tutor/es: Elena Laura Coitiño Izaguirre
            Obtención del título: 2008
            Financiación:
            Universidad de la República / Facultad de Química - UDeLaR , Uruguay
            Palabras Clave: Reactividad química Compuestos de Pt(II) y Pd(II) modelado cuántico y QM/MM Simulaciones de ADN Data mining sobre descriptores fisicoquímicos
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / química teórica
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Dinámica Molecular y técnicas de data mining
        • Grado

          • Licenciatura en Bioquímica (1992 - 2001)
            Universidad de la República - Facultad de Ciencias - UDeLaR , Uruguay
            Título de la disertación/tesis/defensa: Modelado de la unión covalente entre fármacos para el tratamiento del cáncer de la familia del Cisplatino y el ADN : análisis de la viabilidad molecular de compuestos alternativos de Pd(II)
            Tutor/es: Elena Laura Coitiño Izaguirre
            Obtención del título: 2001
            Financiación:
            Universidad de la República / Facultad de Química - UDeLaR , Uruguay
            Palabras Clave: Modelado cuantico Cisplatino y análogo de Pd(II) Interacción con nucleobases
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / química teórica
      • En Marcha

    • Formación complementaria

      • Concluida

        • Posdoctorados

          • Desarrollo de modelos para ácidos nucleicos y bioinformática (2011 - 2019)
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Investigación Biomédica Barcelona , España
            Palabras Clave: Simulaciones atomísticas Simulaciones coarse-grain Bases de datos experimentales
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofisica computacional y Bioinformática
          • Aplicación de técnicas de simulación para el estudio de biomoléculas de interés biomédico (2008 - 2013)
            Sector Organizaciones Privadas sin Fines de Lucro/Sociedades Científico-Tecnológicas / Institut Pasteur de Montevideo / Institut Pasteur de Montevideo , Uruguay
            Palabras Clave: Moledos Coarse-Grain de ácidos nucleicos Simulación de proteínas
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / simulaciones biomoleculares
          • Desarrollo de fármacos para el mal de Alzheimer (2010 - 2010)
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad de Barcelona , España
            Palabras Clave: Enfermedades neurodegenerativas Desarrollo experimental e in silico de fármacos
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Química Orgánica / Diseño experimental e in silico de fármacos
        • Cursos de corta duración

          • Latin American postgraduate program of Biophysics (01/2009 - 01/2009)
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Sociedad Brasilera de Biofísica , Brasil
            32 horas
            Palabras Clave: Biofisica
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
          • Metales en Sistemas Biológicos (01/2005 - 01/2005)
            Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Química - UDeLaR , Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Química Inorgánica y Nuclear / Bioinorgánica
          • Cálculo numérico y computación (01/2005 - 01/2005)
            Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Química - UDeLaR , Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Computación / Calculo numérico y computación
          • Biología de Sistemas (PEDECIBA) (01/2005 - 01/2005)
            Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Ciencias - UDeLaR , Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
          • Química Bioinorgánica (01/2003 - 01/2003)
            Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Química - UDeLaR , Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Química Inorgánica y Nuclear / Bioinorgánica
          • Introducción al QSAR y diseño racional de comps. bioactivos (01/2002 - 01/2002)
            Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Ciencias - UDeLaR , Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Química Orgánica / Química Teórica / Modelado Cuántico
          • Radicales libres, especies excitadas y defensas antioxidantes en sistemas biológicos (01/1995 - 01/1995)
            Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Medicina - UDeLaR , Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Médicas y de la Salud / Medicina Básica / Bioquímica y Biología Molecular /
        • Participación en eventos

          • EELA-2 Grid Tutorial in Montevideo (2009)
            Tipo: Otro
            Institución organizadora: Facultad de Ingeniería - Proyecto EELA-2, Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Computación / Grid computing
          • Cursos de la 8va escuela de invierno Giambiagi (2006)
            Tipo: Otro
            Institución organizadora: Universidad de Buenos Aires, Argentina
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Teórica y Computacional
          • Curso: "Introducción a la programación / Programación I" (2005)
            Tipo: Otro
            Institución organizadora: Centro de matemática - Fac. Ciencias / Fac. Ingeniería, Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Computación / Programación
          • Curso: "Métodos para la Simulación del Solvente" en el marco del Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina (QUITEL) XXX (2004)
            Tipo: Otro
            Institución organizadora: Universidad de Porto, Portugal
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Teórica y Computacional
          • Curso: "Métodos experimentales para el estudio de la cinética de procesos químicos" (2003)
            Tipo: Otro
            Institución organizadora: Facultad de Ciencias, Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Cinética química
          • Curso: "Funcionales de la Densidad" en el marco del Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina (QUITEL) XXVIII (2002)
            Tipo: Otro
            Institución organizadora: Facultad de Química - Facultad de Ciencias UDELAR, Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Teórica y Computacional
          • Reconocimiento de las prácticas docentes en ciencias (2002)
            Tipo: Seminario
            Institución organizadora: Comisión Sectorial de Enseñanza - Fac. Ciencias - UDELAR, Uruguay
          • Educación a distancia, metodología pedagógica, medios técnicos y tutorías (2001)
            Tipo: Otro
            Institución organizadora: Agencia Española de Cooperación Internacional - Oficina de Planeamiento y Presupuesto - UDELAR, Uruguay
          • Introducción a la problemática del aula universitaria (2001)
            Tipo: Seminario
            Institución organizadora: Comisión Sectorial de Enseñanza - UDELAR, Uruguay
          • Curso-Taller de Química Computacional módulo II (modelando la cinética de reacciones químicas con herramientas basadas en la VTST) (2001)
            Tipo: Taller
            Institución organizadora: Facultad de Ciencias - PEDECIBA, Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / química teórica
          • Curso-Taller de Química Computacional módulo I (modelando la estructura y propiedades de especies participantes en reacciones químicas) (1998)
            Tipo: Taller
            Institución organizadora: Facultad de Ciencias - PEDECIBA, Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / química teórica
          • Curso: "Termodinámica Estadística y Teoría Cinética Estadística" (1998)
            Tipo: Otro
            Institución organizadora: Facultad de Ciencias - PEDECIBA, Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / química teórica
  • Idiomas

    • Español
      Entiende muy bien / Habla muy bien / Lee muy bien / Escribe muy bien
    • Francés
      Entiende muy bien / Habla muy bien / Lee muy bien / Escribe muy bien
    • Inglés
      Entiende muy bien / Habla muy bien / Lee muy bien / Escribe muy bien
    • Catalán
      Entiende muy bien / Habla regular / Lee muy bien / Escribe regular
  • Areas de actuación

    • Ciencias Naturales y Exactas

      Ciencias Químicas /Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica /química teórica, modelado y simulaciones biomoleculares
    • Ciencias Naturales y Exactas

      Ciencias Biológicas /Biofísica /Biofísica computacional
    • Ciencias Naturales y Exactas

      Ciencias de la Computación e Información /Ciencias de la Información y Bioinformática /Bioinformatica, calculos de alto rendimiento, clustering, grid computing
    • Ciencias Médicas y de la Salud

      Medicina Básica /Farmacología y Farmacia /Diseño de fármacos asistido por computadora
  • Actuación profesional

    • Sector Educación Superior/Público - Universidad de la República - Uruguay

      Centro Universitario Regional Litoral Norte / Departamento de Ciencias Biológicas

      • Vínculos con la Institución

        • Funcionario/Empleado (08/2019 - a la fecha)Trabajo relevante
          Profesor agregado (Gdo. 4), DT (en espera) ,35 horas semanales
          Escalafón: Docente
          Grado: Grado 4
          Cargo: Interino
      • Actividades

        • Líneas de investigación

          • Desarrollo de modelos multiescala para el estudio de la estructura y dinámica de ácidos nucleicos (08/2019 - a la fecha )
            Estudio del impacto estructural de las bases modificadas en el epitranscriptoma y desarrollo de modelos de grano-grueso para el estudio de la cromatina teniendo en cuenta los estados epigenéticos.
            Fundamental
            35 horas semanales
            Departamento de Ciencias Biológicas , Coordinador o Responsable
            Equipo: Pablo Ignacio Daniel DANS PUIGGRÒS , GRILLE, L.
            Palabras clave: Biosimulaciones Campos de fuerza acidos nucleicos modelado molecular
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
    • Sector Extranjero/Internacional/Otros - Argentina

      Facultad de Ciencias Exactas y Naturales Universidad de Buenos Aires / Instituto de Calculo

      • Vínculos con la Institución

        • Funcionario/Empleado (07/2019 - a la fecha)
          Investigador Asociado (CONICET) ,20 horas semanales
      • Actividades

        • Líneas de investigación

          • Desarrollo de modelos multiescala para el estudio de la estructura y dinámica de ácidos nucleicos (07/2019 - a la fecha )
            Estudio del efecto en la estructura y dinámica secuencia dependiente del ADN de la modificación epigenética 6-metil-adenina, y estudio de complejos Proteinas-ARN.
            Fundamental
            20 horas semanales
            Instituto de Calculo , Coordinador o Responsable
            Equipo: Pablo Ignacio Daniel DANS PUIGGRÒS , TURJANSKY, A. , MARTI, M.
            Palabras clave: Simulaciones de dinámica molecular modificaciones epigenéticas interacción acidos nucleicos-proteinas modelado molecular
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
    • Sector Extranjero/Internacional/Otros - España

      Instituto de Investigación Biomédica Barcelona / Departamento de Biología Estructural y Computacional

      • Vínculos con la Institución

        • Otro (06/2019 - a la fecha)
          Investigador Honorario ,5 horas semanales
        • Funcionario/Empleado (02/2011 - 05/2019)
          Investigador Asociado ,40 horas semanales / Dedicación total
          Estudiante Postdoctoral en el grupo de Modelado Molecular y Bioinformática bajo la supervisión del Prof. Modesto Orozco.
      • Actividades

        • Líneas de investigación

          • Desarrollo de modelos coarse-grain de ácidos nucleicos y bioinformática. (02/2011 - a la fecha )

            40 horas semanales
            Programa de Biología Estructural y Computacional, Grupo de Modelado Molecular y Bioinformática , Integrante del equipo
            Equipo: M. OROZCO , A. PÉREZ , I. FAUSTINO
            Palabras clave: Simulaciones atomísticas Simulaciones coarse-grain Bases de datos experimentales
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofisica computacional y Bioinformática
        • Proyectos de investigación y desarrollo

          • Multiscale simulation of nucleic acids (08/2012 - 08/2017 )
            Contratado para trabajar para el European Concil Reseach advanced grant (SimDNA) a cargo del Prof. M. Orozco. Financiado por la UE.
            40 horas semanales
            Institute for Research in Biomedicine , Molecular Modelling and Bioinformatics
            Investigación
            Integrante del Equipo
            En Marcha
            Financiación:
            Institute for Research in Biomedicine, España, Remuneración
            Equipo: M. OROZCO (Responsable) , F. BATTISTINI
            Palabras clave: Helical conformations DNA mechanical properties MD simulations
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Simulaciones Biomoleculares
        • Docencia

          • (06/2013 - 06/2013 )
            Doctorado

            Asignaturas:
            Hands-on training in molecular dynamics simulation of coarse-grained nucleic acids at the base-level, 30 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Simulaciones Biomoleculares
    • Sector Extranjero/Internacional/Otros - España

      Barcelona Supercomputing Center / Departamento de Ciencias de la Vida

      • Vínculos con la Institución

        • Funcionario/Empleado (02/2011 - 05/2019)
          Investigador posdoctoral ,40 horas semanales / Dedicación total
    • Sector Organizaciones Privadas sin Fines de Lucro/Sociedades Científico-Tecnológicas - Institut Pasteur de Montevideo - Uruguay

      Institut Pasteur de Montevideo / Simulaciones Biomoleculare

      • Vínculos con la Institución

        • Funcionario/Empleado (03/2009 - 01/2013)
          Investigador asociado ,40 horas semanales / Dedicación total
          Estudiante de Posdoctorado en el Grupo de Simulaciones Biomoleculares. Desarrollo de modelos Coarse-Grain para ácidos nucleícos y solventes acuosos. Homology modeling, docking y simulaciones de proteínas.
        • Funcionario/Empleado (10/2007 - 03/2009)
          Asistente de investigación ,40 horas semanales
          Estudiante de Posdoctorado en el Grupo de Simulaciones Biomoleculares. Desarrollo de modelos Coarse-Grain para ácidos nucleícos y solventes acuosos. Homology modeling, docking y simulaciones de proteínas.
        • Becario (02/2006 - 10/2007)
          Ayudante de investigación ,30 horas semanales
          Unidad de Bioinformática (UBI). Participación en las líneas de investigación del Lab. de Neurodegeneración a cargo del Prof. Dr. Luis Barbeito, colaboración en el dictado de los cursos de la UBI, generación de material didáctico y desarrollo de software para el pipeline de proteínas y el trabajo de simulación con proteínas (protH.). Formación de recursos-humanos en técnicas de programación en lenguaje Fortran.
      • Actividades

        • Líneas de investigación

          • Desarrollo de Modelos Coarse-Grained para Acidos Nucleicos (10/2007 - a la fecha )

            20 horas semanales
            Grupos a 5 años, Simulaciones Biomoleculares , Integrante del equipo
            Equipo: PANTANO, S , ZEIDA, A. , MACHADO, M. R.
            Palabras clave: Modelos Coarse-Grain Acidos nucleicos
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica/Bioinformatica
          • Desarrollo de fármacos para HIV (03/2007 - a la fecha )

            20 horas semanales
            Grupos a 5 años, Simulaciones Biomoleculares , Integrante del equipo
            Equipo: PANTANO, S , MACHADO, M. R.
            Palabras clave: HIV Desarrollo de fármacos
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica/Bioinformatica
        • Proyectos de investigación y desarrollo

          • Descripcion de interacciones proteina-proteina relacionadas con la transcripcion del VIH-1 utilizando metodos teoricos. (07/2009 - 07/2011 )

            20 horas semanales
            Institut Pasteur de Montevideo , Grupo de Simulaciones Biomoleculares
            Investigación
            Integrante del Equipo
            Cancelado
            Alumnos encargados en el proyecto:
            Especialización:1
            Maestría/Magister:1
            Equipo: MACHADO, M. , PANTANO, S (Responsable)
            Palabras clave: Modelado y Simulaciones Biomoleculares
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica/Bioinformatica
          • Desarrollo de Iniciativas Biotecnológicas: Vinculación y Valorización de la Investigación (08/2005 - 12/2005 )

            20 horas semanales
            Institut Pasteur de Montevideo , Unidad de Bioinformatica
            Desarrollo
            Integrante del Equipo
            Concluido
            Equipo: EHRLICH, R. (Responsable)
        • Docencia

          • AMSUD Pasteur (03/2010 - 03/2010 )
            Doctorado
            Organizador/Coordinador
            Asignaturas:
            Computational Modelling and Simulations of Biological Systems, 40 horas, Teórico-Práctico
            Biología Molecular / Genética Molecular 2, 5 horas, Teórico
        • Pasantías

          • (01/2007 - a la fecha )
            Unidad de Bioinformática
            40 horas semanales
          • (01/2007 - a la fecha )
            Unidad de Bioinformática
            40 horas semanales
          • (09/2010 - 10/2010 )
            Universidad de Barcelona, Facultad de Farmacia
            40 horas semanales
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Médicas y de la Salud / Medicina Básica / Farmacología y Farmacia / Diseño de fármacos asistido por computadora
    • Sector Educación Superior/Público - Universidad de la República - Uruguay

      Facultad de Ciencias - UDeLaR / Instituto de Química Biológica

      • Vínculos con la Institución

        • Funcionario/Empleado (09/2001 - 03/2009)
          Asistente ,30 horas semanales
          Laboratorio de Química Teórica y Computacional del Instituto de Química Biológica. Con extensiones horarias de 36, 39 y 48 hs. semanales financiadas por proyectos de investigación, llamados internos a masificación y/o proyectos de enseñanza.
          Escalafón: Docente
          Grado: Grado 2
          Cargo: Efectivo
        • Funcionario/Empleado (10/2003 - 03/2005)
          Asistente Académico del Decano ,20 horas semanales
          A cargo de la ejecución de todos los rubros presupuestales de la institución. Responsable del Servicio de Informática Central y del Centro de Documentación Científico y Biblioteca. Con dedicaciones de 20, 27 y 40 hs en los períodos octubre 2003 – agosto 2004, setiembre 2004 – enero 2005 y febrero 2005 – marzo 2005 respectivamente.
          Escalafón: Docente
          Grado: Grado 5
          Cargo: Interino
        • Funcionario/Empleado (06/1995 - 10/1998)
          Ayudante ,20 horas semanales
          A cargo del servicio de Informática de la Facultad de Ciencias. Co-responsable de la instalación del primer servidor de la Facultad de Ciencias, del Centro de Documentación Científica y Biblioteca (Tristan Narvaja). Co-responsable de la instalación de la red en el nuevo edificio de Malvín Norte.
          Escalafón: Docente
          Grado: Grado 1
          Cargo: Interino
      • Actividades

        • Líneas de investigación

          • Modelado de la estructura, propiedades fisicoquímicas, interacción, transformación y cinética de biomoléculas relevantes para el desarrollo, diagnóstico y tratamiento (09/2001 - a la fecha )

            20 horas semanales
            Instituto de Química Biológica, Laboratorio de Química Teórica y Computacional , Otros
            Equipo:
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / química teórica
        • Proyectos de investigación y desarrollo

          • Influencia del entorno fisicoquímico sobre la estructura electrónica y reactividad de bases de ADN: hacia el diseño racional de sondas para diagnostico y fármacos para quimioterapia altamente selectivos de Ru(II) (01/2004 - 12/2006 )

            20 horas semanales
            Instituto de Química Biológica , Laboratorio de Química Teórica y Computacional
            Desarrollo
            Integrante del Equipo
            Concluido
            Financiación:
            Comisión Sectorial de Investigación Científica - UDeLaR, Uruguay, Apoyo financiero
            Equipo: COITIÑO, L. (Responsable)
          • Modelado de la estructura y mecanismo de acción molecular de compuestos de potencial acción antineoplásica de Pd(II) y Pt(II) (01/2003 - 12/2004 )

            40 horas semanales
            Instituto de Química Biológica , Laboratorio de Química Teórica y Computacional
            Coordinador o Responsable
            Concluido
            Financiación:
            Comisión Sectorial de Investigación Científica - UDeLaR, Uruguay, Apoyo financiero
            Equipo:
          • Modelado de la estructura y mecanismo de acción molecular de compuestos de potencial acción antineoplásica de Pd(II) y Pt(II) con Piridinas (01/2002 - 12/2002 )

            40 horas semanales
            Instituto de Química Biológica , Laboratorio de Química Teórica y Computacional
            Coordinador o Responsable
            Concluido
            Financiación:
            Comisión Sectorial de Investigación Científica - UDeLaR, Uruguay, Apoyo financiero
            Equipo:
          • Estudio del mecanismo de acción del Cisplatino y proposición de nuevos análogos como agentes quimioterapéuticos (01/2000 - 12/2002 )

            20 horas semanales
            Instituto de Química Biológica , Laboratorio de Química Teórica y Computacional
            Investigación
            Integrante del Equipo
            Concluido
            Financiación:
            Comisión Sectorial de Investigación Científica - UDeLaR, Uruguay, Apoyo financiero
            Equipo: COITIÑO, L. (Responsable)
          • Implementación de un sistema semi-presencial para los dos primeros años de la Licenciatura en Bioquímica (01/2001 - 12/2001 )

            20 horas semanales
            Instituto de Química Biológica , Laboratorio de Química Teórica y Computacional
            Integrante del Equipo
            Concluido
            Equipo: COITIÑO, L. (Responsable)
        • Docencia

          • Licenciatura en Bioquímica (08/1999 - 12/2008 )
            Grado
            Organizador/Coordinador
            Asignaturas:
            Fisicoquímica II módulo Estructura y Propiedades Moleculares (EPM), 20 horas, Teórico-Práctico
            Fisicoquímica Moderna – EPM, 20 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Estructura y Propiedades Moleculares
          • PEDECIBA (12/2008 - 12/2008 )
            Doctorado
            Invitado
            Asignaturas:
            Machine Learning and Statistical Learning for Bioinformatics and Genetics, 3 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos / Bioinformatica
          • Educacion Permanente - UDELAR (12/2007 - 12/2007 )
            Especialización
            Organizador/Coordinador
            Asignaturas:
            Data Mining en Bioinformática, 4 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos / Bioinformatica
          • PEDECIBA (06/2007 - 08/2007 )
            Doctorado
            Organizador/Coordinador
            Asignaturas:
            Introducción a la programación de aplicaciones bioinformáticas en BASH, 3 horas, Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos / Bioinformatica
          • PEDECIBA (08/1999 - 06/2007 )
            Doctorado
            Organizador/Coordinador
            Asignaturas:
            3. Curso-Taller de Química Computacional módulo I (modelando la estructura y propiedades de especies participantes en reacciones químicas), 8 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Modelado Cuántico
          • Licenciatura en Cs Biológicas y Bioquímica (03/2006 - 06/2007 )
            Grado
            Organizador/Coordinador
            Asignaturas:
            Química General y Química I, 3 horas, Teórico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Quimica General
          • Educacion Permanente - UDELAR (06/2002 - 06/2006 )
            Especialización
            Organizador/Coordinador
            Asignaturas:
            6. Bioinformática estructural: Diseño y visualización asistida por PC de la estructura 3D de moléculas y macromoléculas, 6 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Visualización y diseño de Biomoléculas
          • PEDECIBA (03/2002 - 06/2005 )
            Doctorado
            Organizador/Coordinador
            Asignaturas:
            Curso-Taller de Química Computacional módulo II (modelando la cinética de reacciones químicas con herramientas basadas en la VTST), 8 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Modelado Cuántico
        • Pasantías

          • (12/2005 - 12/2005 )
            Universidad de Buenos Aires, Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física
            40 horas semanales
          • (09/2004 - 10/2004 )
            Universidad de Buenos Aires, Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física
            40 horas semanales
          • (09/2003 - 10/2003 )
            Universidad de Buenos Aires, Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física
            40 horas semanales
        • Gestión Académica

          • Miembro suplente de la delegación docente (04/2006 - 03/2009 )
            Facultad de Ciencias, Consejo
            Participación en consejos y comisiones
          • Miembro suplente de la delegación docente (06/2007 - 03/2009 )
            Facultad de Ciencias, Comisión Coordinadora Docente de la Licenciatura en Bioquímica
            Participación en consejos y comisiones
          • Miembro de la comisión encargada del funcionamiento del servicio central de informática de la Facultad de Ciencias (01/2003 - 12/2006 )
            Facultad de Ciencias, Servicio de Informatica
            Participación en consejos y comisiones
    • Sector Empresas/Público - Empresa Pública - Uruguay

      Comisión Sectorial de Enseñanza - UDeLaR

      • Vínculos con la Institución

        • Funcionario/Empleado (01/2003 - 12/2003)
          Asistente ,20 horas semanales
          Comisión de Educación a Distancia (Programa Institucional de Educación a Distancia) de la Comisión Sectorial de Enseñanza (CSE). Elaboración de un documento diagnóstico sobre la situación de la EaD y la incorporación de nuevas tecnologías en las carreras de grado de la UdelaR.
  • Carga horaria

    • Carga horaria de docencia: Sin horas
    • Carga horaria de investigación: 34 horas
    • Carga horaria de formación RRHH: 14 horas
    • Carga horaria de extensión: Sin horas
    • Carga horaria de gestión: 12 horas
  • Producción científica/tecnológica

    • Mis investigaciones abarcan las áreas de la biología computacional, biofísica teórica, bioinformática estructural y química teórica y computacional. He centrado mi interés en la biofísica y fisicoquímica de sistemas complejos a través del modelado de la estructura, propiedades físicas y químicas, interacción, transformación y cinética de moléculas en sistemas de interés biológico/biomédico, así como en el desarrollo de modelos multi-escala para su estudio. Tengo solvencia en el manejo de herramientas cuánticas (QM), clásicas (MM), híbridas (QM/MM), dinámica molecular, simulaciones de Monte Carlo y docking. También he adquirido manejo en técnicas de semejanza estructural y técnicas estadísticas para el ordenamiento, clasificación y correlación de descriptores fisicoquímicos (JCIM 2009) y actividades biológicas (QSAR/QSRP), así como estadística bayesiana (NAR 2012). Tengo conocimientos de programación, scripting, desarrollo de aplicaciones web (NAR 2019b), e implementación de bases de datos en biología estructural (NAR 2016a). Desde el 2008 trabajo intensamente en el desarrollo de modelos y hamiltonianos multi-escala de ácidos nucleicos y solvente (JCTC 2010a, JCTC 2010b), participando en la creación del campo de fuerza unificado de grano-grueso SIRAH (5 artículos en revistas internacionales) y del campo de fuerza atomístico PARMBSC1 (NATURE METHODS 2016). A su vez, he co-dirigido dos doctorados centrados en el desarrollo de modelos mesoscópicos de cromatina y cromosomas (iniciados en 2014 y 2015). En el 2011 he iniciado una segunda línea de investigación propia sobre el estudio de los polimorfismos dependientes de la secuencia en el ADN (NAR 2012). Dicha línea, que dio lugar a varias publicaciones en revistas de muy alto impacto (NAR 2014a, NAR 2014b, NAR 2016b, JCPL 2016, NAR 2019a, NAR 2019b), me ha permitido ganar experiencia en data mining de bases de datos estructurales en 3D, refinamiento de estructuras de RMN (NAR 2017), y simulaciones en entornos cristalinos (CHEM 2019). En 2014 he iniciado una tercera línea de investigación propia sobre el espacio conformacional de los ARN y su dinámica (JACS 2016, CHEM 2018, BIOINFORMATICS 2019), y en 2019 una línea sobre el impacto estructural de modificaciones epigenéticas tanto de la cromatina (llegando a los cromosomas) como del epitranscriptoma. Mi especialidad es la estructura, dinámica, flexibilidad, muestreo conformacional, propiedades físicas dependientes de la secuencia y evolución (SCIENCE ADVANCES 2016) de ácidos nucleicos, incluyendo el efecto de las modificaciones epigenéticas (ACTA NEUROPATHOLIGA 2019), apareamientos no canónicos (NAR 2015), e interacción con proteínas (NAR 2018, J.MOL.BIOL. 2019). Mis trabajos sobre el ADN y sus polimorfismos estructurales me valieron ser el primer sudamericano en integrar el Ascona B-DNA Consortium (https://bisi.ibcp.fr/ABC/Welcome.html), un consorcio internacional que reúne investigadores de Europa y Estados Unidos y que lleva 18 años trabajando sobre las propiedades secuencia dependientes del ADN. En 2019 he publicado como primer autor y autor de correspondencia el último trabajo del ABC (NAR 2019b). A su vez, soy miembro de la Sociedad de Biofísica de España, de la Red Española de Supercomputación, de la Sociedad Uruguaya de Biociencias, de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular del Uruguay, de la Sociedad de Biofísica de Uruguay, y del Club del ARN del Uruguay.
  • Producción bibliográfica

    • Artículos publicados

      • Arbitrados

        • A multi-modal coarse grained model of DNA flexibility mappable to the atomistic level (Completo, 2020)
          JURGEN WALTHER , PABLO D. DANS , ALEXANDRA BALACEANU , ADAM HOSPITAL , GENIS BAYARRI , MODESTO OROZCO
          Nucleic Acids Research, v.: 48 5 , p.:29 2020
          Palabras clave: DNA flexibility coarse-grained simulations Monte Carlo
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
          Medio de divulgación: Internet
          Lugar de publicación: Oxford Academic
          ISSN: 03051048
          DOI: 10.1093/nar/gkaa015
          https://academic.oup.com/nar/article/48/5/e29/5709710

        • The static and dynamic structural heterogeneities of B-DNA: extending Calladine?Dickerson rules (Completo, 2019)Trabajo relevante
          PABLO D. DANS , BALACEANU, A. , PASI, M. , Patelli, A. , PETKEVICIUTE, D. , WALTHER, J. , HOSPITAL, A. , BAYARRI, G. , LAVERY, R. , MADDOCKS, J. , OROZCO, M.
          Nucleic Acids Research, v.: 47 p.:11090 - 11102, 2019
          Palabras clave: estructura de ADN espacio conformacional movimientos acoplados dinamica y estructura del ADN reglas conformacionales
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
          Medio de divulgación: Papel
          Lugar de publicación: Oxford Academic
          ISSN: 03051048
          DOI: 10.1093/nar/gkz905
          https://academic.oup.com/nar/article/47/21/11090/5590661

        • Epigenetic loss of RNA-methyltransferase NSUN5 in glioma targets ribosomes to drive a stress adaptive translational program (Completo, 2019)
          PABLO D. DANS
          Acta Neuropathologica, p.:1 - 22, 2019
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Médicas y de la Salud / Medicina Básica / Bioquímica y Biología Molecular /
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 00016322
          DOI: 10.1007/s00401-019-02062-4

        • An in-depth look at DNA crystals through the prism of molecular dynamics simulations (Completo, 2019)Trabajo relevante
          PABLO D. DANS
          Chem, v.: 5 3 , p.:649 - 663, 2019
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 24519294

        • Modulation of the helical properties of DNA: next-to-nearest neighbour effects and beyond (Completo, 2019)
          PABLO D. DANS
          Nucleic Acids Research, v.: 47 9 , p.:4418 - 4430, 2019
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 03051048
          DOI: 10.1093/nar/gkz255

        • VeriNA3d: an R package for nucleic acids data mining (Completo, 2019)
          DARRÉ L. , PABLO D. DANS
          Bioinformatics (Oxford, England), 2019
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos / Bioinformática
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos / Bioinformática
          ISSN: 13674803
          DOI: 10.1093/bioinformatics/btz553

        • How B-DNA Dynamics Decipher Sequence-Selective Protein Recognition (Completo, 2019)
          PABLO D. DANS
          Journal of Molecular Biology, 2019
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 00222836
          DOI: 10.1016/j.jmb.2019.07.021

        • Gene isolation and structural characterization of a legume tree defensin with a broad spectrum of antimicrobial activity (Completo, 2019)
          RODRÍGUEZ-DECUADRO, S. , PABLO D. DANS , CECCHETTO, G.
          Planta, 2019
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ciencias de las Plantas, Botánica /
          ISSN: 00320935
          DOI: 10.1007/s00425-019-03260-w

        • Allosterism and signal transfer in DNA (Completo, 2018)
          ALEXANDRA BALACEANU , ALBERTO PEREZ , PABLO D. DANS , MODESTO OROZCO
          Nucleic Acids Research, v.: 46 15 , p.:7554 - 7565, 2018
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
          Medio de divulgación: Papel
          Lugar de publicación: Oxford Academic
          ISSN: 03051048
          DOI: 10.1093/nar/gky549

        • Antimicrobial and structural insights of a new snakin-like peptide isolated from Peltophorum dubium (Fabaceae) (Completo, 2018)
          RODRÍGUEZ-DECUADRO, S. , BARRACO VEGA, M , PABLO D. DANS , VALESCA PANDOLFI , ANA MARIA BENKO-ISEPPON , CECCHETTO, G.
          Amino Acids, v.: 50 9 , p.:1245 - 1259, 2018
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ciencias de las Plantas, Botánica /
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 09394451
          DOI: 10.1007/s00726-018-2598-3

        • Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase is a chaperone that allocates labile heme in cells (Completo, 2018)
          PABLO D. DANS , LUCIANA HANNIBAL
          Journal of Biological Chemistry, v.: 293 37 , p.:14557 - 14568, 2018
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Bioquímica y Biología Molecular /
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 00219258
          DOI: 10.1074/jbc.RA118.004169

        • Modeling, simulations, and bioinformatics at the service of rna structure (Completo, 2018)
          PABLO D. DANS , DARRÉ L.
          Chem, v.: 5 1 , p.:51 - 73, 2018
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
          Medio de divulgación: Internet
          Escrito por invitación
          ISSN: 24519294
          DOI: 10.1016/j.chempr.2018.09.015

        • How accurate are accurate force-fields for B-DNA? (Completo, 2017)
          PABLO D. DANS , IVAN IVANI , ADAM HOSPITAL , GUILLEM PORTELLA , CARLOS GONZALEZ , MODESTO OROZCO
          Nucleic Acids Research, v.: 45 7 , p.:4217 - 4230, 2017
          Palabras clave: Simulaciones de dinámica molecular Desarrollo de campos de fuerza Refinamiento de estructuras de RMN
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 03051048
          DOI: 10.1093/nar/gkw1355
          https://academic.oup.com/nar/article/45/7/4217/2907604

        • Saturation of recognition elements blocks evolution of new tRNA identities (Completo, 2016)
          ASL , CB , PABLO D. DANS , AGT , EA
          Science, v.: 2 2016
          Palabras clave: Evolución Código genético ARN transferencia
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Bioquímica y Biología Molecular /
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 00368075
          DOI: 10.1126/sciadv.1501860
          http://advances.sciencemag.org/content/2/4/e1501860.abstract

        • Long-timescale dynamics of the Drew–Dickerson dodecamer (Completo, 2016)
          PABLO D. DANS , LD , II , TD , EA
          Nucleic Acids Research, 2016
          Palabras clave: Dinámica Molecular B-DNA
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 03051048
          DOI: 10.1093/nar/gkw264
          https://nar.oxfordjournals.org/content/early/2016/04/15/nar.gkw264.full

        • Small Details Matter: the Importance of the 2’Hydroxyl in RNA (Completo, 2016)
          L. DARRE , II , PABLO D. DANS , HG , AH , M. OROZCO
          Journal of the American Chemical Society, 2016
          Palabras clave: RNA conformation QM and QM/MM
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 00027863
          DOI: 10.1021/jacs.6b09471

        • Multiscale simulation of DNA (Completo, 2016)
          PABLO D. DANS , JW , HG , M. OROZCO
          Current Opinion in Structural Biology, v.: 37 p.:29 - 45, 2016
          Palabras clave: Estructura electronica Modelos atomísticos Modelos de grano grueso Modelos de cromatina
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
          Medio de divulgación: Internet
          Escrito por invitación
          ISSN: 0959440X
          DOI: 10.1016/j.sbi.2015.11.011
          http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X15001761

        • The role of unconventional hydrogen bonds in determining BII propensities in B-DNA (Completo, 2016)
          ALEXANDRA BALACEANU , MARCO PASI , PABLO D. DANS , AH , LAVERY, R , M. OROZCO
          Journal of Physical Chemistry Letters, 2016
          Palabras clave: Molecular dynamics BI/BII equilibrium tetranucleotide level QM / AIM
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 19487185
          DOI: 10.1021/acs.jpclett.6b02451

        • Connecting proline and γ-aminobutyric acid in stressed plants through non-enzymatic reactions (Completo, 2015)
          SS , PABLO D. DANS , LC , JM , OB
          PLoS ONE, v.: 10 2015
          Palabras clave: modelado GABA Prolina
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ciencias de las Plantas, Botánica /
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 19326203
          DOI: 10.1371/journal.pone.0115349
          http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0115349

        • The structural impact of DNA mismatches (Completo, 2015)
          GR , PABLO D. DANS , IGP , II , GG , M. OROZCO
          Nucleic Acids Research, v.: 43 p.:4309 - 4321, 2015
          Palabras clave: Dinámica Molecular NMR
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 03051048
          DOI: 10.1093/nar/gkv254
          http://nar.oxfordjournals.org/content/43/8/4309.short

        • BIGNASim: a NoSQL database structure and analysis portal for nucleic acids simulation data (Completo, 2015)
          AH , PA , CC , LC , YB , PABLO D. DANS , EA
          Nucleic Acids Research, v.: 44 2015
          Palabras clave: Acidos nucleicos Dinámica Molecular Base de datos
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 03051048
          DOI: 10.1093/nar/gkv1301
          https://nar.oxfordjournals.org/content/44/D1/D272.full

        • Parmbsc1: a refined force field for DNA simulations (Completo, 2015)
          II , PABLO D. DANS , AN , A. PÉREZ , I. FAUSTINO , AH , EA
          Nature Methods, v.: 13 p.:55 - 58, 2015
          Palabras clave: Acidos nucleicos Dinámica Molecular Campos de fuerza
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 15487091
          DOI: 10.1038/nmeth.3658
          http://www.nature.com/nmeth/journal/v13/n1/abs/nmeth.3658.html

        • μABC: a systematic microsecond molecular dynamics study of tetranucleotide sequence effects in B-DNA (Completo, 2014)
          MARCO PASI , JOHN H. MADDOCKS , DAVID BEVERIDGE , THOMAS C. BISHOP , DAVID A. CASE , THOMAS CHEATHAM III , PABLO D. DANS
          Nucleic Acids Research, 2014
          Palabras clave: Molecular dynamics 136 tetranucleotides
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 03051048
          DOI: 10.1093/nar/gku855
          http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2014/09/26/nar.gku855.short
          We present the results of microsecond molecular dynamics simulations carried out by the ABC group of laboratories on a set of B-DNA oligomers containing the 136 distinct tetranucleotide base sequences. We demonstrate that the resulting trajectories have extensively sampled the conformational space accessible to B-DNA at room temperature. We confirm that base sequence effects depend strongly not only on the specific base pair step, but also on the specific base pairs that flank each step. Beyond sequence effects on average helical parameters and conformational fluctuations, we also identify tetranucleotide sequences that oscillate between several distinct conformational substates. By analyzing the conformation of the phosphodiester backbones, it is possible to understand for which sequences these substates will arise, and what impact they will have on specific helical parameters.

        • Direct measurement of the dielectric polarization properties of DNA (Completo, 2014)Trabajo relevante
          ANA CUERVO , PABLO D. DANS , JOSé L. CARRASCOSA , M. OROZCO , GABRIEL GOMILA , LAURA FUMAGALLI
          Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v.: 111 2014
          Palabras clave: DNA–ligand binding DNA packaging atomic force microscopy atomistic simulations Poisson–Boltzmann equation
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica /
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 00278424
          DOI: 10.1073/pnas.1405702111
          http://www.pnas.org/content/111/35/E3624.short
          The strength of DNA–DNA and DNA–ligand electrostatic interactions crucially depends on the electric polarizability of DNA, represented by its dielectric constant. This has remained unknown owing to the lack of experimental techniques able to measure it. Here, we experimentally determined the dielectric constant of double-stranded DNA in a native condensed state inside a single bacteriophage as well as the dielectric constants of the protein shell and tail that compose the viral capsid using scanning force microscopy. We supported the experimental data by theoretically determining the DNA dielectric constant using atomistic simulations. Both approaches yield a dielectric constant of DNA around 8, sensibly higher than commonly assumed, thus revealing a DNA intrinsic property essential for realistic computational description of DNA.

        • Unraveling the sequence-dependent polymorphic behavior of d(CpG) steps in B-DNA (Completo, 2014)
          PABLO D. DANS , I. FAUSTINO , F. BATTISTINI , KRYSTYNA ZAKRZEWSKA , LAVERY, R , M. OROZCO
          Nucleic Acids Research, v.: 42 p.:11304 - 11320, 2014
          Palabras clave: Molecular dynamics BI/BII curves+/canion
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 03051048
          DOI: 10.1093/nar/gku809
          http://nar.oxfordjournals.org/content/42/18/11304.full?sid=078ec490-0835-415e-a0f6-46cdf6779bf4
          We have made a detailed study of one of the most surprising sources of polymorphism in B-DNA: the high twist/low twist (HT/LT) conformational change in the d(CpG) base pair step. Using extensive computations, complemented with database analysis, we were able to characterize the twist polymorphism in the d(CpG) step in all the possible tetranucleotide environment. We found that twist polymorphism is coupled with BI/BII transitions, and, quite surprisingly, with slide polymorphism in the neighboring step. Unexpectedly, the penetration of cations into the minor groove of the d(CpG) step seems to be the key element in promoting twist transitions. The tetranucleotide environment also plays an important role in the sequence-dependent d(CpG) polymorphism. In this connection, we have detected a previously unexplored intramolecular C-H···O hydrogen bond interaction that stabilizes the low twist state when 3′-purines flank the d(CpG) step. This work explains a coupled mechanism involving several apparently uncorrelated conformational transitions that has only been partially inferred by earlier experimental or theoretical studies. Our results provide a complete description of twist polymorphism in d(CpG) steps and a detailed picture of the molecular choreography associated with this conformational change.

        • Assessing the Accuracy of the SIRAH Force Field to Model DNA at Coarse Grain Level (Completo, 2013)
          PABLO D. DANS , L. DARRE , MACHADO, M. , ZEIDA, A. , A. BRANDNER , PANTANO, S
          Lecture Notes in Computer Science, v.: 8213 p.:71 - 81, 2013
          Palabras clave: Molecular dynamics nucleic acids coarse-grain force field
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Simulaciones Biomoleculares
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 03029743
          DOI: 10.1007/978-3-319-02624-4_7
          http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-02624-4_7

        • Exploring polymorphisms in B-DNA helical conformations (Completo, 2012)
          PABLO D. DANS , A. PÉREZ , I. FAUSTINO , LAVERY, R , M. OROZCO
          Nucleic Acids Research, v.: 41 2012
          Palabras clave: Molecular dynamics X-ray conformational space Bayesian statistic Normality / Binormality Unimodal / bimodal
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos / Biología computacional
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 03051048
          DOI: 10.1093/nar/gks884
          http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2012/09/24/nar.gks884.abstract?sid=cb82b3d0-19fd-443e-a3

        • Breathing, bubbling, and bending: DNA flexibility from multimicrosecond simulations (Completo, 2012)
          ZEIDA, A. , MACHADO, M. R. , PABLO D. DANS , PANTANO, S
          Physical Review E, Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, v.: 86 p.:21903 2012
          Palabras clave: Molecular dynamics nucleic acids Coarse-grained force field
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 15393755
          DOI: 10.1103/PhysRevE.86.021903
          http://pre.aps.org/abstract/PRE/v86/i2/e021903

        • Switching Reversibility to Irreversibility in Glycogen Synthase Kinase 3 Inhibitors: Clues for Specific Design of New Compounds (Completo, 2011)
          D. I. PÉREZ , V. PALOMO , C. PÉREZ , C. GIL , PABLO D. DANS , F. J. LUQUE , S. CONDE , A. MARTÍNEZ
          Journal of Medicinal Chemistry, 2011
          Palabras clave: central nervous system Alzheimer’s disease Docking Design of inhibitors
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Química Orgánica / Diseño experimental e in silico de fármacos
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 00222623
          DOI: 10.1021/jm1016279
          http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jm1016279?prevSearch=%255Bauthor%253A%2BDans%252C%2BP.%2BD.%255D

        • A hybrid all-atom/coarse grain model for multiscale simulations of DNA (Completo, 2011)
          MACHADO, M. R. , PABLO D. DANS , PANTANO, S
          Physical Chemistry Chemical Physics, v.: 13 p.:18134 - 18144, 2011
          Palabras clave: Molecular dynamics nucleic acids multiscale modelling
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 14639076
          DOI: 10.1039/c1cp21248f
          http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2011/CP/c1cp21248f

        • Another Coarse Grain Model for Aqueous Solvation: WAT FOUR? (Completo, 2010)
          L. DARRE , MACHADO, M. R. , PABLO D. DANS , F. E. HERRERA , PANTANO, S
          Journal of Chemical Theory and Computation, 2010
          Palabras clave: Molecular dynamics electrostatics nucleic acids minor groove narrowing water
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 15499618
          DOI: 10.1021/ct100379f
          http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct100379f?prevSearch=%2528Darr%25C3%25A9%252CL.%2529%2BNOT%2B%25

        • A Coarse Grained Model for Atomic-Detailed DNA Simulations with Explicit Electrostatics (Completo, 2010)
          PABLO D. DANS , ZEIDA, A. , MACHADO, M. , PANTANO, S
          Journal of Chemical Theory and Computation, v.: 6 p.:1711 - 1725, 2010
          Palabras clave: Acidos nucleicos Coarse-grain Dinámica Molecular
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica/Bioinformatica
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 15499618
          DOI: 10.1021/ct900653p
          http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct900653p?prevSearch=%255Bauthor%253A%2BDans%252C%2BP.%2BD.%255D
          Coarse-grain (CG) techniques allow considerable extension of the accessible size and time scales in simulations of biological systems. Although many CG representations are available for the most common biomacromolecules, very few have been reported for nucleic acids. Here, we present a CG model for molecular dynamics simulations of DNA on the multi-microsecond time scale. Our model maps the complexity of each nucleotide onto six effective superatoms keeping the “chemical sense” of specific Watson−Crick recognition. Molecular interactions are evaluated using a classical Hamiltonian with explicit electrostatics calculated under the framework of the generalized Born approach. This CG representation is able to accurately reproduce experimental structures, breathing dynamics, and conformational transitions from the A to the B form in double helical fragments. The model achieves a good qualitative reproduction of temperature-driven melting and its dependence on size, ionic strength, and sequence specificity. Reconstruction of atomistic models from CG trajectories give remarkable agreement with structural, dynamic, and energetic features obtained from fully atomistic simulation, opening the possibility to acquire nearly atomic detail data from CG trajectories.

        • Density Functional Theory Characterization and Descriptive Analysis of Cisplatin Related Compounds (Completo, 2009)Trabajo relevante
          PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO
          Journal of Chemical Information and Modeling, v.: 49 6 , p.:1407 - 1419, 2009
          Palabras clave: Datamining sobre propiedades moleculares DFT conceptual Antitumorales con Pt(II) y Pd(II)
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional y Datamining
          Medio de divulgación: Papel
          Lugar de publicación: American Chemical Society
          ISSN: 15499596
          http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ci800421w
          Quantum and nonquantum descriptors clearly related to physicochemical features and predictors of the trends to evolve along different stages of a known mechanism of action were determined for a set of square-planar compounds of general formula [MIIA1A2L1L2] (MII = Pt(II)/Pd(II); Ai/Li = carrier/labile ligands), structurally related to the anticancer agent Cisplatin. Selected compounds have been sorted and classified by Ward’s Cluster Analysis and Principal Components Analysis data-mining techniques using seventeen 1D and two 3D of such theoretical descriptors calculated at the DFT level (PCM-B3LYP/LANL2DZ/6-31G*). A rationale emerging from the study is that whereas most significant differences come from substitution of Cisplatin ligands, cis/trans isomerism, and exchange of MII introduce minor alterations in the electronic/geometrical structure. This provides theoretical support to the assay of transplatinum compounds as potential anticancer drugs, a fact already pointed out by empirical evidence. Similarly, the little geometrical/electronic differences triggered by switching MII from Pt to Pd enable us to devise a rational path to propose new compounds with expected good anticancer profiles, tuning alterations introduced by simultaneously changing both metal and ligands. Current results serve thus to enlarge the Cleare-Hoeschele guides for Pt(II) square-planar anticancer potential drugs to Pd(II) compounds, both using cis/trans scaffolds.

        • Isoform-specific determinants in the HP1 binding to histone 3: insights from molecular simulations (Completo, 2009)
          MACHADO, M. , PABLO D. DANS , PANTANO, S
          Amino Acids, v.: 38 p.:1571 - 1581, 2009
          Palabras clave: Epigenetics HIV-1 Transcription Phosphorylation and methylation
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Simulaciones Biomoleculares
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 09394451
          DOI: 10.1007/s00726-009-0371-3

        • Subcellular localization of the interaction between the human immunodeficiency virus transactivator Tat and the nucleosome assembly protein 1 (Completo, 2009)Trabajo relevante
          DE MARCO, A. , PABLO D. DANS , KNEZEVICH, A. , MAIURI, P. , PANTANO, S , MARCELLO, A.
          Amino Acids, v.: 38 p.:1583 - 1593, 2009
          Palabras clave: HIV Chromatin hNAP-1 FRET Protein interaction
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Virología / Virología molecular, interacción proteina-proteina, docking.
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 09394451
          DOI: 10.1007/s00726-009-0378-9

        • Structural and energetic study of Cisplatin and derivatives: comparison of the performance of Density Functional Theory implementations (Completo, 2008)Trabajo relevante
          PABLO D. DANS , CRESPO, A. , DARÍO A. ESTRIN , E. LAURA COITIÑO
          Journal of Chemical Theory and Computation, v.: 4 5 , p.:740 - 750, 2008
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / química teórica
          Medio de divulgación: Papel
          Lugar de publicación: American Chemical Society
          ISSN: 15499618
          http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ct7002385
          In this work, we compare the performance of different DFT implementations, using analytical and numerical basis sets for the expansion of the atomic wave function, in determining structural and energetic parameters of Cisplatin and some biorelevant derivatives. Characterization of the platinum-containing species was achieved at the HF, MP2, and DFT (PBE1PBE, mPW1PW91, B3LYP, B3PW91, and B3P86) levels of theory, using two relativistic effective core potentials to treat the Pt atom (LanL2DZ and SBK), together with analytical Gaussian-type basis sets as implemented in Gaussian03. These results were compared with those obtained with the SIESTA code that employs a pseudopotential derived from the Troullier−Martins procedure for the Pt atom and numerical pseudoatomic orbitals as basis set. All modeled properties were also compared with the experimental values when available or to the best theoretical calculations known to date. On the basis of the results, SIESTA is an excellent alternative to determine structure and energetics of platinum complexes derived from Cisplatin, with less computational efforts. This validates the use of the SIESTA code for this type of chemical systems and thus provides a computationally efficient quantum method (capable to linear scaling at large sizes and available in QM/MM implementations) for exploring larger and more complex chemical models which shall reproduce more faithfully the real chemistry of Cisplatin in physiological conditions.

      • No Arbitrados

        • B-DNA polymorphisms at the base pair step level (Resumen, 2012)
          PABLO D. DANS

          FEBS Journal (The), v.: 279 p.:529 - 529, 2012
          Palabras clave: Molecular dynamics X-ray conformational space Helical conformations Binormality and bimodality
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos / Biología computacional
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 1742464X
  • Libros

    • Computational Tools for Chemical Biology ( Participación , 2017)
      HANSEL GOMEZ , JURGEN WALTHER , DARRÉ L. , IVAN IVANI , PABLO D. DANS , MODESTO OROZCO
      Edición: Sonsoles Martín-Santamaría,
      Editorial: Royal Society of Chemistry, UK
      Tipo de puplicación: Investigación
      DOI: 10.1039/9781788010139-00165
      Referado
      En prensa
      Escrito por invitación
      Palabras clave: Modelado molecular ADN / ARN Simulaciones Mecanica cuantica Mecanica Clasica Metodos de grano grueso Modelos mesoscópicos
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Biología computacional, biofísica teórica, bioinformática estructural y química teórica
      Medio de divulgación: Papel
      ISSN/ISBN: 978-1-78262-700-5
      Financiación/Cooperación:
      Institute for Research in Biomedicine / Remuneración, España
      http://pubs.rsc.org/-/content/chapter/bk9781782627005-00165/978-1-78801-013-9

      Capítulos:
      Molecular Modelling of Nucleic Acids
      Organizadores: Sonsoles Martín-Santamaría
      Página inicial 165, Página final 197
    • Primer foro de innovaciones educativas en la enseñanza de grado ( Participación , 2002)
      E. LAURA COITIÑO , PABLO D. DANS , VASQUEZ, S , CASTRO, A
      Edición: ,
      Editorial: Comisión Sectorial de Enseñanza, Montevideo
      Tipo de puplicación: Investigación
      Palabras clave: Enseñanza de la Fisicoquímica moderna Facultad de Ciencias - UDELAR
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Enseñanza de la Fisicoquímica
      Medio de divulgación: Papel
      ISSN/ISBN: 9974001900
      Financiación/Cooperación:
      Institución del exterior / Apoyo financiero,

      Capítulos:
       Enseñanza de la fisicoquímica a nivel molecular en el currículum de la Licenciatura en Bioquímica: Resultados de 5 años de exploración educativa
      Organizadores: Comisión Sectorial de Enseñanza - Universidad de la República
      Página inicial 164, Página final 172
  • Publicación de trabajos presentados en eventos

    • Linking chromatin structure, chromosome conformation, and gene regulation (2019)
      Resumen
      PABLO D. DANS

      Evento: Local
      Descripción: Barcelona BioMed Seminars: Research Node's Seminar
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2019
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
    • Linking chromatin structure, chromosome conformation, and gene regulation (2019)
      Resumen
      PABLO D. DANS , NEGUEMBOR, M.V. , BUITRAGO, B. , WALTHER, J. , MARIMON ROMERO, P. , BRUN-HEATH, I. , COSMA, P. , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: Biophysical Society Thematic Meetings - Multiscale Modeling of Chromatin: Bridging Experiment with Theory
      Ciudad: Les Houches
      Año del evento: 2019
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • From Optical Microscopy and Genome-Wide Analysis to Near Atomic Resolution of Human Genes (2019)
      Resumen
      PABLO D. DANS , NEGUEMBOR, M.V. , BUITRAGO, B. , WALTHER, J. , LEMA, R. , MARIMON ROMERO, P. , BRUN-HEATH, I. , COSMA, P. , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: Biophysical Society of Canada ? Annual Meeting
      Ciudad: Toronto
      Año del evento: 2019
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Correlation between chromatin structure, chromosome conformation, and gene regulation (2019)
      Resumen
      BUITRAGO, D. , NEGUEMBOR, M. V. , WALTHER, J. , ARCON, J, P. , PABLO D. DANS , BRUN-HEATH, I. , LEMA, R. , COSMA, P. , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: EMBO Workshop: The genome in three dimensions
      Ciudad: Kyllini
      Año del evento: 2019
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Structural Bioinformatics meets Nucleic Acids: Models, databases, tools and applications (2019)
      Resumen
      PABLO D. DANS

      Evento: Internacional
      Descripción: X International Conference on Bioinformatics ? Iberoamerican Society of Bioinformatics
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2019
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Structural Characterization of the oxidizing power of Mn-Peroxidases (2019)
      Resumen
      da ROSA, G. , Guallar, V. , CECCHETTO, G. , PABLO D. DANS

      Evento: Internacional
      Descripción: X International Conference on Bioinformatics ? Iberoamerican Society of Bioinformatics
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2019
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • La primavera de 1953: La entrada en escena de la doble hebra de ADN (2019)
      Resumen
      PABLO D. DANS

      Evento: Nacional
      Descripción: Programa Hacer ConCiencia (ANTEL - PEDECIBA)
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2019
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos /
      Medio de divulgación: Internet
      https://www.antel.com.uy/web/innova/innovacion/-/asset_publisher/zn28gH7fD27k/content/hacer-concienc
    • DNA Structure and Dynamics: Two Successful Stories using HPC (2019)
      Resumen
      PABLO D. DANS

      Descripción: EuroHPC Summit Week 2019
      Ciudad: Poznan
      Año del evento: 2019
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
    • Revealing Human Genes 3D Structural Reorganization during Differentiation/Reprogramming at near Atomic Resolution (2019)
      Resumen
      PABLO D. DANS

      Evento: Internacional
      Descripción: 4th Protein Biophysics at the end of the world
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2019
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • GenStorm: an integrated approach to visualize and model the spatial conformation of genes at the nanoscale level (2018)
      Resumen
      NEGUEMBOR, M.V. , PABLO D. DANS , RICCI, M. A. , BIUTRAGO, D. , WALTHER, J. , BRUN-HEATH, I. , COSMA, P. , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: CECAM-Lorentz Joint Workshop: Multiscale-modelling of nucleosomes and their positioning on DNA
      Ciudad: Lausanne
      Año del evento: 2018
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • A chromatin multi-scale model: from atomistic to coarse-grained and back (2018)
      Resumen
      WALTHER, J. , PABLO D. DANS , BATTISTINI, F. , TIESSLER, L. , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: CECAM-Lorentz Joint Workshop: Multiscale-modelling of nucleosomes and their positioning on DNA
      Ciudad: Lausanne
      Año del evento: 2018
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Visualizing and modeling the spatial conformation of genes and chromosomes at the nanoscale level (2018)
      Resumen
      PABLO D. DANS , NEGUEMBOR, M.V. , RICCI, M. A. , BIUTRAGO, D. , WALTHER, J. , BRUN-HEATH, I. , COSMA, P. , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: CECAM Workshop: Epigenetics and Multiscale Genomics
      Ciudad: Lausanne
      Año del evento: 2018
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Understanding the link between chromatin structure, chromosome conformation, and gene regulation (2018)
      Resumen
      BUITRAGO, D. , PABLO D. DANS , LEMA, R. , NEGUEMBOR, M. V. , BRUN-HEATH, I. , COSMA, P. , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: CECAM Workshop: Epigenetics and Multiscale Genomics
      Ciudad: Lausanne
      Año del evento: 2018
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • B-DNA Structural Polymorphisms Explain the Sequence Preferences of Small Intercalators (2018)
      Resumen
      PABLO D. DANS , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: ISQBP President's Meeting
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2018
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Integrating high-resolution optical microscopy and coarse-grained models of chromosome segments (2018)
      Resumen
      MARIMON ROMERO, P. , NEGUEMBOR, M. V. , BIUTRAGO, D. , PABLO D. DANS , WALTHER, J. , BRUN-HEATH, I. , LEMA, R. , COSMA, P. , OROZCO, M.

      Evento: Nacional
      Descripción: Jornadas de Bioinformática i Genómica
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2018
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • A multiscale model of chromatin at bp-level (2017)
      Resumen
      WALTHER, J. , PABLO D. DANS , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: CECAM workshop ?Challenges across Large-Scale Biomolecular and Polymer Simulations
      Ciudad: Viena
      Año del evento: 2017
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Understanding the molecular basis of damaged DNA recognition by the protein MutS (2017)
      Resumen
      GARCIA , O. , PABLO D. DANS , OROZCO, M.

      Evento: Nacional
      Descripción: XVI congreso de la Sociedad Biofísica de España
      Ciudad: Sevilla
      Año del evento: 2017
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Deciphering the conformational code behind the indirect readout of DNA sequences (2017)
      Resumen
      PABLO D. DANS , OROZCO, M.

      Evento: Nacional
      Descripción: XVI congreso de la Sociedad Biofísica de España
      Ciudad: Sevilla
      Año del evento: 2017
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • The physical basis of allosterism and signal transfer in DNA (2017)
      Resumen
      BALACEANU, A. , PABLO D. DANS , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: Royal Society Conference: Allostery and Molecular Machines
      Ciudad: Londres
      Año del evento: 2017
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • CyberRNAting: A web application to assess RNA 3D structure peculiarities (2017)
      Resumen
      GALLEGO, D. , BAYARRI, G. , HOSPITAL, A. , PABLO D. DANS , OROZCO, M.

      Evento: Nacional
      Descripción: XI RANN
      Ciudad: Madrid
      Año del evento: 2017
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • A Montecarlo model to assess chromatin conformation (2017)
      Resumen
      WALTHER, J. , PABLO D. DANS , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: EMBO Conference: Nuclear Structure and Dynamics
      Ciudad: L'Ille sur la Sorgue
      Año del evento: 2017
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Expanding the boundaries of DNA crystal simulations (2017)
      Resumen
      PABLO D. DANS

      Evento: Nacional
      Descripción: 11th RES Users' Meeting & 6th HPC Advisory Council Conference
      Ciudad: Santiago de Compostela
      Año del evento: 2017
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Looking at RNA through ?/? glasses (2016)
      Resumen
      GALLEGO, D. , DARRÉ L. , PABLO D. DANS , OROZCO, M.

      Descripción: RNA Structure, Dynamics and Function
      Ciudad: Trieste
      Año del evento: 2016
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • t-RNAsaurus rex and the frozen genetic code (2016)
      Resumen
      PABLO D. DANS

      Evento: Nacional
      Descripción: VII Reunión de la Red Temática Española de RNA
      Ciudad: Madrid
      Año del evento: 2016
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Ribose2'-hydroxyl group orientation in RNA: How well do force fields perform (2016)
      Resumen
      DARRÉ L. , IVANI, I. , PABLO D. DANS , GOMEZ, H. , GALLEGO, D. , BATTISTINI, F. , OROZCO, M.

      Evento: Nacional
      Descripción: XXXII annual meeting of reference network of R+D+I on theoretical and computational chemistry
      Ciudad: Cerdanyola del Vallès
      Año del evento: 2016
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Revisiting the ribose 2'-hydroxyl group orientation in RNA: insights from the Protein Data Bank and molecular simulations (2016)
      Resumen
      DARRÉ L. , IVANI, I. , PABLO D. DANS , GOMEZ, H. , GALLEGO, D. , BATTISTINI, F. , OROZCO, M.

      Evento: Nacional
      Descripción: VII Reunión de la Red Temática Española de RNA
      Ciudad: Madrid
      Año del evento: 2016
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Simulation of chromatin structure from epigenetic domains (2016)
      Resumen
      BUITRAGO, D. , PABLO D. DANS , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: Conference on Genome Architecture in Space and Time
      Ciudad: Trieste
      Año del evento: 2016
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
    • A coarse-grained model to study chromatin in 3D (2016)
      Resumen
      WALTHER, J. , PABLO D. DANS , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: Dynamics of Genome Structure: 4D Genome ERC Synargy Project
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2016
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
    • Modeling chromatin organization based on epigenetic modifications (2016)
      Resumen
      PABLO D. DANS , BUITRAGO, D. , OROZCO, M.

      Evento: Nacional
      Descripción: 1st Biomed PhD Day Symposium
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2016
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • A Talk with Siméon, Ludwig and Doofenshmirtz: Direct Measurement of the Dielectric Polarization Properties of DNA (2016)
      Resumen
      PABLO D. DANS

      Evento: Regional
      Descripción: 1er Workshop Latinoamericano de Modelado Molecular y Simulación Computacional
      Ciudad: Buenos Aires
      Año del evento: 2016
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
      https://workshopsimulacion.wordpress.com/
    • A Talk with Siméon and Ludwig: Direct Measurement of the Dielectric Polarization Properties of DNA (2015)
      Resumen
      PABLO D. DANS

      Evento: Internacional
      Descripción: X Meeting on Nucleic Acids and Nucleosides (X RANN)
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2015
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Breaking down DNA allostery: A protein-DNA binding computational study (2015)
      Resumen
      BALACEANU, A. , PABLO D. DANS , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: FEBS-EMBO Conference
      Ciudad: Paris
      Año del evento: 2015
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Towards multiscale investigation of base-pair level properties of chromatin (2015)
      Resumen
      PABLO D. DANS , WALTHER, J. , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: New Trends in Computational Chemistry for Industry Applications
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2015
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • A Montecarlo model to sample B-DNA conformations efficiently (2015)
      Resumen
      WALTHER, J. , PABLO D. DANS , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: EMBO Conference: Nuclear Structure and Dynamics
      Ciudad: L'Ille sur la Sorgue
      Año del evento: 2015
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • t-RNAsaurus rex and the freezing of the genetic code (2015)
      Resumen
      PABLO D. DANS

      Evento: Nacional
      Descripción: III Jornadas de Bioinformática y Biología Computacional
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2015
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • Unraveling the sequence-dependent polymorphic behavior of CpG steps in B-DNA (2014)
      Resumen
      PABLO D. DANS , FAUSTINO, I. , BATTISTINI, F. , ZAKRZEWSKA, K. , LAVERY, R. , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: meeting annual del Ascona B-DNA Consortium
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2014
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
      Financiación/Cooperación:
      Instituto de Investigacion Biomedia Barcelona / Apoyo financiero, España
    • A talk with Siméon and Ludwig: Direct measurement of the dielectric properties of DNA (2014)
      Resumen
      PABLO D. DANS

      Evento: Local
      Descripción: 1st IRB Barcelona Postdoc Day
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2014
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • The origins of cooperativiy in Protein-DNA binding: A computational study (2014)
      Resumen
      BALACEANU, A. , PABLO D. DANS , OROZCO, M.

      Evento: Internacional
      Descripción: CECAM Workshop Modeling cellular life: From single molecules to cellular function
      Ciudad: Lausanne
      Año del evento: 2014
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
      Financiación/Cooperación:
      Instituto de Investigacion Biomedia Barcelona / Apoyo financiero, España
    • EPIGENETIC MODIFICATIONS: THE TICK MARKS OF THE CLOCK OF LIFE? Moving from CpG and methyl-CpG to hydroxymethyl-CpG (2013)
      Resumen
      F. BATTISTINI , PABLO D. DANS , M. OROZCO

      Evento: Internacional
      Descripción: The clock of life
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2013
      Palabras clave: DNA mechanical properties MD simulations Mesoscopic model Nucleosome formation prediction
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Fisicoquímica teórica
      Medio de divulgación: Papel
      http://mmb.irbbarcelona.org/irbphdsymposium/index.php/home.html
    • Exploring polymorphisms in B-DNA helical conformations (2012)
      Resumen
      PABLO D. DANS , A. PÉREZ , I. FAUSTINO , LAVERY, R , M. OROZCO

      Evento: Regional
      Descripción: XXVIII Reunió Anual de la Xarxa de Referència de R+D+i en Química Teòrica i Computacional
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2012
      Palabras clave: Molecular dynamics X-ray conformational space
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
      Medio de divulgación: Papel
      http://www.xrqtc.com/index.php/ca/xxvii-portada
    • B-DNA polymorphisms at the base pair step level (2012)
      Resumen
      I. FAUSTINO , PABLO D. DANS , A. PÉREZ , M. OROZCO

      Evento: Internacional
      Descripción: Bio-NMR
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2012
      Pagina inicial: 24
      Pagina final: 24
      Palabras clave: Molecular dynamics X-ray conformational space Normality / Binormality
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
      Medio de divulgación: Papel
      http://mmb.irbbarcelona.org/BioNMR2012/regis.htm
    • Model selection using Bayesian statistics in structural and computational biology (2012)
      Resumen
      PABLO D. DANS , M. OROZCO

      Evento: Internacional
      Descripción: Bayesian methods in biostatistics and bioinformatics
      Ciudad: Barcelona
      Año del evento: 2012
      Palabras clave: Helical conformations Bayesian methods structural databases MD simulations
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Matemáticas / Estadística y Probabilidad / Bioestadistica y bioinformatica
      Medio de divulgación: Papel
      http://www.irbbarcelona.org/index.php/en/events/barcelona-bioconferences/past/bayesian-methods-in-bi
    • Bimodality in B-DNA Helical Parameters: “Reality” or Force-Field Artifact? (2011)
      Resumen
      PABLO D. DANS , M. OROZCO

      Evento: Internacional
      Descripción: Coarse-Grain Mechanics of DNA: Part II From Electrons to Oligomers
      Ciudad: Lausanne
      Año del evento: 2011
      Pagina inicial: 15
      Pagina final: 15
      Palabras clave: Molecular dynamics X-ray conformational space
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
      Medio de divulgación: Papel
      http://www.cecam.org/workshop-539.html
    • Breathing, bubbling, bending (and binding?): DNA flexibility from multimicrosecond simulations (2011)
      Resumen
      ZEIDA, A. , MACHADO, M. R. , PABLO D. DANS , PANTANO, S

      Evento: Internacional
      Descripción: Coarse-Grain Mechanics of DNA: Part II From Electrons to Oligomers
      Ciudad: Lausanne
      Año del evento: 2011
      Pagina inicial: 14
      Pagina final: 14
      Palabras clave: Molecular dynamics Coarse-grained force field
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
      Medio de divulgación: Papel
      http://www.cecam.org/workshop-539.html
    • Ion-induced DNA conformational changes explored in the microsecond time scale by coarse-grain molecular dynamics simulations (2011)
      Resumen
      L. DARRE , PABLO D. DANS , PANTANO, S

      Evento: Regional
      Descripción: 2do congreso de la asociación argentina de bioinformática y biología computacional
      Ciudad: Córdaba, Argentina
      Año del evento: 2011
      Palabras clave: Acidos nucleicos Simulaciones coarse-grain DNA bending
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
      http://a2b2c.org.ar/cordoba-2011.html
    • Plug and play model to perform multiscale simulations with DNA (2011)
      Resumen
      MACHADO, M. , PABLO D. DANS , PANTANO, S

      Evento: Regional
      Descripción: 2do congreso de la asociación argentina de bioinformática y biología computacional
      Ciudad: Córdaba, Argentina
      Año del evento: 2011
      Palabras clave: Simulaciones atomísticas Simulaciones coarse-grain
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
      http://a2b2c.org.ar/cordoba-2011.html
    • Coarse-Grain Model for Nucleic acids at nearly atomistic resolution (2010)
      Resumen
      PABLO D. DANS , PANTANO S

      Evento: Internacional
      Descripción: Internacional Computational Modelling and Simulation of Biological Systems Workshop
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2010
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • 3D Scaled model of HIV-1 transcriptional mechanery (2010)
      Resumen
      MACHADO, M. , PABLO D. DANS , L. DARRE , PANTANO, S

      Evento: Regional
      Descripción: 3er Latin American Protein Society Meeting
      Ciudad: Salta, Argentina
      Año del evento: 2010
      Palabras clave: HIV Modelos tridimensionales a escala
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática estructural
      Medio de divulgación: Papel
      http://www.laproteinsociety.org/
    • Hybrid All-Atom/Coarse-Grain Models for DNA Simulations in Implicit and Explicit Solvents (2010)
      Resumen
      PABLO D. DANS , L. DARRE , MACHADO, M. , ZEIDA, A. , PANTANO, S

      Evento: Internacional
      Descripción: Congrès de Chimie Théorique
      Ciudad: Anglet - Francia
      Año del evento: 2010
      Palabras clave: Coarse-grain Molecular dynamics nucleic acids
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Papel
      http://quitel.univ-pau.fr/live/inicio
    • Hybrid All-Atom/Coarse-Grain Models for DNA Simulations in Explicit Solvents (2010)
      Resumen
      PABLO D. DANS , L. DARRE , MACHADO, M. , ZEIDA, A. , PANTANO, S

      Evento: Internacional
      Descripción: Conference on Molecular Aspects of Cell Biology: A Perspective from Computational Physics
      Ciudad: Trieste - Italia
      Año del evento: 2010
      Palabras clave: Coarse-grain Molecular dynamics nucleic acids
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Papel
      http://cdsagenda5.ictp.trieste.it/full_display.php?smr=0&ida=a09170
      Co-financiado por las Naciones Unidas y el International Center for Theoretical Physics (ICTP)
    • Coarse Grained Models for Atomic-Detailed DNA Simulation with Explicit Electrostatics (2010)
      Resumen
      PABLO D. DANS , MACHADO, M. , L. DARRE , ZEIDA, A. , PANTANO, S

      Evento: Internacional
      Descripción: 2do Congreso Argentino de Bioinformática
      Ciudad: Quilmes, Argentina
      Año del evento: 2010
      Palabras clave: Simulaciones ADN Modelos simplificados
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Papel
      http://a2b2c.org.ar/quilmes-2010-programa.html
    • Improving the performance of our coarse-grain model for dna simulations (2010)
      Resumen
      ZEIDA, A. , PABLO D. DANS , MACHADO, M. , PANTANO, S

      Evento: Internacional
      Descripción: 2do Congreso Argentino de Bioinformática
      Ciudad: Quilmes, Argentina
      Año del evento: 2010
      Palabras clave: Simulaciones Modelos simplificados desempeño costo/presición
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Papel
      http://a2b2c.org.ar/quilmes-2010-programa.html
    • WT4: a new coarse grain model for water (2010)
      Resumen
      L. DARRE , MACHADO, M. , PABLO D. DANS , F. E. HERRERA , PANTANO, S

      Evento: Internacional
      Descripción: 2do Congreso Argentino de Bioinformática
      Ciudad: Quilmes, Argentina
      Año del evento: 2010
      Palabras clave: Coarse-grain Molecular dynamics water electrolytes
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Papel
      http://a2b2c.org.ar/quilmes-2010-programa.html
    • Non topological coarse-grained model for simulating RNA fragments in the multi µs timescale (2009)
      Resumen
      PABLO D. DANS , PANTANO, S

      Evento: Internacional
      Descripción: VII Iberoamerican Congress of Biophysics
      Ciudad: Buzios
      Año del evento: 2009
      Palabras clave: Modelos Coarse-Grain Simulaciones biomoleculares
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica/Bioinformatica
      Medio de divulgación: Papel
      http://www.sbbf.org.br/congresso2009/
    • IPMONT researches feasible with Grid Computing (2009)
      Resumen
      PABLO D. DANS

      Evento: Internacional
      Descripción: EELA-2 Grid Computing Workshop
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2009
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Calculo intensivo
      Medio de divulgación: Internet
    • Development of a coarse-grained model at the base-level for DNA (2009)
      Resumen
      PABLO D. DANS , ZEIDA, A. , PANTANO, S

      Evento: Internacional
      Descripción: VII Iberoamerican Congress of Biophysics
      Ciudad: Buzios
      Año del evento: 2009
      Palabras clave: Modelos Coarse-Grain Simulaciones biomoleculares
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica/Bioinformatica
      Medio de divulgación: Papel
      http://www.sbbf.org.br/congresso2009/
    • Desarrollo de un modelo simplificado para simulación de ADN (2009)
      Resumen
      ZEIDA, A. , PABLO D. DANS , PANTANO, S

      Evento: Nacional
      Descripción: 6tas Jornadas de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de la Sociedad Uruguaya de Biociencias
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2009
      Palabras clave: Modelos Coarse-Grain Simulaciones biomoleculares
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica/Bioinformatica
      Medio de divulgación: Papel
      http://www.iibce.edu.uy/SBBM/
    • Singularidades del compuesto antitumoral oxaliplatino evidenciadas por comparación de potenciales electrostáticos 3D (2009)
      Resumen
      MERLINO, A. , MARÍN, R. M. , PABLO D. DANS , DAZA, E. E. , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Nacional
      Descripción: 6tas Jornadas de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de la Sociedad Uruguaya de Biociencias
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2009
      Palabras clave: Data mining Analogos del Cisplatino Oxaliplatino
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Fisicoquímica computacional
      Medio de divulgación: Papel
      http://www.iibce.edu.uy/SBBM/
    • Scaling properties of biopolymers assessed through protein crystal structures (2009)
      Resumen expandido
      GRAÑA, M , ROMERO, H , PABLO D. DANS , NAYA, H

      Evento: Internacional
      Descripción: 5th ISCB Student Council Symposium
      Ciudad: Estocolmo
      Año del evento: 2009
      Palabras clave: Datamining Base de datos estructurales Scaling en proteinas
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Papel
    • Desarrollo de un modelo híbrido All-Atom / Coarse-Grain para acidos nucleicos (2008)
      Resumen
      PABLO D. DANS , PANTANO S

      Evento: Local
      Descripción: 1eras Jornadas de Bioinformática Local
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2008
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Internet
    • From Mono to Bifunctional Binding of Cisplatin to DNA: Characterizing the Sequence-Dependent DNA Structural Changes with QM/MM Methods (2008)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO , CRESPO, A. , DARÍO A. ESTRIN

      Evento: Internacional
      Descripción: Conference on modeling and computation of structure and dynamics of condensed phase systems
      Ciudad: Trieste
      Año del evento: 2008
      Palabras clave: Interacción Cisplatino-ADN Modelado QM/MM
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
      Cisplatin, cis-[Pt(NH3)2Cl2] -a widely used anticancer drug- displays its activity primarily by modifying genomic DNA through a mechanism involving activation by hydrolysis prior to the N7 bonding on two adjacent purines that bends and unwinds DNA, causing a distortion that triggers the apoptotic pathway. Cisplatin-d(GpG) is the mayor adduct -65% of DNA injuries-, followed by ~25% of d(ApG) 1,2 intrastrand cross-links. No d(GpA) adducts have been observed, a fact initially attributed to steric hindrance between Cisplatin NH3 ligands and the exocyclic NH2 in A. Finding the explanation incomplete compelled some of us to study how B-DNA local environments modulate G/A intrinsic trend to react within representative Cisplatin targets. DFT studies on G/A platination by Friesner et al. using bare nucleobases clearly supported Cisplatin kinetic/thermodynamic preference to G over A, but still lacked in the discrimination among 5’/3’ purine’s positions. Last year, Mantri et al. have calculated the approximated activation free energies for the d(pApG) and d(pGpA) closure showing that the bifunctional adducts formation is ~9 Kcal more favorable for the AG sequence. However, the diaqua-substituted derivatives of Cisplatin was used for the bifunctional adduct formation (nowadays, the monoaquo-substituted derivatives of Cisplatin is considered the most important active compound under physiological conditions). Also, the unconstrained optimization of the dinucleotides without considering DNA context did not allow them to conclude about the thermodynamic and structural differences. This point out the need of conducting studies on purine’s platination using more realistic models of DNA, able to include the influence of the macromolecular context in near physiological environment. In the present work three B-DNA 6 bp structures embedding Cisplatin GG, AG and GA intrastrand targets have been generated under near physiological conditions (37 ºC, 1 atm, electroneutrality by Na+ counterions) with Molecular Dynamics simulations (AMBER force field, TIP3P water in a octahedral box under PBC). 5’G/3’G monoadducts (5’G/3’G in GG; 3’G in AG; 5’G in GA) corresponding to reaction with mono- and diaquated Cisplatin derivatives have been generated on representative structures and optimized by QM/MM at the platinated region within each physiological DNA frame. The relaxed part of each structure included the drug moiety and the bonded G -described through a quantum DFT approach up to the center of the respective N-C glycosyl linkage- together with all the classical atoms comprised in a 8 Å regions from the former (~615 atoms). A detailed analysis of the electronic structure over the 4 central nucleobases in the 5’G/3’G sequences has also been performed by QM/MM single-point calculations considering both single and double strand quantum windows. This made possible to assess the nature of the electron density reorganization accompanying 5’G/3’G platination, pointing out a not negligible role for H-bond communication between complementary nucleobases in the process. To characterize bifunctional adducts formation, structural changes from the calculated 5’G/3’G in the GG monofunctional adducts were analyzed using the available experimental structures (PDB ID: 1a84, 1aio and 1au5). Results reveal a more favorable bifunctional closure starting from the 5’G monofunctional adduct in the GG sequences.
    • Development of a coarse-grained model of DNA and bulk water to tackle the simulation of DNA-drug interactions at the mesoscopic scale (2008)
      Resumen
      PABLO D. DANS , MACHADO, M. , PANTANO, S

      Evento: Internacional
      Descripción: International Conference on Drug Design and Discovery for Developing Countries
      Ciudad: Trieste
      Año del evento: 2008
      Palabras clave: Simulaciones moleculares Modelos Coarse-Grain para acidos nucleicos
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      Medio de divulgación: Papel
      All-atoms molecular dynamics (MD) simulations are a very powerful tool to predict structural, dynamical, and thermodynamical properties of biological molecules. Nevertheless the current computational power constrains this analysis to time scales of a few hundreds of nanoseconds, too short to follow several important biological processes, such as ligand-biomolecules recognition, protein-protein interactions, transcription regulation, signaling, complex self-assembly, etc. In addition, the number of degrees of freedom of biological systems is very large, and an appropriate phase space exploration of large length scales biological molecules is not feasible. To bridge the gap between times scales of practicable simulations and those of biologically relevant motions and also fill the lack between a microscopic representations of biomolecules to mesoscopic length scales, several simplified methods have been proposed. One type of such methods are based on a coarse-grained (CG) representation of the all-atoms system in which the potential energy is expressed in terms of harmonic springs between spatially close effective centroids representing functional groups or residues in biomolecules. Several properties calculated with these approaches agree well with experimental and/or MD data with significantly less computational efforts. While adequate representations of DNA exist at the atomic (all-atoms) and continuum level, there is a relative lack of models capable of describing its behavior at mesoscopic length scales. In addition, the need of a coarse-grain model of DNA that preserves the molecular recognition and specificity between DNA strands and between DNA and physiological conditions compelled us to develop a mesoscale model of DNA that reduces the complexity of a nucleotide to six interactions sites. This model preserves the 5’-3’ structural polarity of the DNA chains and the molecular nature of the Watson-Crick’s hydrogen bonds. As most of the degrees of freedom of a biological system, and hence the computational demand to simulate it, are generally associated with the environment (solvent, ions concentration, etc.), we also present a coarse-grained model to describe bulk water (WAT4 model) in which five water molecules are replaced with four effectives centroids. Three duplex DNA sequences, each containing 24 base pairs (bp), namely d{pA24}•d{pT24}, d{pC24}•d{pG24}, and a 24 bp extension of the Dickerson’s dodecamer d{pCpGpCpGpApApCpGpCpGpApApTpTpCpGpCpGpTpTpCpGpCpG}2 were simulated with MD methods using all-atoms and the coarse-grained representations. For DNA, parameters compatibles with amber type force fields are being adjusted to reproduce the structural behavior of the double helix. Preliminary results about the DNA structural stability and the transitions from the A to the B form are presented. In the WAT4 model the parameters that are also compatibles with the amber force field are being tuned to reproduce water properties like fluidity, and radial distribution function of water molecules. These models provide a scaffold for a more realistic representation of Drug-DNA interactions within a biological environment.
    • Aspectos mecanísticos de la interconversión directa e inversa del Cisplatino/Transplatino (2007)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Internacional
      Descripción: XXXIII Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina (QUITEL)
      Ciudad: La Habana
      Año del evento: 2007
      Palabras clave: Modelado cuantico Isomerización del Cisplatino
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
      Whereas Cisplatin [cis-diamminedichloroplatinum(II)] is one of the leading anticancer drugs currently in use against several solid and disseminated tumors, Transplatin -its trans isomer- does not display cytotoxicity. Under this light, Cisplatin to Transplatin isomerization becomes a relevant subject of study, conceived as one of the possible inactivation paths for the drug, both under storage conditions as well as once in the body. In recent times, several single and multinuclear trans square planar Pt(II) species have been shown to display anticancer activity or cytotoxicity, defying decades of mainstream in synthesis and screening of new potential analogues essentially oriented towards cis Pt(II) compounds (according to Cleare-Hoeschele SAR rules established in the 70s). The advent of trans species into the world of drug candidates also places interest in studying the fundamentals of trans to cis conversion processes. In this work cis-trans conversion from Cisplatin to Transplatin and viceversa have been characterized at a molecular level. Based on the trans-influence and trans-effect, two different reaction paths are proposed here, each one constituted by three elementary SN2 steps as follows: a) aquation of each original species; b) isomerization of the activated monoaquo derivative; c) substitution of water by the original ligand. As far as we know, transition states connecting the isomerizing aquo species and several intermediates are reported here for the first time. All the stable (reactants, products and 10 possible intermediate complexes) and 6 transition state structures were optimized in vacuo without restrictions at the B3LYP/6 31G*/LANL2DZ level of theory and characterized based on the analytical Hessian. The effect of the equilibrated bulk solvent (water) in the energetics -barriers comprised within 13 and 37 kcal/mol- and several structural and reactivity descriptors emerged from a DFT conceptual approach was introduced by means of single point calculations at the same level using the IEF-PCM continuum model and UAKS radii for general shape cavities containing solutes. The obtained results show isomerization of the aquo species as the rate-determinant step of the cis-trans conversion. Whereas Cisplatin isomerization is feasible, Transplatin is considerably less prone to convert (activation barriers of 24 and 37 kcal/mol, respectively) in agreement with experimental observation under laboratory conditions.
    • Water dynamics in the hydration layer around central base-pairs in DNA sequences relevant to its damage and treatment (2007)
      Resumen
      PABLO D. DANS , MOURGLIA, G , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Internacional
      Descripción: International Congress of Biological Physics
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2007
      Palabras clave: Simulaciones moleculares Hidratación del ADN
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Since late eighties it is well known that conformational flexibility and thermodynamic stability of DNA owes essentially to his interaction with the medium, especially in aqueous solution.1 Several experimental and theoretical studies has focused on the hydration patterns of DNA related to the predominant biological structural conformation and the transition between these conformations in different medium.2 A few years later the attention was put towards the description of the water molecules in the first hydration layers of the DNA showing the existence of structural water and different hydration patterns between the major and minor groove.3 In addition, the first hydration layer of the singular nucleobases showed to be different, having clear implications on the sequence-dependent recognition of DNA through base-specific hydration.1b Recently, studies of water dynamics were focused to understand hydration changes accompanying binding and intercalation of small ligands with DNA or the effects of hydration on the electronic and hole transport properties of DNA related to oxidative damage.4 In this work, molecular dynamics (MD) simulations were performed to B DNA duplex dodecamer 5’-CGCTTxxTTGCG-3’ containing five different central base pairs motives relevant to oxidative damage (guanine runs, xx=GG) and to cancer treatment with chemotherapeutic agents as those of the Cisplatin and Mytomycin family (xx=AG, GA, CG and GC). 1 ns of production MD in explicit solvent was achieved using the parm99 parameter set in physiological conditions. To verify convergence of the trajectory special emphasis was put on the early structural detection of spines of hydration in the minor groove, extensive hydration of mayor groove and cones of hydration around phosphate groups. The comparative analysis of the micro-hydration around the central base pairs was done by means of radial distribution and pair correlation functions, residence times and density iso-surface of water molecules.
    • Gaining insight on how local an global environment tunes intrinsic reactivity of purines towards oxidative processes in DNA (2007)
      Resumen
      E. LAURA COITIÑO , PABLO D. DANS , CASTRO, A

      Evento: Internacional
      Descripción: International Congress of Biological Physics
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2007
      Palabras clave: Modelado cuantico Reactividad del ADN
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
    • Educación en Química de la Atmósfera y Polución: Experiencias Universitarias Presenciales y a Distancia, Reflexiones y Propuestas (2006)
      Resumen
      M. MACHADO , PABLO D. DANS , E. Laura Coitiño

      Evento: Nacional
      Descripción: Jornadas de Enseñanza Ambiental
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2006
      Editorial: Intendencia Municipal de Montevideo
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Tierra y relacionadas con el Medio Ambiente / Ciencias Medioambientales / Química de la atmósfera y polución
      Medio de divulgación: Internet
    • QSAR and Datamining on Theoretical Predictors for the Anticancer Profile of a Series of 35 Pt/Pd Square-Planar Complexes (2006)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Internacional
      Descripción: en la Conference on Drug Development for the Third World, International Centre for Theoretical Physics (ICTP)
      Ciudad: Trieste
      Año del evento: 2006
      Palabras clave: Modelado cuantico Datamining sobre propiedades moleculares DFT conceptual
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
    • A MD and QM/MM Characterization of Cisplatin-Guanine Monoadducts Embedded in B-DNA Hexamers under Physiological Conditions (2006)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO , CRESPO, A. , DARÍO A. ESTRIN

      Evento: Internacional
      Descripción: Eighth Giambiagi Winter School and Workshop “Research trends in clusters, biomolecules and materials”
      Ciudad: Buenos AIres
      Año del evento: 2006
      Palabras clave: Interacción Cisplatino-ADN Modelado QM/MM
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
      Cisplatin, cis-[Pt(NH3)2Cl2] -a widely used anticancer drug- primarily displays its activity by modifying genomic DNA through a mechanism involving activation by hydrolysis prior to N7 bonding to two adjacent purines that bends and unwinds DNA, causing a distortion that triggers the apoptotic pathway.1a Cisplatin-d(GpG) is the mayor adduct -65% of DNA injuries-, followed by ~25% of d(ApG) 1,2 intrastrand cross-links. No d(GpA) adducts have been observed, a fact initially attributed to steric hindrance between Cisplatin NH3 ligands and the exocyclic NH2 in A.1b Finding the explanation incomplete compelled some of us to study how B-DNA local environments modulate G/A intrinsic trend to react within representative Cisplatin targets.2 Our ab initio-PCM2a,b and ONIOM (HF/AMBER)2c results confirmed the existence of a clear correlation between the location a purine has in DNA and its trend to react with small electrophiles, reproducing the observed pattern of Cisplatin-DNA adducts and also shedding light into some experimental controversies about DNA’s platination kinetic preferences.1b,3 DFT studies on G/A platination by Friesner et al.4 using bare nucleobases clearly supported Cisplatin kinetic/thermodynamic preference to G over A, but still lacked in the discrimination among 5’/3’ purine’s positions. This point out the need of conducting studies on purine’s platination using more realistic models of DNA, able to include the influence of the macromolecular context and the pyhsiological environment. In the present work three B-DNA 6 bp structures embedding Cisplatin GG, AG and GA intrastrand targets have been generated under physiological conditions (37 ºC, 1 atm, electroneutrality by Na+ counterions) with Molecular Dynamics simulations (AMBER force field, TIP3P water in a octahedral box under PBC). Variations on the electronic structure accompanying thermal fluctuations have been followed by single point QM/MM (PBE/AMBER) calculations expanded over a 4 bp window on snapshots taken from the last 0.5 ns of simulation. 5’G/3’G monoadducts (5’G/3’G in GG; 3’G in AG; 5’G in GA) corresponding to reaction with mono- and diaquated Cisplatin derivatives have been generated on representative structures and optimized by QM/MM at the platinated region within each physiological DNA frame. The relaxed part of each structure included the drug moiety and the bonded G -described through a quantum DFT approach up to the center of the respective N-C glycosyl linkage- together with all the classical atoms comprised in a 8 Å region from the former. A detailed analysis of the electronic structure over the 4 central nucleobases in the 5’G*G sequence has also been performed by QM/MM single point calculations considering both single and double strand quantum windows. This made it possible to assess the nature of the electron density reorganization accompanying 5’G platination, pointing out a not negligible role for H-bond communication between complementary nucleobases in the process.
    • Why do CpG and GpC steps display different reactivity patterns in DNA? (2006)
      Resumen
      MOURGLIA, G , PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Internacional
      Descripción: Eighth Giambiagi Winter School and Workshop “Research trends in clusters, biomolecules and materials”
      Ciudad: Buenos Aires
      Año del evento: 2006
      Palabras clave: Simulaciones moleculares ADN
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
      DNA oxidative damage plays an important role at the cellular level, being associated with mutagenic and carcinogenic processes as well as with cellular ageing and several neurological disorders.(1) Nucleobases -mainly purines- undergo chemical transformations resulting in DNA damage, depending on the specific and unique local environments in DNA, a fact that becomes central to understand and predict preferential sites of attack by electron acceptor agents and ionizing radiation. Having the lowest ionization potential (IP) among the four DNA bases, Guanine (G) is the principal target for oxidative damage. Theoretical and empirical work has been conducted addressing the relationship between G reactivity and its particular local environment in DNA, basically characterized by the helix conformation and flanking bases in the sequence.(2-4) Early Ab initio studies showed that in general 5’G’s IP values are lower than for 3’G, being thus guanine more prone to react when located in the 5’ position.(4) Studies performed in our group working on 4 bases single strand DNA showed that compared to other G flanking sequences 5’G/3’G IP differences are stressed in 5’TGpCT3’ vs. 5’TCpGT3’ DNA local environments, a pattern that seemed to be unaffected by cytosine (C) methylation.(5) However, methylation of C in 5’CpG3’ steps has been shown to alter the reactivity pattern of DNA(6,7) by enhancement of the reactivity at G in the complementary strand, a fact that could be explained by assuming N2 nucleophilicity in G is increased by density reorganization through the hydrogen bond between complementary bases.(7) Since 95% of cytosine in CpG islands within regulatory regions of mammal genes is methylated (6) and methylation patterns are altered in neoplasms (having thus a potential role in carcinogenesis) exploring the intimate structural causes of G reactivity variations in GpC vs. CpG steps and in their methylated counterparts in more realistic conditions has been the scope of the present work. Molecular dynamics simulations using the AMBER force field have been performed in physiological conditions (310.15 K, 1 atm, electroneutrality by Na+ counterions, in a TIP3P octahedral box of 10 Å within periodic boundary conditions) for B DNA duplex dodecamers 5’CGCTTxxTTGCG3’ containing xx = GpC, CpG, Gp5mC and 5mCpG using AMBER 7.0. A detailed comparative analysis of several structural parameters characterizing DNA has been performed using CURVES 5.0.
    • Estudio de la hidratación de dos purinas centrales y su efecto en la reactividad de hexámeros de B-ADN simulados en condiciones fisiológicas (2006)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Nacional
      Descripción: 5as Jornadas de Bioquímica y Biología Molecular - SBBM/SUB
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2006
      Palabras clave: Modelado QM/MM Simulaciones moleculares Hidratación del ADN
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
      Desde finales de los ‘80 es sabido que la estabilidad y flexibilidad conformacional del ADN se debe fundamentalmente a su interacción con el entorno acuoso1a,b. En particular, estudios experimentales y teóricos han centrado su atención en los patrones de hidratación relacionados al equilibrio de las formas predominantes biológicamente (A y B-ADN) y su transición en diferentes entornos2. Trabajos más recientes se han enfocado hacia la descripción de las moléculas de agua en las primeras esferas de solvatación del ADN evidenciando la existencia de agua estructural y patrones de hidratación dependiente de la secuencia diferentes entre surco mayor y menor3a,b. En particular, se han observado diferentes patrones de enlace de hidrógeno con el ADN y entre las moléculas de agua de la primera esfera de solvatación de las bases Adenina (A) y Guanina (G) lo que tiene claras implicancias sobre el reconocimiento secuencia-específico del ADN a través de la solvatación base-específica1b. A su vez, la hidratación diferencial y la ubicación en el ADN de las purinas implican también cambios en su reactividad en términos de reorganización electrónica y transporte de carga4. En este trabajo se presenta un estudio de la hidratación de tres hexámeros de ADN ds(CpTpGpGpTpC), ds(CpTpApGpTpC) y ds(CpTpGpApTpC) simulados con métodos de Dinámica Molecular (AMBER) en condiciones fisiológicas (37ºC, 1 atm. y electroneutralidad) usando el campo de fuerza AMBER y una caja octaédrica de solvente TIP3P en condiciones periódicas. La reactividad en términos de densidad electrónica se analiza con métodos mixtos QM/MM (HF/AMBER) ONIOM implementado en el programa Gaussian03.
    • Análisis estructural comparativo del daño oxidativo secuencial del ADN G - oxoG - sitio AP simulado en condiciones fisiológicas (2006)
      Resumen
      MOURGLIA, G , PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Nacional
      Descripción: 5as Jornadas de Bioquímica y Biología Molecular - SBBM/SUB
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2006
      Palabras clave: Simulaciones moleculares Daño de ADN
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
    • Trabajando en la actualización del profesorado en la enseñanza de conceptos vinculados a la estructura molecular apoyados por herramientas computacionales para su visualización y diseño 3D (2005)
      Resumen
      E. Laura Coitiño , M. MACHADO , PABLO D. DANS , VANESSA LEONE

      Evento: Nacional
      Descripción: Seminario-Taller: La enseñanza de las ciencias y el ingreso a la Universidad
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2005
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Enseñanza de la fisicoquímica
      Medio de divulgación: Internet
    • Generando espacios para conocer y acercar perspectivas sobre visiones de la actividad científica, sus protagonistas y sus interacciones con la sociedad presentes en la interfase ANEP-UdelaR (2005)
      Resumen
      E. Laura Coitiño , BONILLA, B. , PABLO D. DANS , MARTINEZ DEBAT, CLAUDIO

      Evento: Nacional
      Descripción: Seminario-Taller: La enseñanza de las ciencias y el ingreso a la Univer
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2005
      Medio de divulgación: Internet
    • Un enfoque teórico para el estudio de metales en sistemas biológicos: ejemplo de una aplicación al diseño de fármacos de Pt(II) y Pd(II) para el tratamiento del cáncer (2005)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Regional
      Descripción: curso regional AMSUD-Pasteur: Metales en Sistemas Biológicos
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2005
      Palabras clave: Modelado cuantico Metales en sistemas biológicos
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: CD-Rom
      El gran interés que despiertan los compuestos basados en metales de transición como el platino en el tratamiento de una gran variedad de tumores sólidos, debe su origen al descubrimiento de la acción antineoplásica del Cisplatino en el año 1970. A pesar de los excelentes resultados logrados con el Cisplatino, el mismo presenta limitaciones relacionadas con su toxicidad y con la aparición de resistencia intrínseca y/o adquirida en algunas líneas celulares. Esto último sigue siendo cierto, con distintos perfiles farmacológicos y toxicológicos, para varios compuestos de platino derivados. Todo ello ha fomentado la búsqueda de análogos de eficacia similar o mayor en la quimioterapia del cáncer, pero con perfiles farmacológicos que exhiban menor toxicidad y efectos laterales, y más baja incidencia de resistencia. Entre cientos de compuestos análogos sintetizados hasta la fecha sólo uno de ellos, el Carboplatino, ha sido aprobado mundialmente para su uso terapéutico. No obstante ello, la búsqueda continúa. Dentro de los casos concretos estudiados se incluye: i) compuestos de platino en la forma trans; ii) grupos salientes en posición cis distintos de cloro (i.e.: ciclobutanodicarboxilato, oxalato); iii) aminas secundarias, terciarias o heterocíclicas, funcionando como ligandos mono y bidentados; iv) compuestos de Pt(IV); v) compuestos multi-nucleares de platino; y vi) compuestos con metales distintos al platino (Pd, Au, Ru, Re, etc.). Entre los compuestos de Pt(II) (actualmente en fase III de experimentación) y Pd(II) pueden destacarse dos grandes familias como muy prometedoras: 1. compuestos en los que los ligandos nitrogenados (espectadores) del Cisplatino se sustituyen por diaminociclohexano (Dach); y 2. compuestos en los que estos ligandos son sustituidos por piridinas (Py). Con el objetivo de establecer pautas claras que permitan guiar la búsqueda de nuevos potenciales fármacos, en éste trabajo se utilizan los métodos y modelos de la química teórica y computacional en su versión cuántica y mixta QM/MM (Quantum Mechanics/Molecular Mechanics). En primer lugar, se realiza un análisis estructural detallado (con ab initio y Funcionales de la Densidad) de 26 compuestos de Pt(II) o Pd(II) con la finalidad de establecer correlaciones estructura-actividad y estructura-propiedad. En segundo lugar, para adentrarnos en el conocimiento del mecanismos de acción, se estudia la distribución previa a la llegada al blanco molecular y la activación de los potenciales fármacos seleccionados evaluando la variación del cambio del metal y de los sustituyentes sobre la termodinámica y cinética de algunas de las posibles transformaciones elementales (isomerización cis-trans y acuación) que los compuestos pueden sufrir antes de unirse al ADN. La cinética de los procesos seleccionados se evalúa en el marco de las teorías clásica y variacional del estado de transición. Por último, con el objetivo de estudiar la reactividad en la formación de los productos entre los compuestos y el blanco molecular y lograr predecir el patrón observado de unión al ADN se analizan las características estructurales de los aductos formados entre la forma activa de los compuestos seleccionados y modelos químicos que van desde las nucleobases Adenina (A) y Guanina (G) hasta 24 pb de B-ADN con contra-iones. En todos los modelos se tiene en cuenta el efecto del solvente: En los componentes químicos más pequeños el modelo del continuo en su implementación IEF-PCM es utilizado; En los modelos de gran dimensión donde un enfoque mixto (QM = Funcionales de la densidad/ MM = AMBER reparametrizado para platino) es preferido, se opta por la inclusión del solvente de forma discreta en condiciones periódicas de contorno (PBC).
    • Diagnóstico sobre la Educación a Distancia en la UdelaR (2004)
      Resumen
      VICCI, G , ESPÍNDOLA, F. , PABLO D. DANS , CONTERA,C.

      Evento: Regional
      Descripción: Programa Interinstitucional Comunidades Virtuales de Aprendizaje (PROVIA)
      Ciudad: Porto Alegre
      Año del evento: 2004
      Editorial: Facultad de Educación de la UFRGS (Universidade Federal do Rio Grande do Sul)
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Sociales / Ciencias de la Educación / Ciencias de la Educación /
      Medio de divulgación: Internet
    • Análisis Estadístico con Descriptores Cuánticos DFT sobre una población de 21 Compuestos Análogos del Cisplatino (2004)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Internacional
      Descripción: XXX Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina (QUITEL)
      Ciudad: Porto
      Año del evento: 2004
      Palabras clave: Modelado cuantico Datamining sobre propiedades moleculares DFT conceptual
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
      El Cisplatino es un fármaco usado con gran éxito en el tratamiento de una gran variedad de tumores sólidos. A pesar de los excelentes resultados logrados presenta ciertas limitaciones relacionadas con su toxicidad y con la aparición de resistencia intrínseca y/o adquirida en algunas líneas celulares. Esto último ha motivado la búsqueda de análogos de eficacia similar o mayor en el tratamiento del cáncer con perfiles farmacológicos de menor toxicidad y más baja incidencia de resistencia. A la hora de proponer y diseñar reacionalmente nuevos compuestos son numerosos los aspectos que hacen al modo de acción molecular que deben ser analizados. Entre ellos se destacan: i) los procesos de bio-disponibilidad, que dependen de un fino balance entre la velocidad de hidrólisis de los compuestos (etapa de activación del fármaco), la capacidad para reaccionar con grupos químicos otros diferentes de su blanco molecular (especificidad) y la capacidad para atravesar membranas biológicas; ii) los procesos de detoxificación, particularmente los relacionados con la eliminación del metal pesado acumulado en distintos órganos; y iii) los procesos de resistencia celular, cuyos mecanismos bioquímicos son poco conocidos. Varios de estos aspectos pueden ser racionalizados en base a la determinación y estudio de descriptores de la estructura molecular. Con el objetivo de sistematizar dicha información, estableciendo correlaciones estructura-propiedad que permitan guiar la búsqueda de nuevos compuestos, en este trabajo se ha conducido un análisis estructural detallado a nivel HF y B3LYP del Cisplatino y 21 análogos cuadrados planos de Pt(II) y Pd(II). Todas las especies involucradas han sido optimizadas y caracterizadas utilizando el conjunto de base 6-31G(d) para los átomos de C, N, O, H, F y Cl y el pseudopotencial LanL2DZ y base asociada para los metales de transición. Se ha puesto especial énfasis en el análisis de potenciales electrostáticos moleculares, orbitales de frontera (tomados como aproximaciones a la función de Fukui), cargas atómicas NPA, potenciales lipofílicos, parámetros geométricos, volúmenes y superficies accesibles al solvente. En nuestro estudio el efecto del solvente se introduce mediante cálculos single-point con el modelo IEF-PCM sobre las estructuras optimizadas in vacuo a nivel DFT.
    • Estudio Teórico Comparativo del Mecanismo de la Reacción de Acuación de 7 análogos Cuadrados-Planos de Pt(II) y Pd(II) del Cisplatino (2004)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Internacional
      Descripción: XXX Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina (QUITEL)
      Ciudad: Porto
      Año del evento: 2004
      Palabras clave: Compuestos de Pt(II) y Pd(II) Modelado cuantico Mecanismo de acuación
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
      Entre los distintos compuestos con actividad farmacológica es usual la presencia de una etapa inicial de activación. El Cisplatino [Pt(NH3)2Cl2], potente fármaco administrado con éxito para el tratamiento de varios tipos de cáncer, se active a través de procesos de acuación en forma previa al ataque de su blanco molecular. Estos procesos se dan en dos etapas elementales tipo SN2, en las que el Cisplatino sustituye los iones Cl- por sendas moléculas de agua, dando lugar a la formación de la especie diacuo [Pt(NH3)2(H2O)2]2+. Varios análogos cuadrados-planos del Cisplatino (con Pt(II) o Pd(II) como centro metálico) comparten el mecanismo concertado SN2 que tiene lugar en la acuación. Entre ellos se destacan el Oxaliplatino y el ZDO473 que actualmente se encuentran respectivamente en el mercado o en fase III de experimentación. En este trabajo se presenta un estudio sistemático a nivel DFT de las especies participantes en las dos etapas de acuación del Cisplatino y sus siguientes 7 compuestos análogos: (imagen1) donde M = Pt(II) o Pd(II). La caracterización de las especies estables y estados de transición de ambas etapas de acuación (in vacuo y modelando el solvente con el métodos IEF-PCM) se realizó a nivel B3LYP usando el conjunto de base 6-31G(d) para los átomos de C, N, O, H y Cl y el pseudopotencial y base asociada LanL2DZ para los metales de transición. Cada especie ha sido completamente caracterizada en base al número de valores propios del Hessiano y en el caso de los estados de transición se ha chequeado su pertenencia al proceso en estudio a través de cálculos de camino de reacción de mínima energía (IRC). Para el caso del Cisplatino, nuestros resultados se encuentran en excelente concordancia con trabajos teóricos previos dando una sólida base para predecir el comportamiento de los análogos de los que existe menos información.
    • Comparative Analysis of the Hydrolysis of Cisplatin [Pt(II)(NH3)2Cl2] and its Pd(II) Square-planar Analogue (2002)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Internacional
      Descripción: Sanibel Symposium
      Ciudad: St. Augustine
      Año del evento: 2002
      Palabras clave: Modelado cuantico Mecanismo de acuación
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
    • Caracterización DFT de los procesos de hidrólisis de análogo del Cisplatino cis-bipiridina-dicloro-Pt(II) y sus aductos 1:1 con Guanina y Adenina (2002)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Internacional
      Descripción: XXVIII Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina (QUITEL)
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2002
      Palabras clave: Modelado cuantico Interacción compuestos Pt(II)-Nucleobases
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
      El Cisplatino [Pt(II)(NH3)2Cl2] es un potente fármaco antitumoral ampliamente usado en el tratamiento de varios tumores sólidos a pesar de los serios efectos segundarios que presenta tales como: nefrotoxicidad (daño de los túbulos renales); ototoxicidad (pérdida de audición); y toxicidad gastrointestinal (naúseas, vómitos y diarrea). Otros elementos negativos que se suman a los anteriores son el desarrollo de resistencia a la quimioterapia y la baja especificidad del fármaco. De lo anterior se desprende la necesidad de una búsqueda de compuestos alternatives que mejoren alguno o todos estos aspectos, manteniendo o incluso aumentando la citotoxicidad. En esta búsqueda, los compuestos cuadrados planos de Pt(II) con bipiridinas parecen ser una alternativa interesante al ser más efectivos en su actividad antineoplásica, siendo más específicos y mostrando menos resistencia cruzada en líneas celulares previamente tratadas con Cisplatino. Un estudio detallado y sistemático de los aspectos estructurales y termodinámicos que caracterizan a los aductos formados por estos compuestos y el ADN, asi como, de los aspectos cinéticos de ambos procesos de acuación se torna necesario con el objetivo de entender las bases moleculares de su acción y establecer una serie de descriptores cuanticos, que a su vez, generen pautas claras para la proposición de nuevos compuestos activos. En el marco de un proyecto más amplio, dirigido a establecer claramente las bases moleculares de la acción del Cisplatino y análogos, en el presente estudio se ha modelado el mecanismo SN2 de la hidrólisis de los compuestos [cis-bipiridinadicloroPt(II)] y [cis-bipiridinacloro(H2O)Pt(II)] utilizando cálculos HF y B3LYP con la base 6-31G(d) para C, N, O, H y Cl y pseudopotenciales LanL2DZ para los metales de transición. Asimismo se ha caracterizado estructuralmente los aductos monofuncionales con adenina (A) y guanina (G). Cada especie ha sido completamente caracterizada en base al número de valores propios del Hessiano y en el caso de los estados de transición se ha chequeado su pertenencia al proceso en estudio a través de cálculos de camino de reacción de mínima energía. Estos resultados se comparan con los previamente obtenidos por nuestro grupo para el Cisplatino al mismo nivel. En nuestro estudio el efecto del solvente se introduce mediante cálculos single-point con el modelo PCM/IEF sobre las estructuras optimizadas in vacuo a nivel DFT.
    • Análisis comparativo DFT de la estructura y reactividad de 11 compuestos análogos del Cisplatino con potencial acción antineoplásica (2002)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Internacional
      Descripción: XXVIII Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina (QUITEL)
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2002
      Palabras clave: Modelado cuantico Datamining sobre propiedades moleculares
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
      El gran interés que despiertan los compuestos basados en Platino en el tratamiento de una gran variedad de tumores sólidos, debe su origen al descubrimiento de la acción antineoplásica del Cisplatino [cis-diaminodicloroPt(II)] en el año 1970. A pesar de los excelentes resultados logrados, el Cisplatino presenta limitaciones relacionadas con su toxicidad (nefrotoxicidad, ototoxicidad y neurotoxicidad) y con la aparición de resistencia intrínseca y/o adquirida por parte de algunas líneas celulares. Todo ello ha fomentado la búsqueda de análogos de eficacia similar o mayor en la quimioterapia del cáncer, pero con perfiles farmacológicos que exhiban menor toxicidad y efectos laterales, y más baja incidencia de resistencia. Entre cientos de compuestos análogos sintetizados hasta la fecha, 28 fueron seleccionados para conducir ensayos clínicos en seres humanos; sólo uno de ellos, el Carboplatino ha sido aprobado mundialmente para su uso terapéutico. No obstante ello, la búsqueda continúa, destacándose dos grandes familias como muy prometedoras entre los compuestos actualmente en fase III de experimentación: i) compuestos en los que los ligandos nitrogenados del Cisplatino se sustituyen por diaminociclohexano (DACH); ii) compuestos en los que estos ligandos son sustituidos por piridinas (Py). Con el objetivo de racionalizar la información disponible estableciendo relaciones estructura-actividad que permitan guiar la búsqueda de compuestos con mejores propiedades farmacológicas, en este trabajo se ha conducido un análisis estructural detallado a nivel B3LYP (empleando la base 6-31G(d) para los átomos de la primera fila y el pseudopotencial LANL2DZ y base correspondiente para describir el centro metálico) del Cisplatino y 11 análogos cuadrado planos entre los que se incluye: Carboplatino; 5 representantes de la familia DACH [Oxalilplatino (1,2 trans dach)oxalato Pt(II), los tres isómeros RR, SS y RS del (1,2 cis dach)dicloro Pt(II) y el (1,4-cis-dach)dicloro-Pt(II)]; 4 representantes de la familia Py [cis-amino(py)dicloroPt(II), cis amino(2 metilpiridina)dicloroPt(II), cis-amino(3-metilpiridina)dicloroPt(II) y cis (bipiridina)dicloroPt(II)] y finalmente el compuesto inactivo cis diaminodicloroPd(II). Se ha puesto especial énfasis en el análisis de potenciales electrostáticos moleculares mapeados sobre la densidad electrónica, orbitales de frontera (tomados como aproximaciones a la función de Fukui), cargas atómicas NPA y energías relativas de isómeros. El efecto del solvente sobre la densidad electrónica ha sido evaluado realizando cálculos single-point con el modelo IEF-PCM al mismo nivel de teoría.
    • Modificaciones en la estructura electrónica y otras propiedades en ADN dúplex tras la formación de lesiones con los fármacos antitumorales Cisplatino y Oxaliplatino (2002)
      Resumen
      E. LAURA COITIÑO , CAL, K , PABLO D. DANS , CASTRO, A

      Evento: Internacional
      Descripción: XXVIII Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina (QUITEL)
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2002
      Palabras clave: Modelado cuantico Unión covalente a ADN Antitumorales de Pt(II)
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
    • Empleo de las TIC como apoyo a la enseñanza de la Fisicoquímica Molecular en el contexto de la licenciatura en bioquímica (2001)
      Resumen
      E. Laura Coitiño , PABLO D. DANS , CASTRO, A. , VÁZQUEZ S.

      Evento: Nacional
      Descripción: Jornadas ISTEC - Uso de las TIC en la educación superior
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 2001
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Enseñanza de la fisicoquímica
      Medio de divulgación: Internet
    • Structural consequences of the Pt/Pd substitution in anticancer drugs. An Ab Initio HF and DFT study of DNA lesion site models (2000)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Internacional
      Descripción: Xth International Congress of Quantum Chemistry (ICQC)
      Ciudad: Menton
      Año del evento: 2000
      Palabras clave: Modelado cuantico Antitumorales con Pt(II) y Pd(II)
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
    • Análisis estructural a nivel HF y DFT de los aductos principales formados por el ADN con fármacos de la familia del Cisplatino (2000)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Internacional
      Descripción: XXVI Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina (CHITEL)
      Ciudad: Caxambu
      Año del evento: 2000
      Palabras clave: Modelado cuantico Interacción Cisplatino-ADN
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
    • Modeling the mechanism of action of antitumoral drugs. A quantum mechanics study of the DNA-cPd interaction (1999)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Internacional
      Descripción: 39 Sanibel Symposium
      Ciudad: St. Augustine
      Año del evento: 1999
      Palabras clave: Cisplatin-DNA interaction Molecular Modeling
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
    • Modelado de la interacción de complejos de paladio con bases del ADN en el contexto de su uso potencial como drogas antitumorales (1998)
      Resumen
      PABLO D. DANS , E. LAURA COITIÑO

      Evento: Internacional
      Descripción: VII congreso ibero-americano de biología celular
      Ciudad: Montevideo
      Año del evento: 1998
      Anales/Proceedings:Libro de resúmenes
      Palabras clave: Modelado cuantico Interacción Cisplatino-Nucleobases
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
      Medio de divulgación: Papel
  • Textos en periódicos o revistas

    • Matrix, ADN y biofísica computacional (2019)
      La Diaria
      Periodicos
      LAGOS, L. , PABLO D. DANS

      Medio de divulgación: Papel
      Fecha de publicación: 14/02/2019
      Lugar de publicación: La Diaria
      https://ciencia.ladiaria.com.uy/articulo/2019/2/matrix-adn-y-biofisica-computacional/
      Entrevista realizada por Leo Lagos para La Diaria , editada por mi y con una imagen de mi autoría
    • La madre de todos los descubrimientos: La entrada en escena de la doble hélice de ADN en la primavera del 53 (2017)
      UYpress
      Revista
      PABLO D. DANS

      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos /
      Medio de divulgación: Internet
      Fecha de publicación: 22/03/2017
      http://www.uypress.net/auc.aspx?75966,162
    • La importancia del ADN no codificante: estructura de la cromatina, los cromosomas y el núcleo (2016)
      Allelos blog
      Revista
      PABLO D. DANS

      Palabras clave: Estructura del ADN ADN no codificante
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Bioquímica y Biología Molecular / Genomica
      Medio de divulgación: Internet
      Fecha de publicación: 20/10/2016
      Lugar de publicación: Barcelona, España
      https://alelos.com/en/2016/10/442/
  • Producción técnica

    • Productos

      • Diseño de la primer plataforma de educación a distancia de la Universidad de la República (2004)
        Software, Otra
        PABLO D. DANS
        Implementada con PHP, Javascript, y HTML contra bases de datos MySQL para el curso de Educación Permanente: “Química de la Atmósfera y Polución”
        País: Uruguay
        Disponibilidad: Restricta
        Producto con aplicación productiva o social: Sistema de base para impartir el curso de educación a distancia Química de la Atmósfera y Polución de Educación Permanente
        Institución financiadora: Comisión Sectorial de Educación Permanente - UDELAR
        Palabras clave: Plataforma de Educación a Distancia Integración de sistemas
        Areas de conocimiento:
        Ingeniería y Tecnología / Ingeniería Eléctrica, Ingeniería Electrónica e Ingeniería de la Información / Telecomunicaciones / Desarrollo Web
        Medio de divulgación: Internet
        quimat.fcien.edu.uy
      • desarrollo de un guión para un CD interactivo para 3er año de Liceo, materia ciencias de la vida y la naturaleza (2004)
        Prototipo, Otra
        PABLO D. DANS
        Desarrollo del CD interactivo de DEMO (Lingo y Javascript) y co-autor del guión técnico
        País: Uruguay
        Institución financiadora: ANEP-MEMFOD, Ministerio de Educación y Cultura
        Palabras clave: CD Interactivo
        Areas de conocimiento:
        Ingeniería y Tecnología / Ingeniería Eléctrica, Ingeniería Electrónica e Ingeniería de la Información / Telecomunicaciones / Programación LINGO y Javascript
        Medio de divulgación: CD-Rom
    • Trabajos Técnicos

      • Estudio estadístico de los contaminantes encontrados en la materia prima adquirida, y en sales y beberaje base vendidos de acuerdo a un muestreo realizado durante el período 2004-2006 por la empresa PEPSI Uruguay (2006)
        Consultoría
        PABLO D. DANS , CAYSSIALS, G , CAYSSIALS, V
        Evaluar estadísticamente la calidad de los productos comprados, generados y exportados por PEPSI Uruguay
        País: Uruguay
        Idioma: Español
        Ciudad: Colonia
        Disponibilidad: Irrestricta

        Número de páginas: 72
        Duración: 3 meses
        Institución financiadora: PEPSI Uruguay
        Palabras clave: Análisis estadístico Productos químicos
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Matemáticas / Estadística y Probabilidad / Análisis estadístico
        Medio de divulgación: Papel
        El informe, elaborado a solicitud de PEPSI Uruguay, recoge el estudio estadístico realizado sobre un conjunto de muestras tomadas de la materia prima que adquiere la empresa y de las substancias que se venden: sales y beberaje base. En algunos casos existen muestreos realizados en el 2004 pero en forma general pertenecen principalmente al 2005 y lo que va del presente año. De dichos muestreos se ha registrado el número de contaminantes sobre el total de kilos inspeccionados, informando el total de partículas encontradas por kilo de muestra y su división en partículas decoloradas (discolored) y extrañas (foreign). Todos los datos analizados en este estudio fueron proporcionados por PEPSI Uruguay de acuerdo a un muestreo por lotes basado en un diseño experimental propio sobre el cuál se realizaron ciertas suposiciones básicas necesarias para llevar adelante el análisis estadístico.
  • Otras Producciones

    • Cursos de corta duración dictados

      • PATC course: Simulation Environments for Life Sciences (2019)
        PABLO D. DANS
        Especialización
        País: España
        Idioma: Inglés
        Medio divulgación: Internet
        Web: https://www.bsc.es/es/education/training/patc-courses/patc-course-simulation-environments-life-scien
        Tipo de participación: Docente
        Duración: 1 semanas
        Lugar: Barcelona Supercomputing Center
        Ciudad: Barcelona
        Institución Promotora/Financiadora: Barcelona Supercomputing Center
      • Escuela de Simulación Computacional Avanzada en Química (2018)
        PABLO D. DANS
        Especialización
        País: Argentina
        Idioma: Español
        Medio divulgación: Internet
        Tipo de participación: Docente
        Duración: 2 semanas
        Lugar: Argentina
        Ciudad: Buenos Aires
        Institución Promotora/Financiadora: Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires
      • PATC course: Simulation Environments for Life Sciences (2018)
        PABLO D. DANS
        Especialización
        País: España
        Idioma: Inglés
        Medio divulgación: Internet
        Web: https://www.bsc.es/es/education/training/patc-courses/patc-course-simulation-environments-life-scien
        Tipo de participación: Docente
        Duración: 1 semanas
        Lugar: Barcelona Supercomputing Center
        Ciudad: Barcelona
        Institución Promotora/Financiadora: Barcelona Supercomputing Center
      • Escuela de Simulación Computacional Avanzada en Química (2017)
        PABLO D. DANS
        Especialización
        País: Argentina
        Idioma: Español
        Medio divulgación: Internet
        Tipo de participación: Docente
        Duración: 2 semanas
        Lugar: Argentina
        Ciudad: Buenos Aires
        Institución Promotora/Financiadora: Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires
      • PATC course: Simulation Environments for Life Sciences (2017)
        PABLO D. DANS
        Especialización
        País: España
        Idioma: Inglés
        Medio divulgación: Internet
        Tipo de participación: Docente
        Duración: 1 semanas
        Lugar: Barcelona Supercomputing Center
        Institución Promotora/Financiadora: Barcelona Supercomputing Center
      • Escuela de Simulación Computacional Avanzada en Química (2016)
        ESTRIN, D. , CAPECE, L. , A. ZEIDA , PABLO D. DANS , TURJANSKY, A. , MARTI, M.
        Especialización
        País: Argentina
        Idioma: Español
        Medio divulgación: Internet
        Tipo de participación: Docente
        Duración: 2 semanas
        Lugar: Argentina
        Ciudad: Buenos Aires
        Institución Promotora/Financiadora: Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      • PATC course: Simulation Environments for Life Sciences (2016)
        PABLO D. DANS
        Especialización
        País: España
        Idioma: Inglés
        Medio divulgación: Internet
        Web: https://www.bsc.es/es/education/training/patc-courses/patc-course-simulation-environments-life-scien
        Tipo de participación: Docente
        Duración: 1 semanas
        Lugar: Barcelona Supercomputing Center
        Ciudad: Barcelona
        Institución Promotora/Financiadora: Barcelona Supercomputing Center
      • PATC course: Simulation Environments for Life Sciences (2015)
        PABLO D. DANS , GELPI, J. Ll. , HOSPITAL, A. , ANDRIO, P. , OROZCO, M.
        Especialización
        País: España
        Idioma: Inglés
        Medio divulgación: Internet
        Web: https://www.bsc.es/es/education/training/patc-courses/patc-course-simulation-environments-life-scien
        Tipo de participación: Docente
        Duración: 1 semanas
        Lugar: Barcelona Supercomputing Center
        Ciudad: Barcelona
        Institución Promotora/Financiadora: Barcelona Supercomputing Center
      • AMBER 14 Workshop (2014)
        ROITBERG, A. , PABLO D. DANS , BATTISTINI, F.
        Especialización
        País: España
        Idioma: Inglés
        Medio divulgación: Internet
        Tipo de participación: Docente
        Duración: 1 semanas
        Lugar: España
        Ciudad: Barcelona
        Institución Promotora/Financiadora: Barcelona Supercomputing Center
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      • Hands-on training in molecular dynamics simulation of coarse-grained nucleic acids at the base-level (2013)
        PABLO D. DANS
        Especialización
        País: Brasil
        Idioma: Español
        Medio divulgación: Internet
        Tipo de participación: Otra
        Unidad: Responsable del curso (elaboración del material, dictado y evaluación)
        Duración: 2 semanas
        Lugar: Brasil
        Ciudad: Sao Carlos
        Institución Promotora/Financiadora: Depto de Química de la Universidad Federal de Sao Carlos
      • Computational Modelling and Simulations of Biological Systems (2010)
        PANTANO S , PABLO D. DANS , M. MACHADO
        Especialización
        País: Uruguay
        Idioma: Inglés
        Medio divulgación: Internet
        Tipo de participación: Docente
        Duración: 2 semanas
        Lugar: Instituto Pasteur de Montevideo
        Ciudad: Montevideo
        Institución Promotora/Financiadora: Instituto Pasteur de Montevideo, AMSUD-Pasteur, UdelaR
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      • Data Mining en Bioinformática (2007)
        PABLO D. DANS , E. Laura Coitiño , NAYA H
        Especialización
        País: Uruguay
        Idioma: Español
        Medio divulgación: Internet
        Tipo de participación: Docente
        Duración: 1 semanas
        Lugar: Facultad de Ciencias
        Ciudad: Montevideo
        Institución Promotora/Financiadora: Instituto de Química Biológica, Facultad de Ciencias (UdelaR)
      • Bioinformática estructural: Diseño y visualización asistida por PC de la estructura 3D de moléculas y macromoléculas (2006)
        E. Laura Coitiño , PABLO D. DANS
        Especialización
        País: Uruguay
        Idioma: Español
        Medio divulgación: Internet
        Tipo de participación: Docente
        Unidad: Educación Permanente
        Duración: 1 semanas
        Lugar: Facultad de Ciencias
        Ciudad: Montevideo
        Institución Promotora/Financiadora: Instituto de Química Biológica, Facultad de Ciencias (UdelaR)
      • Bioinformática estructural: Diseño y visualización asistida por PC de la estructura 3D de moléculas y macromoléculas (2005)
        E. Laura Coitiño , PABLO D. DANS
        Especialización
        País: Uruguay
        Idioma: Español
        Medio divulgación: Internet
        Tipo de participación: Docente
        Unidad: Educación Permanente
        Duración: 1 semanas
        Lugar: Facultad de Ciencias
        Ciudad: Montevideo
        Institución Promotora/Financiadora: Instituto de Química Biológica, Facultad de Ciencias (UdelaR)
      • Bioinformática estructural: Diseño y visualización asistida por PC de la estructura 3D de moléculas y macromoléculas (2004)
        E. Laura Coitiño , PABLO D. DANS
        Especialización
        País: Uruguay
        Idioma: Español
        Medio divulgación: Internet
        Tipo de participación: Docente
        Unidad: Educación Permanente
        Duración: 1 semanas
        Lugar: Facultad de Ciencias
        Ciudad: Montevideo
        Institución Promotora/Financiadora: Instituto de Química Biológica, Facultad de Ciencias (UdelaR)
      • Bioinformática estructural: Diseño y visualización asistida por PC de la estructura 3D de moléculas y macromoléculas (2003)
        E. Laura Coitiño , PABLO D. DANS
        Especialización
        País: Uruguay
        Idioma: Español
        Medio divulgación: Internet
        Tipo de participación: Docente
        Unidad: Educación Permanente
        Duración: 1 semanas
        Lugar: Facultad de Ciencias
        Ciudad: Montevideo
        Institución Promotora/Financiadora: Instituto de Química Biológica, Facultad de Ciencias (UdelaR)
      • Bioinformática estructural: Diseño y visualización asistida por PC de la estructura 3D de moléculas y macromoléculas (2002)
        E. Laura Coitiño , PABLO D. DANS
        Especialización
        País: Uruguay
        Idioma: Español
        Medio divulgación: Internet
        Tipo de participación: Docente
        Duración: 1 semanas
        Lugar: Facultad de Ciencias
        Ciudad: Montevideo
        Institución Promotora/Financiadora: Instituto de Química Biológica, Facultad de Ciencias (UdelaR)
    • Programas en radio o TV

    • Organización de eventos

      • RNA and RNA-protein complexes (2014)
        PABLO D. DANS
        Congreso
        Sub Tipo: Organización
        Lugar: España ,Hotel Icaria Barcelona
        Idioma: Inglés
        Medio divulgación: Internet
        Duración: 1 semanas
        Institución Promotora/Financiadora: Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona)
      • La enseñanza de las ciencias y el ingreso a la Universidad (2004)
        PABLO D. DANS
        Congreso
        Sub Tipo: Organización
        Lugar: Uruguay ,Facultad de Ciencias Montevideo
        Idioma: Español
        Medio divulgación: Internet
        Duración: 1 semanas
        Institución Promotora/Financiadora: Facultad de Ciencias (UdelaR)
      • Congreso de Químicos Teóricos de Expresión Latina Quitel (2002)
        PABLO D. DANS
        Congreso
        Sub Tipo: Organización
        Lugar: Uruguay ,Radisson Victoria Plaza Montevideo
        Idioma: Español
        Medio divulgación: Internet
        Duración: 1 semanas
        Institución Promotora/Financiadora: Facultad de Químcica (UdelaR) y Facultad de Ciencias (UdelaR)
  • Evaluaciones

    • Evaluación de Proyectos

      • Evaluación independiente de proyectos

        Red Española de Supercomputación ( 2019 )
        España
        Cantidad: De 5 a 20
      • ANII - Beca de Posgrado Nacional ( 2019 )
        Uruguay
        Cantidad: Menos de 5
      • ANII - Fondo Sectorial de Investigación a partir de datos ( 2018 )
        Uruguay
        Cantidad: Menos de 5
      • Fondo Carlos Vaz Ferreira - MEC ( 2017 )
        Uruguay
        Cantidad: Menos de 5
      • ANII - Fondo Clemente Estable ( 2015 )
        Uruguay
        Cantidad: Menos de 5
        2015, 2016
      • Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica - ANPCyT ( 2013 )
        Argentina
        Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica - ANPCyT
        Cantidad: Menos de 5
        Fondo Nacional para la Ciencia y la Tecnología 2013 y 2019
    • Evaluación de Publicaciones

      • Comité editorial

        Nucleic Acids Research ( 2013 / 2014 )

        Cantidad: Menos de 5
      • Computational Biology and Chemistry ( 2012 / 2013 )

        Cantidad: Menos de 5
      • Physical Chemistry Chemical Physics ( 2011 / 2013 )

        Cantidad: Menos de 5
      • Journal of Biomedicine and Biotechnology ( 2011 / 2012 )

        Cantidad: Menos de 5
      • Journal of Chemical Theory and Computation ( 2011 / 2013 )

        Cantidad: De 5 a 20
      • Revisiones

        BMC Biophysics ( 2017 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
      • Journal Physical Chemistry ( 2017 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
      • Biophysical Journal ( 2016 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
      • Nucleic Acids Research ( 2016 / 2019 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: De 5 a 20
      • Nucleus ( 2016 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
      • Biochemistry ( 2015 / 2016 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
      • Journal of the American Statistical Association ( 2015 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
      • Plos ONE ( 2015 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
      • Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science ( 2014 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
      • Chemical Physics Letter ( 2014 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
      • Journal of Chemical Theory and Computation ( 2011 / 2017 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: De 5 a 20
      • Computational Biology and Chemistry ( 2011 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
      • Physical Chemistry Chemical Physics ( 2011 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
      • Journal of Molecular Modeling ( 2011 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
      • Journal of Chemical Information and Modeling ( 2011 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
      • Journal of Biomolecular Structure and Dynamics ( 2011 )
        Tipo de publicación: Revista
        Cantidad: Menos de 5
    • Evaluación de eventos y congresos

      • X International Conference on Bioinformatics ( 2019 / 2019 )
        Revisiones
        Uruguay

        Iberoamerican Society of Bioinformatics
      • 1er Workshop Latinoamericano de Modelado Molecular y Simulación Computacional ( 2016 / 2016 )
        Revisiones
        Argentina

        Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires
      • Computational Modelling and Simulations of Biological Systems ( 2010 )
        Revisiones
        Uruguay


        Miembro del comité de selección de los candidatos para el curso internacional Institut Pasteur de Montevideo - Universidad de la Republica. Miembro del comité de evaluación de la prueba final para la aprobación del curso.
    • Evaluación de convocatorias concursables

      • Llamados concursables a ayudantes del Lab. de Biomateriales ( 2006 / 2008 )
        Uruguay
        Cantidad: Menos de 5
        Facultad de Ciencias, Universidad de la República.
        Miembro de la comisión asesora para los llamados: 091/06 (23/10/2006), 081/07 (11/06/2007), 196/07 (03/12/2007) y 172/08 (01/12/2008).
      • Llamados concursables a asistentes para la Unidad de Enseñanza ( 2005 / 2005 )
        Uruguay
        Cantidad: Menos de 5
        Facultad de Ciencias, Universidad de la República.
        Miembro de la comisión asesora para los llamados: 017/05 (09/05/2005), 094/05 (14/02/2005) y 136/05 (14/02/2005).
      • Llamados concursables a ayudantes y asistentes para el Servicio Central de Informática ( 2003 / 2005 )
        Uruguay
        Cantidad: Menos de 5
        Facultad de Ciencias, Universidad de la República.
        Miembro de la comisión asesora para los llamados: 106/03 (27/10/2003), 107/03 (27/10/2003), 075/04 (15/11/2004), 005/05 (14/03/2005) y 139/05 (07/11/2005).
      • Llamados concursables a ayudantes del Lab. de Quimica Teorica y Computacional ( 2002 / 2009 )
        Uruguay
        Cantidad: Mas de 20
        Facultad de Ciencias, Universidad de la República.
        Miembro de la comisión asesora para los llamados: 022/02 (08/07/2002), 071/02 (05/08/2002), 067/03 (18/08/2003), 123/03 (10/11/2003), 044/05 (25/04/2005), 045/05 (09/05/2005), 054/05 (09/05/2005), 056/05 (09/05/2005), 104/05 (15/08/2005), 104/06 (20/11/2006), 024/08 (19/05/2008), 025/08 (19/05/2008), 026/08 (19/05/2008), 051/09 (04/05/2009).
    • Jurado de tesis

      • Doctorado del área de Química Inorgánica, Química Analítica y Química Física, ( 2019 / 2019 )
        Jurado de mesa de evaluación de tesis
        Sector Extranjero/Internacional/Otros / Facultad de Ciencias Exactas y Naturales Universidad de Buenos Aires / Departamento de Química Inorgánica, Química Analítica y Química Física , Argentina
        Nivel de formación: Doctorado
        Jurado del trabajo de Tesis Doctoral de la LAJA JULIO PLANA, que contó con la Dra. Luciana Capece como Directora de Tesis, titulado: "Estudio computacional multiescala de procesos dinámicos en hemoproteínas", constituido por los siguientes miembros:
      • Maestría en Bioinformatics for Health Sciences ( 2017 / 2018 )
        Jurado de mesa de evaluación de tesis
        Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universitat Pompeu Fabra , España
        Nivel de formación: Maestría
        Evaluador del programa de estudios y del trabajo final para optar por el título de Máster de Bioinformatics for Health Sciences, de la Universitat Pompeu Fabra de Barcelona: ?Structural and dynamics analysis of pyruvate kinase from erythrocytes. Implications in pathology?. Presentada por Luis Jordà (Director JL Gelpí). Noviembre 2017 - Junio 2018.
      • Maestría del PEDECIBA area Biologia subarea Biofisica ( 2010 / 2010 )
        Jurado de mesa de evaluación de tesis
        Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Ciencias - UDeLaR / Departamento de Ciencias Biológicas , Uruguay
        Nivel de formación: Maestría
        Evaluador del programa de estudios para optar por el título de Master del Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas (PEDECIBA) área Biología subárea Biofísica: ?Desarrollo de un modelo simplificado de solvente acuoso para uso en simulaciones de dinámica molecular?, presentado por el Lic. Leornado Darré (Director Sergio Pantano). Agosto 2010
  • Formación de RRHH

    • Tutorías concluidas

      • Posgrado

        • The RNA conformational landscape: Studying the backbone through eta-theta glasses (2016)
          Tesis de maestria
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad Autonoma de Barcelona , España
          Programa: Bioinformatica
          Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad
          Nombre del orientado: Diego Gallego
          Medio de divulgación: Papel
          País/Idioma: España, Inglés
          Palabras Clave: Espacio conformacional ARN Interacción ARN-proteinas conformational selection induced fit
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Extensive MD simulations in the microsecond timescale of B-DNA in different environments (2015)
          Tesis de maestria
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / University of East Anglia , Inglaterra
          Programa: Year in the industry
          Tipo de orientación: Tutor único o principal
          Nombre del orientado: Linda Danilane
          Medio de divulgación: Papel
          País/Idioma: Inglaterra, Inglés
          Palabras Clave: interacción ADN-cationes parametros de campos de fuerza cationes divalentes y monovalentes
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Development of coarse-grained DNA and chromatin models (2014)
          Tesis de doctorado
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad de Barcelona , España
          Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad
          Nombre del orientado: Jurgen Walther
          Medio de divulgación: Papel
          País/Idioma: España, Inglés
          Palabras Clave: Modelos Multiescala Modelización matemática de moléculas Nucleosomas Hamiltonianos clasicos Simulaciones Monte Carlo
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Computational studies of perturbation response and information transfer in nucleic acids (2013)
          Tesis de doctorado
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad de Barcelona , España
          Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad
          Nombre del orientado: Alexandra Balaceanu
          Medio de divulgación: Papel
          País/Idioma: España, Inglés
          Palabras Clave: Molecular dynamics Allostery DNA mechanical properties
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Simulaciones Biomoleculares
        • Modelado Molecular de Procesos Relacionados a la Transcripción del Virus VIH-1 (2012)
          Tesis de doctorado
          Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Ciencias - UDeLaR , Uruguay
          Programa: Doctorado en Ciencias Biológicas (UDELAR-PEDECIBA)
          Nombre del orientado: Matias Rodrigo Machado
          Medio de divulgación: Papel
          País/Idioma: Uruguay, Español
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
        • Diseño racional de péptidos represores/activadores de la transcripción del VIH-1 (se solicitó pasaje a doctorado) (2009)
          Tesis de maestria
          Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Ciencias - UDeLaR , Uruguay
          Programa: Maestría en Biofísica
          Nombre del orientado: Matias Rodrigo Machado
          Medio de divulgación: Papel
          País/Idioma: Uruguay, Español
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
      • Grado

        • Mismatch detection mechanism of the MutS (2016)
          Tesis/Monografía de grado
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad de Barcelona , España
          Programa: Bioquimica
          Tipo de orientación: Tutor único o principal
          Nombre del orientado: Oriol Gracia Carmona
          País/Idioma: España, Español
          Palabras Clave: Dinámica Molecular mutaciones en ADN reconocimiento molecular energía libre de binding
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Estructura y la dinámica de los Kissing-hairpins de ARN (2015)
          Tesis/Monografía de grado
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad de Barcelona , España
          Programa: Biotecnología
          Tipo de orientación: Tutor único o principal
          Nombre del orientado: Adria Fernandez
          Medio de divulgación: Papel
          País/Idioma: España, Español
          Palabras Clave: Simulaciones de Dinamica Molecular Energia libra de union Interacción ARN-cationes
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Desarrollo de un modelo simplificado para la simulación de ADN (2011)
          Tesis/Monografía de grado
          Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Ciencias - UDeLaR , Uruguay
          Programa: Licenciatura en Bioquímica
          Nombre del orientado: Ari Zeida
          Medio de divulgación: Papel
          País/Idioma: Uruguay, Español
          Palabras Clave: Molecular dynamics Coarse-grained force field Physical properties of DNA
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica teórica
        • Efectos de la glicación del residuo K16 sobre la estructura y propiedades fisicoquímicas del fragmento 10-35 del péptido beta-amiloide (2009)
          Tesis/Monografía de grado
          Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Ciencias - UDeLaR , Uruguay
          Programa: Licenciatura en Bioquímica
          Nombre del orientado: Tamara Meirelles
          Medio de divulgación: Papel
          País/Idioma: Uruguay, Español
          Palabras Clave: modelado cuántico y QM/MM Simulaciones moleculares Glicación de peptidos Desarrollo de Parámetros
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Químicas / Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica / Química Computacional
          Co-Tutor/Asesor/Orientador. Tutor principal: Dra. Laura Coitiño, Lab. de Química Teórica y Computacional - Facultad de Ciencias - UDELAR. Aprobado con 11/12.
      • Otras

        • Parameters development for all-atom simulations of Cytosine?s epigenetic modifications (2018)
          Otras tutorías/orientaciones
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Investigacion Biomedia Barcelona , España
          Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad
          Nombre del orientado: Jana Terenavo
          País/Idioma: España, Inglés
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Desarrollo de un algoritmo de ajuste entre microscopía STORM y modelos mesoscópicos (2018)
          Iniciación a la investigación
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Investigacion Biomedia Barcelona , España
          Tipo de orientación: Tutor único o principal
          Nombre del orientado: Pablo Romero
          País/Idioma: España, Inglés
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Desarrollo de un método para la determinación de transiciones conformacionales entre segmentos de cromatina (2018)
          Iniciación a la investigación
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Investigacion Biomedia Barcelona , España
          Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad
          Nombre del orientado: Eder Rodriguez
          País/Idioma: España, Inglés
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Theoretical and Experimental Studies on LYS/ARG-DNA interactions (2018)
          Otras tutorías/orientaciones
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Investigacion Biomedia Barcelona , España
          Tipo de orientación: Tutor único o principal
          Nombre del orientado: Benjamin Martin
          País/Idioma: España, Inglés
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Modelado de Manganeso peroxidasas extraídas de hongos (2018)
          Otras tutorías/orientaciones
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Investigacion Biomedia Barcelona , España
          Tipo de orientación: Tutor único o principal
          Nombre del orientado: Gabriela da Rosa
          País/Idioma: España, Español
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Desarrollo de una interfaz gráfica para problemas de bioinformática estructural (2018)
          Otras tutorías/orientaciones
          Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Ingeniería - UDeLaR / Trabajo final para optar por el título de Ingeniero de Sistemas , Uruguay
          Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad
          Nombre del orientado: Ignacio Barreto, Daniel Pons, Rodrigo Porteira
          País/Idioma: Uruguay, Español
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Computación
        • Estudio Teórico de la interacción de Complejos de Oro y Amino-glucósidos con Nucleótidos de ARN del VIH (2017)
          Otras tutorías/orientaciones
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Investigacion Biomedia Barcelona , España
          Tipo de orientación: Tutor único o principal
          Nombre del orientado: Pedro Francisco Santiago
          País/Idioma: España, Español
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Structural and dynamical studies of the ribosomal A-Site (2015)
          Otras tutorías/orientaciones
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / , Alemania
          Tipo de orientación: Tutor único o principal
          Nombre del orientado: Fabian Keller
          Medio de divulgación: Papel
          País/Idioma: Alemania, Inglés
          Palabras Clave: Dinámica Molecular A-site de bacteria vs humano efecto de drogasy cationes
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Simulation of RNA Tetraloops (2015)
          Iniciación a la investigación
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Investigación Biomédica Barcelona / Departamento de Biología Estructural y Computacional , España
          Tipo de orientación: Tutor único o principal
          Nombre del orientado: Fernando Romeo
          Medio de divulgación: Otros
          País/Idioma: España, Inglés
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Impact of non-canonical pairing and mismatches on DNA structure and dynamics (2014)
          Orientación de posdoctorado
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Investigacion Biomedia Barcelona , España
          Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad
          Nombre del orientado: Guilia Rosseti
          País/Idioma: España, Inglés
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Tutorías del reglamento 2000 de la Licencitura en Bioquímica (2011)
          Otras tutorías/orientaciones
          Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Ciencias - UDeLaR , Uruguay
          Nombre del orientado: Mariana Pegazzano
          Medio de divulgación: Otros
          País/Idioma: Uruguay, Español
          Palabras Clave: Biología molecular Inmunología
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Bioquímica y Biología Molecular
    • Tutorías en marcha

      • Posgrado

        • A study about genetic, activity and structure of cannabinoid synthesis from Cannabis (2019)
          Tesis de maestria
          Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Ciencias - UDeLaR / PEDEBICA Biologia , Uruguay
          Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad
          Nombre del orientado: Leticia Chao
          Medio de divulgación: Otros
          País/Idioma: Uruguay, Español
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
          Co-director con la Dra. Astrid Agorio
        • Ingeniería y rediseño de Manganeso Peroxidasas de hongos (2019)
          Tesis de doctorado
          Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Química - UDeLaR / PEDECIBA Química , Uruguay
          Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad
          Nombre del orientado: Gabriela da Rosa
          País/Idioma: Uruguay, Español
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
          Co-dirección con Gianna Cecchetto
        • Bioinformática estructural aplicada al estudio del ARN (2017)
          Tesis de doctorado
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Investigacion Biomedia Barcelona , España
          Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad
          Nombre del orientado: Diego Gallego
          País/Idioma: España, Inglés
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
        • Chromosomes and Chromatin modeling (2014)
          Tesis de doctorado
          Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad de Barcelona , España
          Tipo de orientación: Asesor/Orientador
          Nombre del orientado: Diana Buitrago
          Medio de divulgación: Papel
          País/Idioma: España, Inglés
          Palabras Clave: Estructura de cromosomas Territorios Cromatina activa/inactiva Simulaciones coarse grain
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
  • Otros datos relevantes

    • Premios, Honores y Títulos

      • Artículo seleccionado ?artículo del mes? por la Sociedad de Biofísica de España (mayo 2019) (2019)
        (Nacional)
        Sociedad de Biofísica de España
        Artículo seleccionado ?artículo del mes? por la Sociedad de Biofísica de España (mayo 2019, enlace: http://biofisica.info/modulation-of-the-helical-properties-of-dna-next-to-nearest-neighbour-effects-and-beyond/). Balaceanu Alexandra, Biutrago Diana, Walther Jurgen, Dans Pablo D., Orozco Modesto. Modulation of the Helical Properties of DNA: Next-To-Nearest Neighbour Effects and Beyond. Nucleic Acids Research, DOI: 10.1093/nar/gkz255, (2019).
      • Artículo seleccionado como altamente relevante por Faculty of 1000 (F1000) (2018)
        (Internacional)
        F1000
        Artículo seleccionado como altamente relevante por Faculty of 1000 (F1000), año 2018 (Allewell N: F1000Prime Recommendation, 01 Oct 2018; 10.3410/f.733651644.793550112, https://f1000.com/prime/733651644.). Elizabeth Sweeny, Anuradha Singh, Ritu Chakravarti, Osiris Martinez-Guzman, Arushi Saini, Mohammad Haque, Greer Garee, Pablo D. Dans, Luciana Hannibal, Amit Reddi, and Dennis Stuehr. Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase is a chaperone that allocates labile heme in cells. JBC. DOI: 10.1074/jbc.RA118.004169, (2018).
      • Artículo seleccionado en 2018 y comentado por los editors del JBC (2018)
        (Internacional)
        Journal of Biological Chemistry
        Artículo seleccionado en 2018 y comentado por los editors del JBC (JBC editors? pick highlight: Angela S. Fleischhacker and X Stephen W. Ragsdale. An unlikely heme chaperone confirmed at last. DOI 10.1074/jbc.H118.005247). Elizabeth Sweeny, Anuradha Singh, Ritu Chakravarti, Osiris Martinez-Guzman, Arushi Saini, Mohammad Haque, Greer Garee, Pablo D. Dans, Luciana Hannibal, Amit Reddi, and Dennis Stuehr. Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase is a chaperone that allocates labile heme in cells. JBC. DOI: 10.1074/jbc.RA118.004169, (2018).
      • Artículo seleccionado ?artículo del mes? por la Sociedad de Biofísica de España (octubre 2018) (2018)
        (Nacional)
        Sociedad de Biofísica de España
        Artículo seleccionado ?artículo del mes? por la Sociedad de Biofísica de España (octubre 2018, enlace: http://biofisica.info/allosterism-and-signal-transfer-in-dna/). Balaceanu Alexandra, Pérez Alberto, Dans Pablo D., and Orozco Modesto. Allosterism and Signal Transfer in DNA. Nucleic Acids Research, DOI: 10.1093/nar/gky549, (2018).
      • 29. Artículo seleccionado en 2018 por el Barcelona Supercomputing Center (BSC) como caso de éxito en su reporte anual 2017 (2018)
        (Nacional)
        Barcelona Supercomputing Center
        Artículo seleccionado en 2018 por el Barcelona Supercomputing Center (BSC) como caso de éxito en su reporte anual 2017 (PRACE 9th Call): Wave of perturbation: Protein-DNA binding allostery. http://www.prace-ri.eu/IMG/pdf/Prace-Annual-Report2017_LOWRES.pdf (pp. 20). Balaceanu Alexandra, Pérez Alberto, Dans Pablo D., and Orozco Modesto. Allosterism and Signal Transfer in DNA. Nucleic Acids Research, DOI: 10.1093/nar/gky549, (2018).
      • Artículo seleccionado ?artículo del mes? por la Sociedad de Biofísica de España (abril 2017) (2017)
        (Nacional)
        Sociedad de Biofísica de España
        Artículo seleccionado ?artículo del mes? por la Sociedad de Biofísica de España (abril 2017), enlace: http://biofisica.info/how-accurate-are-accurate-force-fields-for-b-dna/). Dans, Pablo D., Ivani Ivan, Hospital Adam, Portella Guillem, González Carlos, Orozco Modesto. How accurate are accurate force-fields for B-DNA? Nucleic Acids Research (2017). DOI: 10.1093/nar/gkw1355.
      • Artículo seleccionado como trabajo destacado del IRB (Barcelona) en su reporte anual 2017 (2017)
        (Nacional)
        Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona)
        Artículo seleccionado como trabajo destacado del IRB (Barcelona) en su reporte anual 2017 (https://www.irbbarcelona.org/annualreport2017/#selected-publications). Dans, Pablo D., Ivani Ivan, Hospital Adam, Portella Guillem, González Carlos, Orozco Modesto. How accurate are accurate force-fields for B-DNA? Nucleic Acids Research (2017). DOI: 10.1093/nar/gkw1355.
      • Artículo seleccionado "artículo del mes" por la Sociedad de Biofísica de España (enero 2016) (2016)
        (Nacional)
        Sociedad de Biofísica de España
        Artículo seleccionado "artículo del mes" por la Sociedad de Biofísica de España (enero 2016, enlace: http://biofisica.info/ivani-orozco-nat-methods-13-55/). Ivani, Ivan, Dans Pablo D., Noy Agnes, Pérez Alberto, Faustino Ignacio, Hospital Adam, Walther Jurgen, Andrio Pau, Goni Ramon, Balaceanu Alexandra, et al. Parmbsc1: a refined force field for DNA simulations. Nature Methods, Volume 13, Issue 1, 55-8, (2016).
      • Artículo señalado como altamente relevante por Faculty of 1000 (F1000) (2016)
        (Internacional)
        F1000
        Artículo señalado como altamente relevante por Faculty of 1000 (F1000), año 2016 (https://f1000.com/prime/725939551). Ivani, Ivan, Dans Pablo D., Noy Agnes, Pérez Alberto, Faustino Ignacio, Hospital Adam, Walther Jurgen, Andrio Pau, Goni Ramon, Balaceanu Alexandra, et al. Parmbsc1: a refined force field for DNA simulations. Nature Methods, Volume 13, Issue 1, 55-8, (2016).
      • Artículo seleccionado ?artículo del mes? por la Sociedad de Biofísica de España (mayo 2016) (2016)
        (Nacional)
        Sociedad de Biofísica de España
        Artículo seleccionado ?artículo del mes? por la Sociedad de Biofísica de España (mayo 2016, enlace: http://biofisica.info/dans-orozco-nucleic-acids-res-44-4052/). Dans Pablo D., Danil?ne L., Ivani Ivan, Dr?ata Tomá?, Lanka? Filip, Hospital Adam, Walther Jürgen, Illa Pujagut Ricard, Battistini Federica, Gelpí Josep Lluis, Lavery Ricard and Orozco Modesto. Long-timescale dynamics of the Drew-Dickerson dodecamer. Nucleic Acids Research, 44(9): 4052-4066, (2016)
      • Premio al mejor trabajo en la modalidad poster en el Congreso RNA Structure, Dynamics and Function (2016)
        (Internacional)
        SISSA, Trieste, Italia.
        Premio al mejor trabajo en la modalidad poster en el Congreso RNA Structure, Dynamics and Function. Título del trabajo: ?Looking at RNA through ?/? glasses?. SISSA, Trieste, Italia. 24 a 27 de mayo 2016.
      • Premio al mejor trabajo en formato poster en el Congreso New Trends in Computational Chemistry for Industry Applications (2015)
        (Nacional)
        Catalonian Reference Network on Theoretical and Computational Chemistry (XRQTC)
        Premio al mejor trabajo en formato poster en el Congreso New Trends in Computational Chemistry for Industry Applications, Barcelona, España. Octubre 2015. Título del trabajo ?Towards multiscale modelling of sequence specific properties of chromatin?. Organiazado por la Catalonian Reference Network on Theoretical and Computational Chemistry (XRQTC).
      • Premio a la mejor presentación oral en el First IRB Barcelona PostDoc Day (2014)
        (Nacional)
        Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona)
        Premio a la mejor presentación oral en el First IRB Barcelona PostDoc Day: ?A Talk with Siméon and Ludwig: Direct Measurement of the Dielectric Polarization Properties of DNA?. 3 de abril 2014, Barcelona, España.
      • Profesor invitado Universidad Federal de Sao Carlos, Brasil (2013)
        (Internacional)
        Universidad Federal de Sao Carlos
        Invitado al departamento de química de la UFScar para dictar un curso teórico-práctico: "Hands-on training in molecular dynamics simulation of coarse-grained nucleic acids at the base-level" para 9 estudiantes de posgrado; y una charla para el departamento: "Exploring and Unravelling B-DNA polymorphisms in B-DNA helical conformations".
      • highly significant F1000 publication (2012)
        (Internacional)
        Faculty of F1000
        Faculty of F1000 is a post-publication peer-review service that provides online evaluations of recently published research articles. A 'Faculty' of over 10,000 distinguished scientists from around the globe identify, evaluate and rate the most significant articles from biomedical research publications. Otorgado por: Exploring polymorphisms in B-DNA helical conformations Dans, P., Pérez, A., Faustino, I., Lavery, R. and Orozco, M. Nucleic Acids Research (2012) 10.1093/nar/gks884.
      • Investigador Nivel I (2011)
        (Nacional)
        SNI - ANII
        Ascendido al Nivel 1 del Sistema Nacional de Investigadores de la ANII en la evaluacíón 2010. Pasaje al estado de Investigador Asociado en marzo 2011 por recidir fuera del pais durante el período 2011-2012 para lllevar a cabo una estancia posdoctoral en el Instituto de Investigación Biomédica de Barcelona.
      • Premio al mejor trabajo presentado (2011)
        (Internacional)
        Asociación Argentina de Bioinformática y Biología Computacional
        Premio al mejor poster: "Ion-induced DNA conformational changes explored in the microsecond time scale by coarse-grain molecular dynamics simulations". Autores: Darré, L., Dans, P. D., Pantano, S. En el segundo congreso de la A2B2C, Córdoba, Argentina.
      • Mención al mejor trabajo presentado en la 1st Argentinean Congress of Bioinformatics and Computational Biology, Buenos Aires, Argentina. (2010)
        (Internacional)
        A2B2C (Asociación Argentina de Bioinformatica y Biología Computacional)

      • Beca para asistir al International Conference on Molecular Aspects of Cell Biology: A Perspective from Computational Physics, Trieste, Italia. (2010)
        (Internacional)
        UNESCO y International Centre for Theoretical Physics.

      • Premio al trabajo presentado más destacado (2010)
        (Internacional)
        International Center for Theoretical Physics

      • Investigador Grado 3 (2010)
        (Nacional)
        PEDECIBA QUIMICA
        Ingreso como investigador Grado 3 al Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas área Química (Ministerio de Educación y Cultura - Universidad de la República - Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo), abril 2010.
      • Beca para asistir al VII Iberoamerican Congress of Biophysics y al II Latin American Postgraduate Program of Biophysics Course (2009)
        (Internacional)
        Sociedad Argentina de Biofisica, Sociedad Brasilera de Bioficia, UIPAB

      • Premio al trabajo más destacado presentado (2009)
        (Internacional)
        VII Iberoamerican Congress of Biophysics
        DEVELOPMENT OF A COARSE-GRAINED MODEL AT THE BASE-LEVEL FOR DNA Pablo D. Dans, Ari Zeida & Sergio Pantano Abstract All-atoms molecular dynamics (MD) simulations are a very powerful tool to predict structural, dynamical, and thermodynamical properties of biological molecules. Nevertheless the current computational power constrains this analysis to time scales of a few hundreds of nanoseconds, too short to follow several important biological processes. In addition, the number of degrees of freedom of biological systems is very large, and an appropriate phase space exploration of large length scales biological molecules is not feasible. To bridge the gap between times scales of practicable simulations and those of biologically relevant motions and also fill the lack between a microscopic representations of biomolecules to mesoscopic length scales, several simplified methods have been proposed. One type of such methods are based on a coarse-grained (CG) representation of the all-atoms system in which the potential energy is expressed in terms of harmonic springs between spatially close effective centroids representing functional groups or residues in biomolecules. While adequate representations of DNA exist at the atomic and continuum level, there is a relative lack of models capable of describing its behavior at mesoscopic length scales. In this contribution we present a mesoscale model of DNA that reduces the complexity of each nucleotide to six interactions sites. Intra and inter molecular interactions are evaluated using a classical Hamiltonian with explicit electrostatics calculated under the Generalized Born framework. Several properties calculated with our CG model, such as temperature-depended melting and structural transitions (A→B) agree well with experimental and/or MD data with significantly less computational efforts.
      • Candidato a Investigador (2009)
        (Nacional)
        Agencia Nacional de Investigación e Innovación
        Ingreso al Sistema Nacional de Investigadores en la categoría "Candidato a Investigador" durante el año 2009.
      • Beca para asistir al International Conference on Drug Design and Discovery for Developing Countries, Trieste, Italia. (2008)
        (Internacional)
        Naciones Unidas (ICS-UNIDO)

      • Beca Doctoral (2005)
        (Nacional)
        Facultad de Química / Proyectos institucionales

      • Beca para asistir al International Theoretical Chemistry Congress in Latin Language (QUITEL), Caxambu, Brasil (2000)
        (Internacional)
        Organización del congreso

    • Presentaciones en eventos

      • 3era reunión anual del Club del RNA del Uruguay (2019)
        Encuentro
        Modeling, simulations, and bioinformatics at the service of RNA structure and dynamics
        Uruguay
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 6
        Nombre de la institución promotora: Club del RNA del Uruguay - IIBCE
      • Seminarios del Instituto de Quimica Biológica, FC-UdelaR (2018)
        Seminario
        Linking chromatin structure, chromosome conformation, and gene regulation
        Argentina
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 6
        Nombre de la institución promotora: Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universida de Buenos Aires
      • Seminarios del del Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE) (2018)
        Seminario
        From optical microscopy to near atomic resolution of genes and chromosomes
        Uruguay
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 6
        Nombre de la institución promotora: Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable
      • Seminarios de la Facultad de Química (2018)
        Seminario
        Modeling DNA from the electron to the chromosome
        Uruguay
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 6
        Nombre de la institución promotora: Facultad de Química, UdelaR
      • Seminarios del Departamento de Ciencias Biológicas del CENUR Regional Norte (2018)
        Seminario
        Talk with Siméon, Ludwig and Doofenshmirtz: Direct Measurement of the Dielectric Polarization Properties of DNA
        Uruguay
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 12
        Nombre de la institución promotora: Departamento de Ciencias Biológicas del CENUR Regional Norte (UdelaR)
      • Seminarios del Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física (FCEyN-UBA) (2018)
        Seminario
        tRNAsaurus Rex and the Frozen Genetic Code
        Argentina
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 6
        Nombre de la institución promotora: Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física (FCEyN-UBA)
      • Seminarios del Instituto de Biología Molecular de Montpellier (2017)
        Seminario
        Modeling DNA from the electron to the chromosome
        Francia
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 6
        Nombre de la institución promotora: Instituto de Biología Molecular de Montpellier
      • Seminarios del Departamento de Química Biológica, FCEyN-UBA (2017)
        Seminario
        Deciphering the conformational code behind the indirect reading of DNA sequences
        Argentina
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 6
        Nombre de la institución promotora: Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universida de Buenos Aires
      • Seminarios Facultad de Agronomía (2016)
        Seminario
        tRNAsaurus Rex and the Frozen Genetic Code
        Uruguay
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 2
        Nombre de la institución promotora: Departamento de Bioquímica de la Facultad de Agronomía (UdelaR)
        Palabras Clave: Simulaciones Estructura de tRNA evolucion del codigo genetico
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofisica computacional, bioquímica y biología molecular
      • 1er Workshop Latinoamericano de Modelado Molecular y Simulación Computacional (2016)
        Taller
        A Talk with Siméon, Ludwig and Doofenshmirtz: Direct Measurement of the Dielectric Polarization Properties of DNA
        Argentina
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 8
        Nombre de la institución promotora: Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universida de Buenos Aires
        Palabras Clave: Simulaciones constante dielectrica poisson-boltzmann propiedades fisicas del ADN
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica
      • Seminarios de Instituto (IPMONT) (2016)
        Seminario
        Ode to the code and the conundrum of life
        Uruguay
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 2
        Nombre de la institución promotora: Instituto Pasteur de Montevideo
        Palabras Clave: Simulaciones Estructura de tRNA evolucion codigo genetico
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofisica computacional, bioquímica y biología molecular
      • Seminarios del Instituto de Quimica Biológica, FC-UdelaR (2015)
        Seminario
        A talk with Siméon, Ludwig Edward and Doofenshmirtz: Direct measurement of the dielectric properties of DNA
        Uruguay
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 2
        Nombre de la institución promotora: Instituto de Química Biólogica, Facultad de Ciencias (UdelaR)
        Palabras Clave: Simulaciones constante dielectrica poisson-boltzmann
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica
      • Seminarios del Computational Biomedicine, Forschungszentrum Jülich (2015)
        Seminario
        Direct measurement of the dielectric properties of DNA & parmBSC1 a refined force-field for DNA simulations
        Alemania
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 8
        Nombre de la institución promotora: Computational Biomedicine, Forschungszentrum Jülich
        Palabras Clave: Dinámica Molecular constante dielectrica desarrollo de campos de fuerza propiedades fisicas del ADN
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      • Seminarios de Instituto (IPMONT) (2015)
        Seminario
        Structural polymorphisms in B-DNA helical conformations: Origins and causes
        Uruguay
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 2
        Nombre de la institución promotora: Instituto Pasteur de Montevideo
        Palabras Clave: Dinámica Molecular datamining de bases de datos espacio conformacional ADN Estructuras de Rxay
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      • Seminarios Facultad de Agronomía (2015)
        Seminario
        The structural impact of DNA mismatches: a Molecular Dynamics and NMR study
        Uruguay
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 2
        Nombre de la institución promotora: de Bioquímica de la Facultad de Agronomía (UdelaR)
        Palabras Clave: ADN dañado mutaciones perturbaciones en el espacio helicoidal
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      • Seminarios Departamento de Química - UFSCar (2013)
        Seminario
        Exploring and unraveling B-DNA polymorphisms in helical conformations
        Brasil
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 2
        Nombre de la institución promotora: Departamento de Química de la Universidad de Federal de Sao Carlos
        Palabras Clave: espacio conformacional ADN bases de datos estructurales polimorfismos estructurales
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      • Seminarios del grupo de Molecular Modeling & Bioinformatics (IRB Barcelona) (2010)
        Seminario
        Hybrid-hybrid models for the simulation of DNA in near physiological conditions
        España
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 2
        Nombre de la institución promotora: MMB - Universidad de Barcelona
        Palabras Clave: Coarse-grain Molecular dynamics nucleic acids
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
      • Seminarios Departamento de Química - Universidad de Girona (2010)
        Seminario
        Hybrid All-Atom/Coarse-Grain Models for DNA Simulations in Implicit and Explicit Solvents
        España
        Tipo de participación: Conferencista invitado
        Carga horaria: 6
        Nombre de la institución promotora: Universidad de Girona
        Palabras Clave: Coarse-grain Molecular dynamics nucleic acids
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biofísica computacional
    • Construcción institucional

      MEMBRECIAS:


      1. Miembro activo Gdo. 3 (setiembre 2019 a la fecha) del Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas (PEDECIBA Química, Uruguay). Antes Gdo. 3 activo (2010-2011), y asociado (2011-2019).

      2. Miembro activo Nivel 1 (agosto 2019 a la fecha) del Sistema Nacional de Investigadores (ANII, Uruguay). Anterior Candidato (2009), Nivel 1 activo (2010-2011), Nivel 1 asociado (2011-2019). 

      3. Miembro activo del Ascona B-DNA Consortium (ABC, https://bisi.ibcp.fr/ABC/Welcome.html). Primer miembro latinoamericano en unirse a este consorcio internacional. 2013 a la fecha. 

      4. Profesor visitante del Departamento de Química, de la Universidad Federal de Sao Carlos (UFSCar). Brasil. Mayo 2013. 

      5. Miembro ordinario de la Sociedad de Biofísica de España, 2016 a la fecha. Invitado a dar una presentación oral en el congreso de la SBE de Sevilla 6-8 de junio 2017 (http://sevilla2017.sbecongress.org/index.aspx). 

      6. Profesor visitante de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires. Argentina. Agosto 2016-2018. 

      7. Miembro de la Sociedad Uruguaya de Biociencias (SUB), seccionales SBBM y +Biofísica. 2019. 

      8. Investigador honorario del Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona), 2019 a la fecha.

      9. Miembro del Club del ARN del Uruguay, 2019 a la fecha.


      GESTION, ADMINISTRACION y CO-GOBIERNO:


      1. Miembro de la Comisión de Informática de la Facultad de Ciencias, UdelaR. Período 2003-2006.

      2. Miembro de la Comisión de Informática y Biblioteca por el Instituto de Química Biológica, Faculta de Ciencias, UdelaR. Período 2002-2005. 

      3. Asistente académico del Decano Ricardo Ehrlich, Facultad de Ciencias, UdelaR. Encargado de los temas de presupuesto, servicio de informática y biblioteca. Período 2003-2005. 

      4. Miembro suplente de la delegación docente al Consejo de la Facultad de Ciencias, período 2006-2009. 

      5. Miembro suplente de la delegación docente a la Comisión Coordinadora Docente de la Licenciatura en Bioquímica, período 2007-2009. 

      6. Representante del Ministerio de Educación y Cultura en la Jornadas del proyecto europeo NMP-DeLA ?Implementación de las Nanociencias, nanotecnologías, materiales y nuevas tecnologías de producción, en los países de América Latina?. 7 y 8 de octubre 2013. 

  • Información adicional

    PROYECTOS PROPIOS APROBADOS


    1. Proyecto CSIC de iniciación en la investigación ?Modelado de la estructura y mecanismo de acción molecular de compuestos de potencial acción antineoplásica de Pd(II) y Pt(II) con Piridinas?, aprobado científicamente en la categoría muy bueno pero no financiado, año 2002. 

    2. Proyecto CSIC de jóvenes investigadores ?Modelado de la estructura y mecanismo de acción molecular de compuestos de potencial acción antineoplásica de Pd(II) y Pt(II)?, aprobado científicamente en la categoría muy bueno y financiado, año 2003-2004. 

    3. Proyecto CSE para la realización de eventos relacionados con la Enseñanza media. Aprobado y financiado, responsables: Pablo D. Dans, Julia Leymonié (Unidad de Enseñanza, Facultad de Ciencias). Jornada sobre Educación a Distancia, diciembre 2004. 

    4. PRACE (Partnership for advanced computing in Europe) 8th call, 2013. Proyecto co-presentado con la Dra. Michela Candotti y Modesto Orozco: ?Molecular crowding effect on protein landscape?. Aprobado y financiado con 33 millones de horas/core de cálculo intensivo en el centro de cálculo MareNostrum (España). 

    5. PRACE (Partnership for advanced computing in Europe) 9th call, 2014. Proyecto: ?Protein-DNA binding allostery?. Aprobado y financiado con 29 millones de horas/core de cálculo intensivo en el centro de cálculo MareNostrum (España). Proyecto co-presentado con Modesto Orozco. 

    6. PRACE (Partnership for advanced computing in Europe) 12th call, 2015. Proyecto: ?DNA crystal simulations: a step towards the understanding of the crowded cellular environment?. Aprobado y financiado con 22 millones de horas/core de cálculo intensivo en el centro de cálculo MareNostrum (España). Proyecto co-presentado con Antonija Kuzmanic y Modesto Orozco. 

    7. PRACE (Partnership for advanced computing in Europe) 13th call, 2016. Proyecto co-presentado con la Dra. Antonija Kuzmanic y Modesto Orozco: ?Effects of point mutation on the activation of p38? MAPK?. Aprobado y financiado con 31 millones de horas/core de cálculo intensivo en el centro de cálculo Marconi-KNL (Italia). 

    8. First edition of Ignite Grant ? Barcelona Institute of Science and Technology, 2017. Proyecto presentado con la Dra. Marie Victoire Neguembor (CRG): ?GENSTORM: an integrated approach to visualize and model the spatial conformation of genes at the nanoscale level?. Aprobado y financiado con 20,000 euros por 8 meses (España). 

    9. PRACE (Partnership for advanced computing in Europe) 15th call, 2017. Proyecto co-presentado con el Dr. Hansel Gomez y Modesto Orozco: ?Understanding of the molecular basis of the decoding process in prokaryotic and eukaryotic ribosomal A-sites?. Aprobado y financiado con 32 millones de horas/core de cálculo intensivo en el centro de cálculo Piz-Daint (Suiza). 

    10. Second edition of Ignite Grant ? Barcelona Institute of Science and Technology, 2018. Proyecto presentado con la Dra. Marie Victoire Neguembor (CRG): ?GENSTORM2: striking back to determine how genes fold and work in space and time?. Aprobado y financiado con 50,000 euros por 12 meses (España). 

    11. Proyecto CSIC I+D Modalidad 1: ?Dilucidando el sistema ligninolítico: del transcriptoma a la actividad enzimática?. 2018-2020. Facultad de Química (UdelaR). Miembro del equipo, co-responsable de la redacción del proyecto (responsable Dra. Gianna Cecchetto). Aprobado y financiado con 1,249,975 $U por 24 meses (Uruguay). 

    12. Proyecto FCE Modalidad 2: ?Un estudio sobre la genética, actividad y estructura de cannabinoides sintasas en Cannabis?. 2018-2020. Instituto de Investigaciones Clemente Estable (IIBCE). Miembro del equipo, co-responsable de la redacción del proyecto (responsable Dra. Astrid Agorio). Aprobado y financiado con 1,000,000 $U por 24 meses (Uruguay). 


    PARTICIPACION EN PROYECTOS DE INVESTIGACION / I+D


    1. Participación en el proyecto: ?Estudio del mecanismo de acción del Cisplatino y proposición de nuevos análogos como agentes quimioterapéuticos?, Comisión Sectorial de Investigaciones Científicas (CSIC) Uruguay 2000-2002. Proyecto a cargo de la Dra. Coitiño, Lab. de Química Teórica y Computacional, Fac. Ciencias. 

    2. Participación en el proyecto de la Comisión Sectorial de Enseñanza (CSE): ?Implementación de un sistema semi-presencial para los dos primeros años de la Licenciatura en Bioquímica?, a cargo de la Dra. Coitiño, año 2001. 

    3. Participación en el proyecto: ?Influencia del entorno fisicoquímico sobre la estructura electrónica y reactividad de bases de ADN: hacia el diseño racional de sondas para diagnóstico y fármacos para quimioterapia altamente selectivos de Ru(II)?, CSIC Uruguay 2004-2006. Proyecto a cargo de la Dra. Coitiño, Lab. de Química Teórica y Computacional, Fac. Ciencias. 

    4. Participación en el proyecto: ?Desarrollo de Iniciativas Biotecnológicas: Vinculación y Valorización de la Investigación?. Programa de la Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD). Uruguay. 2004 - 2006. Dr. Ricardo Ehrlich (Ministro de Educación y Cultura). 

    5. Participación en el proyecto Fondo Clemente Estable: ?Caracterización estructural de procesos de transcripción viral del VIH-1?. Agencia Nacional de Investigación e Innovación. Uruguay. 2008 - 2010. Dr. Sergio Pantano. 

    6. Participación en el proyecto Combination of Collaborative Project and Coordination and Support Action ScalaLife. European Commission. 2010 - 2013. Dr. Modesto Orozco. 

    7. Participación en el proyecto: ?Estudio de formas inusuales o tensionadas de los ácidos nucleicos de potencial interés biomédico?. MINECO (código BIO2012-32868). 2012-2015. Dr Modesto Orozco. 

    8. Participación en el proyecto Grupo de recerca consolidat: ?Modelització Molecular i Bioinformática de acidos nucleicos?. AGAUR (2014 SGR 134). 2014-2016. Dr. Modesto Orozco. 

    9. Participación en el proyecto ERC Advanced Grand: ?Multiscale simulation of DNA (SimDNA)?. European Research Council (ERC 291433). 2012-2017. Dr. Modesto Orozco. 

    10. Participación en el proyecto European three-dimensional (3D) genomics project: ?Multi-scale complex genomics (MuG)?. EU?s Horizon2020 Programme. 2016-2018. Director Dr. Modesto Orozco. 

    11. Spanish Ministry of Science. BFU2015-64802-R. Simulación de formas tensionadas o inusuales del DNA de interés biomédico?. 2016-2018. Dr. Modesto Orozco. 

    12. EU-Center of Excellence in High Performance Computing. BIOEXCEL: ?A center of Excellence in Biosimulation?. H2020 European Commission. 2015-2019. Dr. Modesto Orozco. 

  • Indicadores de producción

    Producción bibliográfica

    128
    Artículos publicados en revistas científicas
    37
    Completo 36
    Resumen 1
    Trabajos en eventos
    86
    Libros y Capítulos
    2
    Capítulos de libro publicado 2
    Textos en periódicos
    3
    Revistas 2
    Periodicos 1

    Producción técnica

    27
    Productos tecnológicos
    2
    Trabajos técnicos
    1
    Otros tipos
    24

    Evaluaciones

    37
    Evaluación de proyectos
    6
    Evaluación de eventos
    3
    Evaluación de publicaciones
    21
    Evaluación de convocatorias concursables
    4
    Jurado de tesis
    3

    Formación RRHH

    25
    Tutorías/Orientaciones/Supervisiones concluidas
    21
    Tesis/Monografía de grado 4
    Tesis de doctorado 3
    Tesis de maestria 3
    Otras tutorías/orientaciones 7
    Iniciación a la investigación 3
    Orientación de posdoctorado 1
    Tutorías/Orientaciones/Supervisiones en marcha
    4
    Tesis de doctorado 3
    Tesis de maestria 1