• Datos Generales

    • Institución principal

      Barcelona Supercomputing Center / Life Science Department / España
    • Dirección institucional

      Institución: Barcelona Supercomputing Center / Sector Extranjero/Internacional/Otros
      / Life Science Department
      Dirección: Nexus II Building Carrer Jordi Girona, 29 / 08034 / Barcelona , España
      Teléfono: (0034) 934137572
      Correo electrónico/Sitio Web: miguel.ponce@bsc.es https://www.bsc.es/ponce-de-leon-miguel
  • Formación

    • Formación académica

      • Concluida

        • Doctorado

          • Doctrado en Bioquímica, Biología Molecular y Biomedicina (2012 - 2016)
            Universidad Complutense de Madrid, Grupo de Biofísica, Departamento de Bioquímica y Biología Molecular I, Facultad de Ciencias Químicas , España
            Título de la disertación/tesis/defensa: Reconstrucción y análisis de modelos metabólicos a escala genómica. Aplicación al estudio de bacterias endosimbiontes
            Tutor/es: Francisco Montero Carnerero, Juli Peretó Magraner
            Obtención del título: 2017
            Sitio web de la disertación/tesis/defensa: https://eprints.ucm.es/48953/
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática /
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución /
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas

          Maestría

          • Maestría en Bioinformática (UDELAR-PEDECIBA) (2009 - 2011)
            Universidad de la República - Facultad de Ciencias - UDeLaR , Uruguay
            Título de la disertación/tesis/defensa: ANÁLISIS DE ÓPTIMOS ALTERNATIVOS EN REDES METABÓLICAS RECONSTRUÍDAS A ESCALA GENÓMICA
            Tutor/es: Dr. Luis Acerenza y Dr. Ing. Hector Cancela
            Obtención del título: 2011
            Sitio web de la disertación/tesis/defensa: http://www.pedeciba.edu.uy/bioinformatica/principal.php
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Computación /
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática /
        • Grado

          • Licenciatura en Ciencias Biológicas (2001 - 2008)
            Universidad de la República - Facultad de Ciencias - UDeLaR, Sección Biofísicas , Uruguay
            Título de la disertación/tesis/defensa: Métodos computacionales aplicables a la anotación de genomas y reconstrucción de redes metabólicas
            Tutor/es: Luis Acerenza
            Obtención del título: 2008
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Anotación Genómica
        • Técnico

          • Analista de Sistemas (2006 - 2008)
            Universidad ORT Uruguay - Universidad ORT Uruguay - Facultad de Ingeniería, Escuela de Tecnología , Uruguay
            Título de la disertación/tesis/defensa: -
            Obtención del título: 2008
            Palabras Clave: Programción Bases de Datos Análisis de Sistemas
            Areas de conocimiento:
            Ingeniería y Tecnología / Ingeniería Eléctrica, Ingeniería Electrónica e Ingeniería de la Información / Ingeniería de Sistemas y Comunicaciones / Analista
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Computación e Información / Analista Programador
    • Formación complementaria

      • Concluida

        • Cursos de corta duración

          • Project Management for Non Project Managers (10/2018 - 10/2018)
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Barcelona Supercomputing Center , España
            10 horas
            Palabras Clave: Project Management
            Areas de conocimiento:
            Ingeniería y Tecnología / Otras Ingenierías y Tecnologías / Otras Ingenierías y Tecnologías / Project Management
          • Whole Cell Modeling (09/2017 - 09/2017)
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Centro de Regulación Genómica , España
            20 horas
            Palabras Clave: Biología de sistemas Simulaciones
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
          • Text mining in cancer research (01/2015 - 01/2015)
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Bar Ilan University , Israel
            25 horas
            Palabras Clave: textmining cancer
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Médicas y de la Salud / Medicina Básica / Bioquímica y Biología Molecular / Bioinformatica
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Textmining
          • Advanced Scientific Python (09/2012 - 09/2012)
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Christian Albrechts Universität zu Kiel , Alemania
            40 horas
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Computación / Programación científica
          • Modeling and Analysis in Systems Biology (07/2010 - 07/2010)
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad de Chile / Facultad de Ciencias Físicas y Matemática , Chile
            20 horas
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
          • Avances en Genómica funcional (01/2010 - 01/2010)
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Pontifica Univ. Católica de Valparaíso , Chile
            80 horas
            Palabras Clave: Genómica funcional Anotación genómica Reconstrucción metabólica
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Métodos de Investigación en Bioquímica /
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática /
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Bioquímica y Biología Molecular / Genómica Funcional
          • Escuela Latinoamericana de Evolución (01/2009 - 01/2009)
            Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Ciencias - UDeLaR , Uruguay
            60 horas
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución /
          • Complex Systems Summer School (01/2008 - 01/2008)
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Santa Fe Institute , Estados Unidos
            60 horas
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución /
          • Matemática en Internet y Redes de Nueva Generación (01/2007 - 01/2007)
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Centre International de Mathématiques Pures et Appliquées , Francia
          • From Disordered systems to Complex systems (01/2006 - 01/2006)
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Pan American Advanced Studies Institute , Estados Unidos
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Físicas / Física de los Materiales Condensados /
        • Participación en eventos

          • ISCB - International Society for Computational Biology - Latin america (2010)
            Tipo: Congreso
            Institución organizadora: ISCB, Uruguay
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución /
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática /
          • Browsing Chordate Genomes with Ensembl (2009)
            Tipo: Taller
            Institución organizadora: Institut Pasteur de Montevideo, Uruguay
            Palabras Clave: Bioinformatica
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución /
      • En marcha

        • Posdoctorados

          • Computational Biology (2017)
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Barcelona Supercomputing Center / Life Science Department , España
            Palabras Clave: Medicina de Precisión Bioinformática Big Data Machine Learning
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Machine Learning
  • Idiomas

    • Francés
      Entiende regular / Habla regular / Lee regular / Escribe regular
    • Inglés
      Entiende muy bien / Habla muy bien / Lee muy bien / Escribe muy bien
  • Areas de actuación

    • Ciencias Naturales y Exactas

      Ciencias de la Computación e Información /Ciencias de la Información y Bioinformática /Bioinformatica
    • Ciencias Naturales y Exactas

      Ciencias Biológicas /Biofísica /Biología de Sistemas
  • Actuación profesional

    • Sector Extranjero/Internacional/Otros - España

      Barcelona Supercomputing Center / Life Science Department

      • Vínculos con la Institución

        • Funcionario/Empleado (09/2017 - a la fecha)Trabajo relevante
          Investigador Postdoctoral ,40 horas semanales / Dedicación total
      • Actividades

        • Líneas de investigación

          • Multi-scale modeling of cancer growth (09/2017 - a la fecha )
            The understanding of the underlying mechanisms for the emergence of cancer resistances to target therapies is key in helping to improve such treatments and in the last term, extend the life expectancies of patients [1,2]. The emergence of resistant cells is a complex phenomenon, not only because the inherent complexity of biological systems, but for the interplay between processes that occur at different scales. On one hand, there are the molecular mechanisms by which individual cells can develop resistance to a particular drug. On the other hand, there is the population level dynamic where other process may play a key role. For instance, the variability in the gene expression profiles of the different cells that give rise to heterogeneous population, the competition for resources such as space and nutrients, as well as the interaction or cross-talk between different cells. As a consequence, multicellular systems dynamics, such as the case of tumour growth and evolution, can only be understood by studying how cells grow, divide and die and also considering the interaction between the cells. In this scenario the possibility to use a virtual laboratory to conduct in-silico simulations can serve as a promising platform to the following proposes: I) integrate heterogeneous source of experimental data as well as biological knowledge; ii) to generate hypothesis about underlying mechanisms of biological processes, for instance the emergence of resistant cells; iii) design, test and optimize drug treatments. In-silico models combining different levels of description, such as intra-cellular signaling with an Agent-Based Model (ABM) are becoming a power full tool to simulate tumour evolution and to connect different levels of description. The main objective is to provide a platform to be used as a virtual laboratory.
            Aplicada
            30 horas semanales
            Life Science Department, Grupo de Biología Computacional , Coordinador o Responsable
            Equipo: Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , Valencia, A.
            Palabras clave: multi-scale modelgin agent-based modeling drgu resistance
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
        • Proyectos de investigación y desarrollo

          • Interactive Extreme-Scale Analytics and Forecasting (10/2018 - a la fecha)
            At an increasing rate, industrial and scientific institutions need to deal with massive data flows streaming in from a multitude of sources. For instance, maritime surveillance applications combine high-velocity data streams, including vessel position signals emitted from hundreds of thousands of vessels across the world and acoustic signals of autonomous, unmanned vessels; in the financial domain, stock price forecasting and portfolio management rely on stock tick data combined with real- time information sources on various pricing indicators; at the fight against cancer, complex simulations of multi-cellular systems are used, producing extreme-scale data streams in an effort to predict the effects of drug synergies on cancer cells. In these applications, the data volumes are expected to dramatically grow in the future. Processing this data often requires not only using an HPC infrastructure, but also having data scientists, who are typically not expert programmers, program complex workflows, with a vast number of parameters to tune through time-consuming repeated programming and testing. INFORE will address these challenges and pave the way for real-time, interactive extreme-scale analytics and forecasting. The ability to forecast, as early as possible, a good approximation to the outcome of a time-consuming and resource- demanding computational task allows to quickly identify undesired outcomes and save valuable amount of time, effort and computational resources, which would otherwise be spent in vain. Consider, for example, the ability to forecast the outcome of a complex multi-cellular system simulation for tumor evolution, without the need to wait for the simulation to be completed. INFORE will also design and develop a flexible, pluggable, distributed software architecture that is programmable and set up by graphical data processing workflows. The INFORE prototype will be tested on massive real-world data from the life sciences, financial and maritime domains.
            20 horas semanales
            Barcelona Supercomputing Center , Life Sccience Department
            Investigación
            Integrante del Equipo
            En Marcha
            Financiación:
            Comunidad Económica Europea, Bélgica, Apoyo financiero
            Equipo: Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , Valencia, A. (Responsable)
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Machine Learning
    • Sector Extranjero/Internacional/Otros - Estados Unidos

      Indiana University Bloomington / Department of Intelligent Systems Engineering

      • Vínculos con la Institución

        • Profesor visitante (06/2019 - 07/2019)
          Visiting Researcher ,40 horas semanales
          Short Research Internship at Cancer Math Lab: http://mathcancer.org/
    • Sector Extranjero/Internacional/Otros - España

      Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas / Unidad de Bioinformática

      • Vínculos con la Institución

        • Profesor visitante (03/2017 - 07/2019)
          Investigador Postdoctoral ,5 horas semanales
    • Sector Extranjero/Internacional/Otros - España

      Instituto de Salud Carlos III / Escuela Nacional de Sanidad

      • Vínculos con la Institución

        • Otro (10/2017 - 02/2019)
          Docente coordinador ,1 hora semanal
          Docente Coordinador de la asignatura "HERRAMIENTAS PARA EL MANEJO DE DATOS EN SALUD" del Master en Bioinformática Aplicada a la Medicina de Personalizada y Salud.
        • Funcionario/Empleado (10/2014 - 08/2017)Trabajo relevante
          Coordinador Academico ,30 horas semanales
      • Actividades

        • Docencia

          • Máster en Bioinformática Aplicada a Medicina Personalizada y Salud (10/2017 - a la fecha)
            Maestría
            Responsable
            Asignaturas:
            HERRAMIENTAS PARA EL MANEJO DE DATOS EN SALUD, 60 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformatica Traslacional
            Ciencias Médicas y de la Salud / Otras Ciencias Médicas / Otras Ciencias Médicas / Bioinformática aplicada a la medicina de precisión http://masterbioinformatica.com/
          • Master en Bioinformatica (10/2014 - 09/2017 )
            Maestría
            Responsable
            Asignaturas:
            Introducciona a la Programacion, 15 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformatica
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Programación para Bioinformática
        • Gestión Académica

          • Organización y coordinación de cursos, calendario clases, aula de informática y tutorías a estudiantes (09/2014 - 09/2017 )
            Máster en Bioinformática, http://www.isciii.es/ISCIII/es/contenidos/fd-formacion/fd-escuela-nacional-sanidad2/fd-masters/dosier_master_bioinformatica_20170110.pdf
            Gestión de la Enseñanza , 30 horas semanales
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Bioquímica y Biología Molecular / Bioinformatica
    • Sector Extranjero/Internacional/Otros - España

      Universidad de Valencia / Master en Bioinformática

      • Vínculos con la Institución

        • Profesor visitante (12/2012 - 12/2018)
          Profesor Invitado para impatir clases de Biología de Sistemas Computacional
          https://www.uv.es/uvweb/master-bioinformatica/es/programa-del-master/plan-estudios/plan-estudios/master-universitario-bioinformatica-1285885000291/Titulacio.html?id=1285860963472&plantilla=MU_Bioinformatica/Page/TPGDetaill&p2=2 https://www.uv.es/fatwirepub/Satellite/universitat/es/asignaturas-1285885000291.html?idA=42589&idT=2116;2019
      • Actividades

        • Docencia

          • Master en Bioinformática (12/2012 - 12/2018 )
            Maestría
            Invitado
            Asignaturas:
            Biología de Sistemas Computacional, 60 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Computational Systems Biology
    • Sector Extranjero/Internacional/Otros - España

      Universidad Carlos III de Madrid / Departamento de Bioingeniería e Ingeniería Aeroespacial

      • Vínculos con la Institución

        • Funcionario/Empleado (01/2017 - 06/2017)
          Profesor Asistente ,5 horas semanales
          Profesor en la asignatura: Biología sintética y de sistemas (14162) de la Titulación: Grado en Ingeniería Biomédica (257)
      • Actividades

        • Docencia

          • Grado en Ingeniería Biomédica (01/2017 - 06/2017 )
            Grado
            Asistente
            Asignaturas:
            Biología sintética y de sistemas, 60 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ingeniería y Tecnología / Otras Ingenierías y Tecnologías / Otras Ingenierías y Tecnologías / Ingeniería Biomédica
    • Sector Extranjero/Internacional/Otros - España

      Univerdiad Complutense de Madrid / Grupo de Biofísica, Departamento de Bioquímica y Biología Molecular I, Facultad de Ciencias Químicas

      • Vínculos con la Institución

        • Colaborador (09/2011 - 01/2017)
          Estudiante de Doctorado ,20 horas semanales
          Estudiante de doctorado y colovorador honorario
      • Actividades

        • Líneas de investigación

          • Biología de Sistemas de Consorcios endosimbiontes (09/2011 - 12/2016 )
            Mutualistic bacteria-insect endosymbiosis are widespread in nature, and are considered a key element in the evolutionary success of insects. Furthermore, there are other associations with endosymbiotic bacterial communities, whose role in the biology of the insects has not been fully explored. Since ectosymbionts collaborate in the processing of nutritionally poor diets, which are generally toxic, their biotechnological potential is obvious. The aim of this project is to study these symbiotic relationships from both evolutionary and systemic perspectives, taking as starting point the genomic analysis of symbiotic systems that differ in the age of the association and the level of integration of the partners. Genomes of bacterial symbionts in different stages of the integration process are available, from recent symbiosis with non-reduced genomes, to extreme cases with such reduced genomes that these organisms can no longer meet the nutritional needs of their hosts and so, they require the establishment of microbial consortia for a joint operation. We aim to sequence crucial genomes necessary to complete our knowledge of the stages of the process, and conduct global gene expression studies that will allow us to compare the different solutions adopted by the different systems, depending on their symbionts and their degree of genomic reduction. This is the case of four species of aphids with the same primary and secondary endosymbionts but in different degrees of integration, and also, of several strains of whitefly with the same primary endosymbiont, but different secondary symbionts. Of particular interest is the case of the endosymbiotic bacterium of mealybugs, which in turn has another endosymbiotic bacterium inside. Additionally, systemic analysis of metabolic networks inferred from the sequencing results, essentially the stoichiometric analysis with constraints (analysis of flow balances, variability studies, classification of modes, comparison of "enzyme subsets" with data from transcriptome and proteome, etc.) will provide new insights into the organization and the regulation patterns in bacterial consortia, as well as on the organization and regulation of metametabolomes. Previous studies with insect endosymbionts have not only proved their importance supplementing specialized diets, but also, their importance in complex diets, e. g. being involved in nitrogen metabolism. Regarding this point, we will start a new working line using the cockroach Blattella germanica as a model insect to determine the regulation of gene expression in insect endosymbionts under different protein-content diets. We also intend to study the possible role of intestinal microbiota (ectosymbionts) complementing the role of endosymbionts. With this goal, we add value to our work by exploring the role of ectosymbionts in cases of specialized diets in insects, either with or without endosymbionts. In these analyses, we will include lepidoptera with restrictive diets. Especially relevant is the case of Retinia resinella that feeds on terpenes, whose study get us into the fields of synthetic biology and biotechnology. This coordinated project gathers the use of experimental and computational techniques for the analysis of metabolisms associated with non-cultivable bacteria, and it has been established taking into account the complimentary capacity of the groups involved for a Systems Biology approach.
            Fundamental
            20 horas semanales
            Departamento de Bioquímica y Biología Molecular I, Grupo de Biofísica , Integrante del equipo
            Equipo: Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , Francisco Montero , Juli Pereto , Amparo Latorre
            Palabras clave: metabolic modeling metabolic reconstruction
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución /
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Análisis Estequiométrico
        • Proyectos de investigación y desarrollo

          • Biología de sistemas de las interacciones entre los insectos y sus simbiontes (01/2013 - 12/2016 )
            Las endosimbiosis mutualistas bacteria-insecto están muy extendidas en la naturaleza, siendo claves en el éxito evolutivo de los insectos. Además, existen otras asociaciones con comunidades bacterianas ectosimbióticas, cuyo papel en la biología de los insectos empezamos a conocer. Puesto que los ectosimbiontes colaboran en el procesado de una dieta de bajo nivel nutricional, generalmente tóxica, su potencial biotecnológico es obvio. Este proyecto pretende abordar el estudio de estas simbiosis desde la doble perspectiva evolutiva y sistémica, tomando como punto de partida el análisis genómico de asociaciones simbióticas con diferente antigüedad y nivel de integración. Se dispone de genomas de simbiontes en varias fases del proceso de integración, desde simbiosis recientes con genomas no reducidos, hasta otras extremas con genomas tan reducidos que no cubren las necesidades nutricionales de sus hospedadores y requieren del establecimiento de consorcios microbianos para el funcionamiento del conjunto. Pretendemos secuenciar genomas clave necesarios para completar las fases del proceso y llevar a cabo estudios de expresión génica global que nos permitan comparar las distintas soluciones que diferentes sistemas adoptan en función de los simbiontes y de su grado de reducción genómica. Es el caso de cuatro especies de pulgones con un mismo endosimbionte primario y secundario pero en distintos grados de integración, o varias cepas de la mosca blanca con el mismo endosimbionte primario y diferentes secundarios. De particular interés es el caso de una bacteria endosimbionte de otra y ambas del insecto hospedador. Por otra parte, el análisis sistémico de las redes metabólicas inferidas de los resultados de secuenciación, fundamentalmente el análisis estequiométrico con restricciones (análisis de balance de flujos, estudios de variabilidad, clasificación de modos, comparación de ?subconjuntos enzimáticos? con los datos de transcriptoma y proteoma, etc.) proporcionará nuevos conocimientos sobre la organización y los patrones de regulación en consorcios bacterianos, así como sobre la organización y regulación de metametabolomas. Los estudios previos con endosimbiontes de insectos no solo han demostrado su importancia complementando dietas especializas, sino también en el caso de dietas complejas, por ejemplo, participando en el metabolismo del nitrógeno. Por ello, inicamos una línea de trabajo en un insecto modelo, la cucaracha Blatella germanica para conocer la regulación de la expresión génica en endosimbiontes de insectos sometidos a dietas con distinto contenido proteico. Queremos, además, estudiar el posible papel de la microbiota intestinal (ectosimbiontes) complementando el papel de los endosimbiontes. Con este objetivo damos un valor añadido a nuestro trabajo, al profundizar en el papel de los ectosimbiontes en casos de dietas especializadas en insectos, carezcan o no de endosimbontes. En esta línea incluimos lepidópteros de dieta restrictiva. Especialmente relevante es el caso de Retinia resinella que se alimenta de terpenos y cuyo estudio nos permitirá adentrarnos en la biología sintética y biotecnología. Este proyecto coordinado comporta el uso de técnicas experimentales y computacionales para el estudio de los metabolismos asociados a bacterias no cultivables y se establece atendiendo a la capacidad complementaria de los grupos implicados para abordar el estudio desde un enfoque propio de la Biología de Sistemas.
            20 horas semanales
            Ministerio de Economía y Competitividad (BFU2012-39816-C02-02) , Biofísica
            Investigación
            Integrante del Equipo
            Concluido
            Alumnos encargados en el proyecto:
            Pregrado:1
            Especialización:1
            Maestría/Magister:1
            Doctorado:4
            Financiación:
            Ministerio de Economía y Competitividad, España, Apoyo financiero
            Equipo: Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , Montero F. , Peretó Juli. , Moran F , Latorre A
            Palabras clave: Reconstrucción metabólicaendosimbios Endosimbiosis complementación metabólica
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Biología de Sistemas
          • Biología de sistemas de las interacciones bacterianas en insectos: análisis genómico, estudios funcionales y evolutivos y modelización de sistemas con restricciones (12/2011 - 12/2012 )
            Las simbiosis mutualistas entre bacterias intracelulares e insectos están muy extendidas en la naturaleza y parecen ser clave en el éxito evolutivo de este grupo de organismos. Este proyecto coordinado pretende abordar el estudio de tales asociaciones desde una doble perspectiva: evolutiva y sistémica. El punto de partida lo constituye la información empírica que el análisis genómico va a suministrar sobre la disección de asociaciones simbióticas específicas que representan ejemplos de diferente antigüedad y tipo de integración entre los endosimbiontes y sus hospedadores. Se secuenciarán genomas de bacterias que se encuentran en diferentes fases de integración con su hospedador, desde simbiosis recientes, con genomas aún no reducidos, hasta otras avanzadas, posiblemente extremas, con genomas tan reducidos que ya no pueden satisfacer las necesidades nutricionales de sus hospedadores. En ocasiones, estos últimos sistemas reducidos conducen al establecimiento de los consorcios microbianos, donde más de un endosimbionte va a ser necesario para garantizar el funcionamiento metabólico adecuado del conjunto de organismos implicados en la simbiosis. A partir de la anotación de los genomas bacterianos se deducirá su metabolismo y se llevará a cabo el análisis estequiométrico de las redes metabólicas de las bacterias por separado y del conjunto cuando se presentan consorcios. De particular interés será el estudio genómico y metabólico de una bacteria endosimbionte de otra bacteria, y ambas siéndolo del insecto hospedador. Los endosimbiontes de insectos secuenciados hasta el momento son mayoritariamente ? - proteobacterias. Pero otros grupos de bacterias, ? y ? -proteobacterias y especialmente flavobacterias, muy alejadas filogenéticamente de las primeras, también forman endosimbiosis con los insectos. Se pretende demostrar la existencia de convergencia evolutiva (genómica y metabólica) en el proceso de adaptación a la vida intracelular con insectos que, teniendo formas de vida similares, han establecido simbiosis con esos otros grupos de bacterias. El proyecto comporta la implementación de técnicas tanto experimentales (fundamentalmente la secuenciación masiva de genomas de bacterias no cultivables), como computacionales para el estudio de genomas endosimbiontes y sus metabolismos. El proyecto coordinado se establece atendiendo a la capacitación complementaria de los dos grupos implicados para poder abordar el estudio desde un enfoque propio de la Biología de Sistemas.
            20 horas semanales
            Ministerio Ciencia e Innovación (BFU2009-12895-C02-02) , Biofísica
            Investigación
            Integrante del Equipo
            Concluido
            Alumnos encargados en el proyecto:
            Pregrado:2
            Especialización:1
            Maestría/Magister:1
            Doctorado:4
            Financiación:
            Ministerio de Ciencias e Innovación, España, Apoyo financiero
            Equipo: Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , Montero F , Moran F , Latorre A , Pereto J
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Biología de Sistemas
        • Docencia

          • Grado en Bioquímica (09/2012 - 12/2017 )
            Grado
            Invitado
            Asignaturas:
            Laboratorio Integrado de Biofísica y Bioinformática, 60 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Bioquímica y Biología Molecular / Bioinformatica
          • Master en Bioquímica Biología Molecular y Biomedicina (09/2011 - 09/2016 )
            Maestría
            Invitado
            Asignaturas:
            BIOLOGÍA COMPUTACIONAL Y DE SISTEMAS, 60 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos / Biología de Sistemas
    • Sector Extranjero/Internacional/Otros - España

      Fundación Parque Científico de Madrid

      • Vínculos con la Institución

        • Funcionario/Empleado (09/2011 - 09/2014)Trabajo relevante
          Coordinador Académico ,20 horas semanales
      • Actividades

        • Docencia

          • Master en Bioinformática y Biología Computacional ISCIII-ENS (10/2011 - a la fecha)
            Maestría
            Organizador/Coordinador
            Asignaturas:
            Introducción a la Programación, 3 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Bioinformatica
        • Gestión Académica

          • Coordinación Académica (10/2011 - a la fecha )
            Parque Científico de Madrid, Moncloa
            Gestión de la Enseñanza
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Bioinformatica
    • Sector Gobierno/Público - Ministerio de Vivienda, Ordenamiento Territorial y Medio Ambiente - Uruguay

      Dirección Nacional de Medio Ambiente

      • Vínculos con la Institución

        • Otro (06/2011 - 08/2011)
          Consultor externo ,35 horas semanales
          Desarrollo de una base de datos y una aplicación web para el manejo de información sobre fauna y flora del Uruguay en el marco del PROYECTOl FORTALECIMIENTO DEL PROCESO DE IMPLEMENTACIÓN DEL SISTEMA NACIONAL DE ÁREAS PROTEGIDAS DE URUGUAY - Proyecto URU/06/G34
    • Sector Educación Superior/Público - Universidad de la República - Uruguay

      Facultad de Ciencias - UDeLaR

      • Vínculos con la Institución

        • Funcionario/Empleado (05/2009 - 12/2010)
          Asistente ,20 horas semanales
          Escalafón: Docente
          Grado: Grado 2
          Cargo: Interino
        • Funcionario/Empleado (10/2009 - 10/2010)
          Ayudante ,20 horas semanales
          Escalafón: Docente
          Grado: Grado 2
          Cargo: Interino
        • Funcionario/Empleado (05/2007 - 03/2009)
          Ayudante ,25 horas semanales
          Proyecto FPTA 252 “Desarrollo de capacidades Bioinformáticas en el área de anotación genómica”
          Escalafón: Docente
          Grado: Grado 1
          Cargo: Interino
        • Funcionario/Empleado (03/2007 - 09/2007)
          Ayudante ,20 horas semanales
          Ayudante del Laboratorio de Biología de Sistemas,
          Escalafón: Docente
          Grado: Grado 1
          Cargo: Interino
        • Funcionario/Empleado (10/2006 - 04/2007)
          Ayudante ,20 horas semanales
          Mantenimiento de la red del C-Mat
          Escalafón: Docente
          Grado: Grado 1
          Cargo: Interino
        • Funcionario/Empleado (03/2005 - 03/2007)
          Ayudante ,20 horas semanales
          Proyecto CSIC: “Desarrollo de estrategias generales para el análisis y diseño de procesos metabólicos en sistemas celulares”
          Escalafón: Docente
          Grado: Grado 1
          Cargo: Interino
      • Actividades

        • Proyectos de investigación y desarrollo

          • Evaluación de adquisición de susceptibles como un nuevo mecanismo determinando los procesos de difusión en redes complejas (05/2009 - 05/2011 )
            CSIC I+D
            20 horas semanales
            Facultad de Ciencias UdelaR , Biomatemáticas
            Investigación
            Integrante del Equipo
            Concluido
            Alumnos encargados en el proyecto:
            Maestría/Magister:2
            Financiación:
            Comisión Sectorial de Investigación Científica - UDeLaR, Uruguay, Apoyo financiero
            Equipo: Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , Juan Manuel BARRENECHE SARASOLA , Héctor Gabriel ROMERO BRUNETTO , Juan Carlos VALLE LISBOA ASURABARRENA , Matías ARIM IHLENFELD (Responsable)
            Palabras clave: redes complejas epidemias
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Redes complejas
          • Origen y evolución de la variación antigénica en tripanosomas (10/2009 - 10/2010 )
            CSIC I+D
            20 horas semanales
            Facultad de Ciencias UdelaR , Biomatemáticas
            Investigación
            Integrante del Equipo
            Concluido
            Alumnos encargados en el proyecto:
            Pregrado:1
            Maestría/Magister:1
            Doctorado:1
            Financiación:
            Comisión Sectorial de Investigación Científica - UDeLaR, Uruguay, Apoyo financiero
            Equipo: Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , Guillermo Pedro LAMOLLE ALZUGARAY , Jenifer GARCÍA-MONTEJO BARNECHE , Fernando ALVAREZ VALIN (Responsable) , Gonzalo GREIF CARÁMBULA , Carlos ROBELLO PORTO
          • Desarrollo de capacidades Bioinformáticas en el área de anotación genómica (05/2007 - 05/2009 )
            PROYECTO FPTA (UdelaR, INIA, IPMON)
            25 horas semanales
            Facultad de Ciencias UdelaR , Biomatemáticas
            Investigación
            Integrante del Equipo
            Concluido
            Alumnos encargados en el proyecto:
            Pregrado:3
            Maestría/Magister:2
            Financiación:
            INIA, Uruguay, Apoyo financiero
            Equipo: Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , Guillermo Pedro LAMOLLE ALZUGARAY , Luisa BERNÁ ZANOTTA , Fernando ALVAREZ VALIN (Responsable) , Fabián Marcel CAPDEVIELLE SOSA , Hugo Mario NAYA MONTEVERDE
            Palabras clave: Anotación genómica Bioinformática
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos / Bioinformatica
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos / Bioinformatica
          • Desarrollo de estrategias generales para el análisis y diseño de grandes cambios metabólicos en sistemas celulares (01/2005 - 01/2007 )
            Desarrollo de estrategias generales para el análisis y diseño de grandes cambios metabólicos en sistemas celulares
            20 horas semanales
            Facultad de Ciencias UdelaR , Sección de Biofísica
            Investigación
            Integrante del Equipo
            Concluido
            Alumnos encargados en el proyecto:
            Pregrado:1
            Especialización:1
            Financiación:
            Comisión Sectorial de Investigación Científica - UDeLaR, Uruguay, Apoyo financiero
            Equipo: Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , PABLO BERGER , Luis ACERENZA (Responsable) , Héctor CANCELA BOSI
        • Docencia

          • Maestría en Bioinformática (01/2015 - 01/2015 )
            Maestría
            Organizador/Coordinador
            Asignaturas:
            Reconstrucción y análisis de redes metabólicas en la era post­genómica, 26 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos / Biología de Sistemas
          • Maestría en Ciencias Biológicas (UDELAR-PEDECIBA) (08/2006 - 12/2008 )
            Maestría

            Asignaturas:
            Biología de Sistemas, 4 horas, Teórico-Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
          • Licenciatura en Ciencias Biológicas (03/2007 - 07/2007 )
            Grado

            Asignaturas:
            Biofísica, 2 horas, Práctico
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
    • Sector Organizaciones Privadas sin Fines de Lucro/Organizaciones No Gubernamentales - Organizaciones Sin Fines de Lucro - Uruguay

      Fundación Julio Ricaldoni

      • Vínculos con la Institución

        • Funcionario/Empleado (05/2009 - 09/2009)
          Consultor (desarrollador JAVA) ,20 horas semanales
          Desarrollo de una herramienta informática que permita responder cuantas áreas deberían incorporarse al SNAP para que este cumpla sus objetivos, cuáles deberían ser esas áreas y cual debería ser la secuencia temporal de incorporación de las mismas al sistema. Desarrollo llevado a cabo en el marco del Proyecto de Fortalecimiento del Proceso de Implementación del Sistema Nacional de Áreas Protegidas (SNAP) de Uruguay (DINAMA-MVOTMA)
  • Carga horaria

    • Carga horaria de docencia: 1 hora
    • Carga horaria de investigación: 29 horas
    • Carga horaria de formación RRHH: 5 horas
    • Carga horaria de extensión: Sin horas
    • Carga horaria de gestión: 5 horas
  • Producción científica/tecnológica

    • My area of expertise is in the field of systems biology and scientific computation where most of my research has been done on reconstructing and simulating of biological networks. During my master and PhD, I worked in the development of approaches for reconstructing and analyzing metabolic model at genome-scale. I used those models to study the organization of metabolic networks in different bacterial systems. Specifically, I worked in the problem of protein allocation in different growth conditions and in the evolution of metabolic complementation in endosymbiotic bacteria and their insect host. I also worked on the problem of functional annotation and orphan enzyme activities.
      My current position is as a postdoctoral fellow researcher at BSC-CNS, under the supervision of Prof. Alfonso Valencia. Here my line of research is the development of systems biology approaches to personalized medicine, with a particular focus on cancer. We use different modelling approaches including metabolic models and Boolean models of signalling networks to integrate heterogeneous sources of molecular information such as gene expression and metabolite levels. We use these molecular models to simulate biological systems and to generate testable hypotheses and to improve our knowledge of cancer biology as well as other diseases. Specifically, I'm developing multi-scale models that combine different approaches in order to simulate multi-cellular systems such as tumours and tissues.
      Currently, we are using these simulations to predict drug synergy interactions in a model of adenocarcinoma. We also use our simulation to run in-silico experiments to test different drug supply regimens to minimize the emergence of drug resistance. Lastly, I keep working in the development approaches for the reconstruction of metabolic models at genome-scale, to study the metabolism of cancer as well as other human pathogens such as Salmonella enterica.



  • Producción bibliográfica

    • Artículos publicados

      • Arbitrados

        • On the inconsistent treatment of gene-protein-reaction rules in context-specific metabolic models (Completo, 2019)
          Ponce-de-Leon M.
          Bioinformatics (Oxford, England), 2019
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 13674803
          DOI: 10.1093/bioinformatics/btz832
          https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btz832/5625152

        • Determinism and Contingency Shape Metabolic Complementation in an Endosymbiotic Consortium (Completo, 2017)
          Ponce-de-Leon M.
          Frontiers in Microbiology, v.: 8 p.:1 - 14, 2017
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 1664302X
          DOI: 10.3389/fmicb.2017.02290
          https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2017.02290/full

        • Metabolic Complementation in Bacterial Communities: Necessary Conditions and Optimality (Completo, 2016)Trabajo relevante
          MORI M. , Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , J PERETO , F MONTERO
          Frontiers in Microbiology, 2016
          Palabras clave: endosimbiontes complementacion metabolica
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Biología de Sistemas
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 1664302X
          DOI: 10.3389/fmicb.2016.01553

        • Nature lessons: The whitefly bacterial endosymbiont is a minimal amino acid factory with unusual energetics (Completo, 2016)
          CALLE-ESPINOZA J. , Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , F MONTERO , J PERETO
          Journal of Theoretical Biology (E), 2016
          Palabras clave: endosimbiontes
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Biología de Sistemas
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 10958541
          DOI: 10.1016/j.jtbi.2016.07.024

        • Consistency Analysis of Genome-Scale Models of Bacterial Metabolism: A Metamodel Approach. (Completo, 2015)
          Ponce-de-Leon M.
          PLoS ONE, v.: 10 12 , 2015
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Reconstrucción Metabólica
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 19326203
          DOI: 10.1371/journal.pone.0143626

        • An Interpretation of the Ancestral Codon from Miller’s Amino Acids and Nucleotide Correlations in Modern Coding Sequences (Completo, 2015)
          CARELS, N. , Miguel PONCE DE LEON CAPURRO
          Bioinformatics and Biology Insights, v.: 9 p.:37 - 47, 2015
          Palabras clave: purine bias
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Bioinformatica
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 11779322
          DOI: 10.4137/BBI.S24021
          http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4401237/

        • The Purine Bias of Coding Sequences is Determined by Physicochemical Constraints on Proteins. (Completo, 2014)
          Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , DE MIRANDA AB , ALVAREZ-VALIN, F. , CARELS, N.
          Bioinformatics and Biology Insights, v.: 8 p.:93 - 108, 2014
          Palabras clave: ancestral codon secondary structure purine bias RNY
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución /
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 11779322
          DOI: 10.4137/BBI.S13161
          http://www.la-press.com/the-purine-bias-of-coding-sequences-is-determined-by-physicochemical-c-artic

        • Transcriptome analysis of the bloodstream stage from the parasite Trypanosoma vivax (Completo, 2013)Trabajo relevante
          GREIF, G. , Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , LAMOLLE, G. , RODRIGUEZ, M. , PIÑEYRO, MD. , TAVARES-MARQUES, LM , REYNA-BELLO, A. , ROBELLO, C. , ALVAREZ-VALIN, F.
          BMC Genomics, v.: 14 p.:149 2013
          Palabras clave: Trypanosoma vivax RNAseq transcriptoma
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Bioquímica y Biología Molecular /
          Medio de divulgación: Papel
          ISSN: 14712164
          DOI: 10.1186/1471-2164-14-149
          http://www.biomedcentral.com/

        • Solving gap metabolites and blocked reactions in genome-scale models: application to the metabolic network of Blattabacterium cuenoti. (Completo, 2013)Trabajo relevante
          Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , F MONTERO , J PERETO
          BMC Systems Biology, 2013
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución /
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática /
          Medio de divulgación: Internet
          ISSN: 17520509
          DOI: 10.1186/1752-0509-7-114
          http://www.biomedcentral.com/1752-0509/7/114

        • A strategy to calculate the patterns of nutrient consumption by micro-organisms applying a two level optimisation principle to reconstructed metabolic networks (Completo, 2008)Trabajo relevante
          CANCELA, HÉCTOR , Miguel PONCE DE LEON CAPURRO , ACERENZA, LUIS
          Journal of Biological Physics, 2008
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
          Medio de divulgación: Otros
          Lugar de publicación: (in press)
          ISSN: 00920606

    • Artículos aceptados

      • Arbitrados

        • Interactive Extreme - Scale Analytics towards Battling Cancer (Completo, 2019)
          Ponce-de-Leon M. , Giatrakos, N.

          IEEE Technology and Society Magazine, 2019
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica /
          Medio de divulgación: Internet
          Fecha de aceptación: 10/03/2019
          ISSN: 02780097
  • Producción técnica

    • Productos

      • BASE DE DATOS DE ESPECIES (2011)
        Software, Obra
        PONCE DE LEON CAPURRO Miguel
        Base de Datos de Especies del Uruguay
        País: Uruguay
        Disponibilidad: Restricta
        Producto con aplicación productiva o social: Sistema utilizado por DINAMA, MVOTMA, para la gestion del sitema de informacion de especies, su distribucion y metadata.
        Institución financiadora: MVOTMA-SNAP-PNUD
        Palabras clave: Base de Datos
        Areas de conocimiento:
        Ingeniería y Tecnología / Ingeniería Eléctrica, Ingeniería Electrónica e Ingeniería de la Información / Ingeniería de Sistemas y Comunicaciones / Aplicacion Web y Bases de Datos
        Medio de divulgación: Internet
        http://www.dinama.gub.uy/sia/snap-especies-app/
        La base de datos de especies fue desarrollada con el objetivo de generar un sistema de información que permita mantener la información de las especies que se distribuyen en el territorio. La información contenida en la base de datos, es producto de trabajos de sistematización llevados adelante por el Proyecto Fortalecimiento del Proceso de Implementación del Sistema Nacional de Áreas Protegidas de Uruguay (Proyecto SNAP) del Ministerio de Vivienda, Ordenamiento Territotial y Medio Ambiente (MVOTMA) y el Proyecto Producción Responsable (PPR) del Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca (MGAP), en los que participaron el Museo Nacional de Historia Natural (MNHN) del Ministerio de Educación y Cultura (MEC), el Museo y Jardín Botánico “Prof. Atilio Lombardo” de la Intendencia Departamental de Montevideo (IDM), y las Facultades de Agronomía, Ciencias y Química de la Universidad de la República (UdelaR), y las Organizaciones de la Sociedad Civil Vida Silvestre, Centro Interdisciplinario de Estudios sobre el Desarrollo, Uruguay (CIEDUR) y la Sociedad Zoológica del Uruguay (SZU).
      • BARTESAGHI, LUCÍA; CANCELA, HÉCTOR; CHIARO, NATALIA; GONZÁLEZ, MARTÍN; PONCE DE LEÓN, MIGUEL; SOUTULLO, ÁLVARO Sistema de apoyo a la toma de decisiones para el Sistema Nacional de Áreas Protegidas , Software de apoyo a la toma de decisiones, incluyendo modelado por programación lineal y entera, y heurísticas de optimización multi-objetivo, e interfaces para apoyo a la toma de decisiones. , (2009)
        Software, Obra
        PONCE DE LEON CAPURRO Miguel
        Software de apoyo a la toma de decisiones, incluyendo modelado por programación lineal y entera, y heurísticas de optimización multi-objetivo, e interfaces para apoyo a la toma de decisiones
        País: Uruguay
        Disponibilidad: Restricta
        Producto con aplicación productiva o social: Sistema utilizado por DINAMA, MVOTMA, para apoyo a la definición de las áreas a ingresar en el Sistema Nacional de Áreas Protegidas
        Institución financiadora: DINAMA/MVOTMA - PNUD/GEF
        Palabras clave: optimización
        Areas de conocimiento:
        Ingeniería y Tecnología / Ingeniería Eléctrica, Ingeniería Electrónica e Ingeniería de la Información / Ingeniería de Sistemas y Comunicaciones / Aplicacion
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Computación / Investigación Operativa
        Medio de divulgación: Otros
        Además de su aplicación en DINAMA, este trabajo fue objeto de una presentación en un evento académico: 'A Decision Support Software for Designing Uruguay Protected Areas Network', Alvaro Soutullo, Lucía Bartesaghi, Hector Cancela, Natalia Chiaro, Martín González, Miguel Ponce de León. CLAIO 2010 / ALIO-INFORMS Joint International Meeting - Buenos Aires, Argentina, 6-9 June 2010.
    • Otras Producciones

      • Cursos de corta duración dictados

        • Reconstrucción y análisis de redes metabólicas en la era post-genómica (2015)
          Ponce-de-Leon M.
          Especialización
          País: Uruguay
          Idioma: Español
          Medio divulgación: Otros
          Tipo de participación: Organizador
          Duración: 1 semanas
          Lugar: Institut Pasteur
          Ciudad: Montevideo
          Institución Promotora/Financiadora: PEDECIBA UdelaR
          Palabras clave: biologia de sistemas bioinformatica
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biologia de Sistemas
      • Otra producción técnica

        • Base de Datos y Portal web de Especies Protegidas (SNAP) (2011)
          Ponce-de-Leon M.

          País: Uruguay
          Idioma: Español
          Medio divulgación: Internet
          Web: https://www.dinama.gub.uy/especies/
          La presente Base de Datos es una realización de los Ministerios de Vivienda, Ordenamiento Territorial y Medio Ambiente (MVOTMA) y de Ganadería, Agricultura y Pesca (MGAP), resultado de un esfuerzo conjunto del Proyecto "Fortalecimiento del Proceso de Impl
          Lugar: Montevideo, Montevideo
          Institución Promotora/Financiadora: Ministerios de Vivienda, Ordenamiento Territorial y Medio Ambiente
          Areas de conocimiento:
          Ingeniería y Tecnología / Ingeniería Eléctrica, Ingeniería Electrónica e Ingeniería de la Información / Ingeniería de Sistemas y Comunicaciones /
    • Evaluaciones

      • Evaluación de Proyectos

        • Evaluación independiente de proyectos

          CSIC I+D 2018 ( 2018 / 2019 )
          Uruguay
          Cantidad: Menos de 5
      • Evaluación de Publicaciones

        • Revisiones

          Bioinformatics ( 2019 )
          Tipo de publicación: Revista
          Cantidad: De 5 a 20
        • BMC Bioinformatics ( 2019 )
          Tipo de publicación: Revista
          Cantidad: Menos de 5
        • Bioinformatics ( 2018 )
          Tipo de publicación: Revista
          Cantidad: Menos de 5
        • BMC Bioinformatics ( 2018 )
          Tipo de publicación: Revista
          Cantidad: Menos de 5
        • BMC Bioinformatics ( 2017 )
          Tipo de publicación: Revista
          Cantidad: De 5 a 20
        • FEBS Letters ( 2017 )
          Tipo de publicación: Revista
          Cantidad: Menos de 5
        • Bioinformatics ( 2016 )
          Tipo de publicación: Revista
          Cantidad: De 5 a 20
        • Journal of Biomolecular Structure & Dynamics ( 2016 )
          Tipo de publicación: Revista
          Cantidad: Menos de 5
      • Evaluación de eventos y congresos

        • X International Conference on Bioinformatics ( 2019 )
          Revisiones
          Uruguay

          SOIBIO, UdelaR, PEDECIBA
          Evaluación de posters
    • Formación de RRHH

      • Tutorías concluidas

        • Posgrado

          • Defining the basic structure for a bioinformatics unit on a hospital (2018)
            Tesis de maestria
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Salud Carlos III / Escuela Nacional de Sanidad , España
            Tipo de orientación: Asesor/Orientador
            Nombre del orientado: Patricia Avila
            Medio de divulgación: Otros
            País/Idioma: España, Español
            Palabras Clave: Infrastructure bioinformatics
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática
          • Aplicación de herramientas de aprendizaje automática para la predicción de la evolución de pacientes con ictus (2016)
            Tesis de maestria
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Salud Carlos III , España
            Tipo de orientación: Tutor único o principal
            Nombre del orientado: Pedro del Caño
            País/Idioma: España, Español
            Palabras Clave: ictus machine learning
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Médicas y de la Salud / Medicina Básica / Bioquímica y Biología Molecular / Bioinformatica
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática
          • Cancer multiplexes: assembling multi-layered regulatory networks for insights into tumour malignancy (2015)
            Tesis de maestria
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Salud Carlos III , España
            Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad
            Nombre del orientado: Tayssiry Yoused
            Medio de divulgación: Papel
            País/Idioma: España, Español
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Biología de Sistemas
            Summary: Cellular processes are regulated on many different levels. Although our descriptions of cellular components are becoming more and more complete, thanks to high-throughput measurements of levels of gene expression and protein abundance, we are still lacking a thorough understanding of how their interactions give rise to phenotypes. In this project the student will investigate 3 different regulatory layers, namely the signalling network (post translational modifications, from public databases), the transcriptional regulatory network (Transcription factor-target interactions, novel network generated in the group integrated with public databases) and the post- transcriptional regulatory network (microRNA-target interactions, novel network generated in the group). Multiplexes are a recent concept in network science which allow the definition of a single multi-layered network in which nodes can have different sets of links in different layers. In our case the 3-layer multiplex will allow us to represent all known regulatory interactions in a single framework. The projection of genomics and/or proteomics data on the multiplex will allow us to compare tumor vs. normal samples. The student will be encouraged to investigate the multiplex topology in the different samples looking for patterns and statistical properties (node degrees, feed-back loops etc...), associated with malignancy. Depending on time, student expertise and level of interest, the project can be developed further with an investigation of the stability of the integrated multiplex, as compared to the stability of the constituent networks.
        • Otras

          • Integración de datos transcriptómicos al análisis de balance de flujo en células cancerosas (2018)
            Otras tutorías/orientaciones
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Barcelona Supercomputing Center / Life Science Department , España
            Tipo de orientación: Asesor/Orientador
            Nombre del orientado: Andres Iriarte
            Medio de divulgación: Otros
            País/Idioma: España, Español
            Palabras Clave: Reconstrución metabólica Biología de sistemas
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Otros Tópicos Biológicos / Biología de Sistemas
      • Tutorías en marcha

        • Posgrado

          • Context-specific reconstruction of cancer cell line metabolic models to explore cancer growth strategies and to predict novel therapeutic targets (2019)
            Tesis de maestria
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Escuela Nacional de Sanidad / Máster en Bioinformática Aplicada a Medicina Personalizada y Salud / ISCIII-ENS (España) , España
            Tipo de orientación: Tutor único o principal
            Nombre del orientado: Estrella Esquivel
            País/Idioma: España, Español
            Web: http://www.masterbioinformatica.com/
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
          • Simulation of drug interactions in a gastric adenocarcinoma Boolean model (2019)
            Tesis de maestria
            Sector Extranjero/Internacional/Otros / Barcelona Supercomputing Center / Life Science Department , España
            Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad
            Nombre del orientado: Gerard Pradas
            Medio de divulgación: Otros
            País/Idioma: España, Inglés
            Palabras Clave: Systems Biology Multi-scale modeling cancer simulations
            Areas de conocimiento:
            Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Biología Computacional
            Abstract. Discovery of efficient anti-cancer drug combinations is a major challenge, since experimental testing of all possible combinations is clearly impossible. Recent efforts to computationally predict drug combination responses retain this experimental search space, as model definitions typically rely on extensive drug perturbation data1. A dynamical model was developed by collaborators2 representing a cell fate decision network in the AGS gastric cancer cell line, relying on background knowledge extracted from literature and databases. In this work, the study of solutions of the Boolean model led to identifications of synergies among drugs. Nevertheless, due to the nature of the simulation tools used, this study could not identify concentrations where this synergy was maximal. In the present project, the candidate will simulate varying concentration of inhibitors in the AGS model using MaBoSS3,4, a tool that simulates continuous time Markov processes on Boolean networks. This will allow exploring the different concentrations of drugs to find maximal synergies. This analysis will allow to identify drug responses of cancer to drug that could be clinically relevant. Additionally, this project will allow the candidate to get familiar with the use of signalling models, such as Boolean models, their simulation and their analyses.
    • Otros datos relevantes

      • Premios, Honores y Títulos

        • Severo Ochoa Mobility Fellowship (2018)
          (Internacional)
          Barcelona Supercomputing Center
          Beca de financiamiento para realizar pasantías internacionales
        • Sociedad Española de Biófísica - Articulo destacado del mes (10/2016) (2016)
          (Nacional)
          Sociedad española de Biofisica
          Articulo destacado del mes: http://biofisica.info/mori-montero-front-microbiol-7-1553/
        • Premio a jóvenes investigadores: Mención especial (2007)
          (Nacional)
          Sociedad Uruguaya de Biociencias

      • Presentaciones en eventos

        • 4th Disease Maps Community Meeting (2019)
          Encuentro
          A multiscale modelling platform to simulate drug synergies in different cell population architectures.
          España
          Tipo de participación: Expositor oral
          Nombre de la institución promotora: Clinical Bioinformatics Area, FPS, Hospital Virgen del Rocío
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Médicas y de la Salud / Otras Ciencias Médicas / Otras Ciencias Médicas / Biología de Sistemas
        • X International Conference On Bioinformatics (2019)
          Congreso
          Elucidating metabolic dependencies in cancer cell lines using constraint-based modelling
          Uruguay
          Tipo de participación: Conferencista invitado
          Nombre de la institución promotora: SOIBIO, UdelaR, PEDECIBA, ISCB
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
        • NetSci (2018)
          Congreso
          Poster
          Francia
          Tipo de participación: Otros
          Nombre de la institución promotora: The Network Science Society
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Network Science
          Title: Navigating complex genotype spaces of cancer signaling models to investigate drug resistance mechanisms
        • Mechanisms to Therapies: Innovations in Cancer Metabolism (2018)
          Congreso
          Poster
          España
          Tipo de participación: Otros
          Nombre de la institución promotora: European Association for Cancer Research
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
          Title: Using genome-scale models to explore the mechanisms underlying cancer metabolic vulnerabilities
        • 3rd European Conference on Translational Bioinformatics: Biomedical Big Data Supporting Precision Medicine (2018)
          Congreso
          Poster
          España
          Tipo de participación: Otros
          Nombre de la institución promotora: Instituto Nacional de Bioinformática
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
          Title: Modeling drug responses in heterogeneous cell cultures through multi-scale simulations Authors: Ponce-de-Leon, Miguel ;Pancaldi, Vera ;Vazquez, Miguel ;Floback, Asmund ;Valencia, Alfonso
        • XXI Symposium on Bioinformatics (2018)
          Congreso
          Poster
          España
          Tipo de participación: Otros
          Nombre de la institución promotora: Instituto Nacional de Bioinformática
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
          Title: Contextualizing metabolic models with gene essentiality to predict cancer specific growth requirements Authors: Miguel Ponce-de-Leon, Javier Perales-Patón, Héctor Tejero, Fátima Al-Shahrour, Alfonso Valencia
        • XX Symposium on Bioinformatics (2016)
          Congreso
          Poster
          España
          Tipo de participación: Otros
          Nombre de la institución promotora: Instituto Nacional de Bioinformática
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biofísica / Biología de Sistemas
          Title: iGOP: an iterative algorithm to resolve inconsistencies in genome-scale metabolic models Authors: Ponce-de-Leon, Miguel ;Pereto, Juli ;Montero, Francisco
        • XXXVIII Congreso de la SEBBM (2015)
          Congreso
          Analyzing metabolic complementation: genome­scale metabolic modeling of endosymbiont bacterial consortium in aphids.
          España
          Tipo de participación: Expositor oral
          Carga horaria: 32
          Nombre de la institución promotora: Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Biología de Sistemas
        • XII Symposium on Bioinformatics (2014)
          Simposio
          Network curation of genome-scale models through the structural properties of a Metamodel
          España
          Tipo de participación: Poster
          Carga horaria: 24
          Nombre de la institución promotora: INB
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Biología de Sistemas
        • XIIIth Meeting of the Spanish Biophysical Society (2013)
          Congreso
          Large-scale analysis of Unconnected Modules in bacterial metabolism
          España
          Tipo de participación: Poster
          Carga horaria: 32
          Nombre de la institución promotora: Spanish Biophysical Society
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Biología de Sistemas
        • Xth Spanish Symposium on Bioinformatics (2011)
          Congreso
          A Flux Balance Approach to study the metabolic capability of endosymbiont bacteria
          España
          Tipo de participación: Poster
          “A Flux Balance Approach to study the metabolic capability of endosymbiont bacteria”. F. Morán, M. Ponce de León, S. Vázquez, D. Xavier, Francisco Montero
        • XIII Jornadas de la Sociedad Uruguaya de Biociencias (2010)
          Congreso
          USO DEL ANALISIS DE BALANCE DE FLUJOS PARA CALCULAR LA VELOCIDAD DE CRECIMIENTO CELULAR EN DIFERENTES MEDIOS: EL CASO DE LA INHIBICION DEL CRECIMIENTO POR AMONÍACO.
          Uruguay
          Tipo de participación: Poster
          Nombre de la institución promotora: SUB
          USO DEL ANALISIS DE BALANCE DE FLUJOS PARA CALCULAR LA VELOCIDAD DE CRECIMIENTO CELULAR EN DIFERENTES MEDIOS: EL CASO DE LA INHIBICION DEL CRECIMIENTO POR AMONÍACO. M., Ponce de León, L., Acerenza. (2010).
        • The XII International Congress on Molecular Systems Biology ICMSB (2010)
          Congreso
          Organization of the metabolic network of endosymbiotic bacteria Buchnera aphidicola of Cinara cedri for the biosynthesis of essential amino acids. A variability analysis
          España
          Tipo de participación: Poster
          “Organization of the metabolic network of endosymbiotic bacteria Buchnera aphidicola of Cinara cedri for the biosynthesis of essential amino acids. A variability analysis”. F. Montero, A. Latorre, F. Morán, J. Peretó, M. Ponce de León, S. Vázquez
        • 150 years od Darwins Evolutionary Theory: a South American celebration (2009)
          Congreso
          Calculating metabolic reponses from the stoichometric network and optimization principles
          Uruguay
          Tipo de participación: Poster
          Nombre de la institución promotora: Facultad de Ciencias
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución
        • XXXVII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq e XI Congresso da PABMB (2008)
          Congreso
          A strategy to calculate the patterns of nutrient consumption by micro-organisms applying a two level optimisation principle to reconstructed metabolic networks
          Brasil
          Tipo de participación: Expositor oral
          Nombre de la institución promotora: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular
        • JUBILO: Jornadas uruguayas de bioinformática locales (2008)
          Encuentro
          PAGSI: Un pipeline de anotación para genomas sin intrones
          Uruguay
          Tipo de participación: Expositor oral
          Nombre de la institución promotora: IPMON - PEDECIA - FING - FCIEN
        • Primeras Jornadas de Genetica del Uruguay (2008)
          Congreso
          Clasificiación de secuencias de ADN como estrategia para revisar anotaciones hipotéticas de genes de arroz
          Uruguay
          Tipo de participación: Poster
          Nombre de la institución promotora: Facultad de Ciencias
          Palabras Clave: Bioinformatica
          Areas de conocimiento:
          Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Genética y Herencia
        • 6th International conference of biological physics: (2007)
          Congreso
          Determination of the patterns of utilization of mixture of sugars by microorganisms applying optimization principles to stoichiometric metabolic networks
          Uruguay
          Tipo de participación: Expositor oral
        • XII Jornadas de la Sociedad Uruguaya de Biociencias (2007)
          Congreso
          Cálculo de patrones de utilización de mezclas de nutrientes aplicando criterios de optimización a redes metabólicas reconstruidas a escala genómica
          Uruguay
          Tipo de participación: Expositor oral
          Nombre de la institución promotora: Sociedad Uruguaya de Biociencias
        • X Panamerican Association for Biochemistry and Molecular Biology (2005)
          Congreso
          CALCULATION OF MAXIMAL GROWTH RATES OF E. coli IN MIXTURE OF SUGARS, PERFORMING A FLUX BALANCE ANALYSIS OF ITS METABOLIC NETWORK
          Argentina
          Tipo de participación: Expositor oral
          Nombre de la institución promotora: PABMB
    • Información adicional

      Total number of publications: 10 + 1 (accpeted) + 1 (subnmited)

      Publications (Google Scholar / Scopus): 10/8
      Citations (Google Scholar / Scopus): 106 / 57
      H-index (Google Scholar / Scopus): 7 / 4

      Articles as first author: 5 (two as corresponding author)
      Articles as second author co-shared first authorship: 2 (one as corresponding author)

      Nº of papers published in Q1 journals: 7 
      Nº of papers published in first decile journals: 3

      Design and development of the database and web application for the management of the protected species of the National System of Protected Areas of Uruguay:
      http://www.mvotma.gub.uy/portal/especies-prioritarias-para-la-consevacion.html

      Academic coordinator of the Master in Bioinformatics and computational Biology (ISCIII-ENS) from 2011 to 2017
      According to the newspaper El Mundo's Ranking:
      - Best Master in Bioscience (2013-2014)
      - Second Best Master in Bioscience (2014-2015)
      - Second Best Master in Bioscience (2015-2016)

    • Indicadores de producción

      Producción bibliográfica

      11
      Artículos publicados en revistas científicas
      10
      Completo 10
      Artículos aceptados para publicación en revistas científicas
      1
      Completo 1

      Producción técnica

      4
      Productos tecnológicos
      2
      Otros tipos
      2

      Evaluaciones

      10
      Evaluación de proyectos
      1
      Evaluación de eventos
      1
      Evaluación de publicaciones
      8

      Formación RRHH

      6
      Tutorías/Orientaciones/Supervisiones concluidas
      4
      Tesis de maestria 3
      Otras tutorías/orientaciones 1
      Tutorías/Orientaciones/Supervisiones en marcha
      2
      Tesis de maestria 2