El progreso de las tecnologías de secuenciación de tercera generación ha representado un avance significativo en el área de la genómica microbiana. Estas tecnologías, como las de Oxford Nanopore Technologies (ONT) posibilitan la obtención rápida y asequible del ensamblado completo de genomas y elementos extracromosómicos de diversos microorganismos.
La introducción de tecnologías portátiles de secuenciación ONT también ha ampliado las capacidades para generar perfiles taxonómicos de comunidades en diferentes ambientes y aislamientos, a través de la secuenciación del gen completo 16S del ARNr, mejorando la resolución en la clasificación taxonómica. En este contexto, hemos desarrollado la herramienta porefile (Salazar C., Ferres I., Giménez M. & Iraola G., https://github.com/microgenlab/porefile), un pipeline que permite obtener información taxonómica de manera rápida y reproducible.
La experiencia acumulada con la tecnología ONT permitió la generación de los primeros genomas de SARS-CoV-2 al inicio de la emergencia sanitaria por COVID-19 en Uruguay. Asimismo, he contribuido a la detección temprana de la Variante de Preocupación Alfa y el ingreso de la variante de preocupación Gamma al país en el contexto del Grupo de Trabajo Interinstitucional (GTI). El grupo también ha informado sobre la dinámica de los linajes circulantes en la primera parte de 2021 hasta mediados del 2023, reflejado en las publicaciones de distintas revistas internacionales arbitradas en ese período. Asimismo, he contribuido en el desarrollo de metodologías de relevamiento de SARS-CoV-2 en base al gen S viral (Salazar C. et al. 2023).
En el ámbito de la investigación sobre la evolución, epidemiología genómica y dinámica de resistencia a antibióticos en aislamientos clínicos, el Laboratorio de Genómica Microbiana ha explorado la diseminación de patógenos humanos al ambiente. En este contexto he participado en el estudio retrospectivo de un brote intrahospitalario de Klebsiella pneumoniae, portador de multirresistencia, mediante la utilización de genómica de alta resolución. A través de métodos metagenómicos llevados adelante por el grupo se determinó la presencia del mismo clon en aguas urbanas (Salazar et al., 2022). Siguiendo un enfoque genómico similar, logramos obtener el genoma de un aislamiento de K. pneumoniae ST-15 portador del gen OXA-48 (Salazar et al., 2022).
En la línea de Caracterización de microbiomas urbanos, nuestro grupo ha empleado metodologías de secuenciación shotgun para estudiar aguas de diversos ambientes (Fresia et al., 2019) y ha generado una colección de microorganismos obtenidos de estos ambientes (Antelo V. et al., 2018).
Actividades |
36 |
Líneas de investigación |
8 |
Proyectos Investigación Desarrollo |
9 |
Docencia |
6 |
Extensión |
3 |
Gestión Académica |
5 |
Otra Actividad Técnica |
5 |
Producción bibliográfica | 21 |
Artículos publicados en revistas científicas | 13 |
| Completo | 13 |
Artículos aceptados para publicación en revistas científicas | 1 |
| Completo | 1 |
Trabajos en eventos |
3 |
Libros y Capítulos |
2 |
| Capítulos de libro publicado | 2 |
Preprints |
2 |
Producción técnica | 6 |
Productos tecnológicos |
1 |
Otros tipos |
5 |
Evaluaciones | 1 |
Evaluación de proyectos | 1 |
Formación RRHH | 1 |
Tutorías/Orientaciones/Supervisiones en marcha |
1 |
| Iniciación a la investigación | 1 |
|   |   |