Datos Generales

• Institución principal

  Universidad de la República/ Centro Universitario Regional del Este / Sede Rocha / Uruguay

• Dirección institucional

  Institución: Universidad de la República / Centro Universitario Regional del Este / Sector Educación Superior/Público
  / Sede Rocha
  Dirección: Centro Universitario Regional Este, intersección rutas 9 y 15, Rocha, Uruguay. / 27000
  País: Uruguay / Rocha / Rocha
  Teléfono: 44727001
  Correo electrónico/Sitio Web: emiliano.pereira@cure.edu.uy http://www.cure.edu.uy http://marinegenomics.multisitio.interior.edu.uy
  

Formación

• Formación académica

  • Concluida

    • Doctorado

      • Ph.D. Molecular Biotechnology (2014 - 2019)

        Jacobs University gGmbH, Max Planck Institute for Marine Microbiology , Alemania
        Título de la disertación/tesis/defensa: Improvements in natural product biosynthetic gene clusters research and functional trait-based approaches in metagenomics
        Tutor/es: Prof. Dr. Frank Oliver Glöckner
        Obtención del título: 2020
        Sitio web de la disertación/tesis/defensa: http://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:gbv:579-opus-1008965
        Financiación:
        Agencia Nacional de Investigación e Innovación / Agencia Nacional de Investigación e Innovación , Uruguay
        Deutsche Akadamischer Austauchdients , Alemania
        Palabras Clave: Biosynthetic Gene Clusters Functional Ecology Metagenomics
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ecología / Ecología Microbiana
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica Ambiental

      Maestría

      • Maestría en Bioinformática PEDECIBA (2010 - 2013)

        Universidad de la República - Facultad de Ciencias, Laboratorio de Organización y Evolución del Genoma , Uruguay
        Título de la disertación/tesis/defensa: Procesos ecológicos, evolución y diversidad del grupo SAR11 revelados a través del análisis de datos de genómica ambiental
        Tutor/es: Dr. Héctor Musto (tutor), Dra. Cecilia Alonso (co-tutora)
        Obtención del título: 2013
        Financiación:
        Agencia Nacional de Investigación e Innovación / Agencia Nacional de Investigación e Innovación , Uruguay
        Palabras Clave: Metagenómica Grupo SAR11 Ecología y Evolución
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica Ambiental
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ecología / Ecología Microbiana

    • Grado

      • Licenciaturas en Ciencias Biológicas y Bioquímica (2004 - 2009)

        Universidad de la República - Facultad de Ciencias, Laboratorio de Organización y Evolución del Genoma , Uruguay
        Título de la disertación/tesis/defensa: Perfiles de contenido GC en muestras ambientales.
        Tutor/es: Dr. Héctor Musto
        Obtención del título: 2010
        Palabras Clave: Metagenómica Contenido GC Ecología y Evolución
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Ecología y Evolución
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica comparativa

• Formación complementaria

  • Concluida

    • Posdoctorados

      • Aplicaciones bioinformáticas en genómica ambiental: caracterizando procesos ecológicos de comunidades de microorganismos de la costa atlántica uruguaya (2019 - 2021)

        Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Centro Universitario Regional del Este / Sede Rocha , Uruguay
        Financiación:
        Agencia Nacional de Investigación e Innovación / Agencia Nacional de Investigación e Innovación , Uruguay
        Palabras Clave: Bioinformática Genómica Ambiental Ecología Microbiana
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ecología / Ecología Microbiana
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica Ambiental

    • Cursos de corta duración

      • Introduction to software containerization in bioinformatics (02/2023 - 02/2023)

        Sector Extranjero/Internacional/Otros / Universidad de Padua / Grupo de Estudiantes Regionales de Italia de la Sociedad Internacional de Biología Computacional , Italia
        3 horas
        Palabras Clave: Bioinformática Contenerización Docker Singularity
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Contenerización de software

      • Ramon Margalef Summer Colloquia. Microbes in a changing world: diversity and biochemistry (07/2016 - 07/2016)

        Sector Extranjero/Internacional/Otros / Instituto de Ciencias del Mar / Centro Mediterráneo de Investigaciones Marinas y Ambientales (CMIMA) , España
        40 horas
        Palabras Clave: Marine Microbial Ecology Metagenomics Environmental Change
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ecología / Ecología Microbiana

      • Principles in Statistical Modeling (PSM). Jacobs University Bremen (09/2015 - 12/2015)

        Sector Extranjero/Internacional/Otros / Jacobs University gGmbH , Alemania
        108 horas
        Palabras Clave: Machine Learning Statistical Modeling
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Matemáticas / Estadística y Probabilidad / Aprendizaje Automático

      • Understanding Peer-Review Publishing (06/2015 - 06/2015)

        Sector Extranjero/Internacional/Otros / Alfred Wegener Institute , Alemania
        8 horas

      • ENA/EMG Sample Record Annotation Workshop (12/2014 - 12/2014)

        Sector Extranjero/Internacional/Otros / European Bioinformatics Institute / EMBL-EBI , Inglaterra
        40 horas
        Palabras Clave: Curation Metadata Metagenomics
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ciencias Biológicas / Bioinformática

      • Next Generation Sequence Data Analysis (11/2011 - 11/2011)

        Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Facultad de Ciencias , Uruguay
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática

      • Análisis de datos de secuenciación masiva para el estudio de comunidades microbianas (01/2011 - 01/2011)

        Sector Organizaciones Privadas sin Fines de Lucro/Sociedades Científico-Tecnológicas / Institut Pasteur de Montevideo / Institut Pasteur de Montevideo , Uruguay
        Palabras Clave: Bioinformática Secuenciación Masiva
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / ecología y evolución

      • Ecología microbiana de ambientes acuáticos (01/2010 - 01/2010)

        Sector Extranjero/Internacional/Otros / Facultad de Ciencias Exactas y Naturales Universidad de Buenos Aires , Argentina
        Palabras Clave: Ecología de Microorganismos
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Microbiana

      • Escuela de Latino Americana de Evolución (09/2009 - 09/2009)

        Sector Educación Superior/Público / Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas / Área Biología (PEDECIBA) , Uruguay
        40 horas
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Ecología y Evolución Molecular

      • Workshop on Comparative Microbial Genomics and Taxonomy (08/2009 - 08/2009)

        Sector Extranjero/Internacional/Otros / Laboratório Nacional de Computação Científica / Laboratorio Nacional de Computación Científica , Brasil
        40 horas
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática

    • Participación en eventos

      • Introduction to software containerization in bioinformatics (2023)

        Tipo: Seminario
        Institución organizadora: The Regional Student Group (RSG) Italy is the local Italian group of the International Society for Computational Biology (ISCB) Student Council (SC)., Italia
        Palabras Clave: Desarrollo de software bioinformático Contenerización Singularity
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática

      • Taller virtual de la Red Colaborativa en Ecología Microbiana Acuática de América Latina (MicroSudAqua) (2021)

        Tipo: Encuentro
        Institución organizadora: Red Colaborativa en Ecología Microbiana Acuática de América Latina (MicroSudAqua), Uruguay
        Palabras Clave: Metagenómica Ecología Microbiana Bases de Datos
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Microbiana
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bases de Datos

      • 1 st DNAQUA International Conference (virtual) (2021)

        Tipo: Congreso
        Institución organizadora: DNAqua-Net (https://dnaqua.net), Alemania
        Palabras Clave: Ecología microbiana Genómica ambiental Bioinformática Monitoreo ambiental
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología microbiana
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática y genómica ambiental

      • X Conferencia Internacional de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SoIBio) (2019)

        Tipo: Congreso
        Institución organizadora: Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SoIBio), Uruguay
        Palabras Clave: Iberoamérica Genómica Bioinformática
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática

      • II Taller de la Red Colaborativa en Ecología Microbiana Acuática de América Latina (MicroSudAqua) (2019)

        Tipo: Congreso
        Institución organizadora: Red Colaborativa en Ecología Microbiana Acuática de América Latina (MicroSudAqua), Argentina
        Palabras Clave: Ecología Microorganismos Ecosistemas Acuáticos
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Microbiana

      • Ramon Margalef Summer Colloquia (2016)

        Tipo: Simposio
        Institución organizadora: Instituto de Ciencias Marinas (ICM), España
        Palabras Clave: Marine Microbial Ecology
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Marine Microbial Ecology

      • 41st CIESM Congress (2016)

        Tipo: Congreso
        Institución organizadora: CIESM - The Mediterranean Science Commission, Alemania
        Palabras Clave: Marine Science Mediterranean Sea
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Marine Science

      • ENA/EMG Sample Record Annotation Workshop (2014)

        Tipo: Taller
        Institución organizadora: European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Gran Bretaña
        Palabras Clave: Metadata curation Metagenomics Genomics
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Genomics and Metagenomics

      • Pasantía de 2 meses en el Laboratorio de James Lake del departameto de Biología Molecular, Celular y del Desarrollo, de la Uiversida de los Angeles, Clifornia. (2012)

        Tipo: Otro
        Institución organizadora: NASA Planetary Biology Internship 2012, Marine Biological Laboratory, Estados Unidos
        Palabras Clave: Evolutionary Parsimony Invariants
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Ecología y Evolución

      • Mathematical and Computational Approaches in High-Throughput Genomics (2011)

        Tipo: Encuentro
        Institución organizadora: Institute for Pure and Applied Mathematics (IPAM), University of California, Los Angeles (UCLA), Estados Unidos
        Palabras Clave: Genómica Evolución y Estadística Secuenciación Masiva Modelado estadístico
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Matemáticas / Estadística y Probabilidad / Análisis de datos secuenciacion masiva

      • Workshop on Comparative Microbial Genomics and Taxonomy (2009)

        Tipo: Taller
        Institución organizadora: National Laboratory for Scientific Computation (LNCC), Brasil
        Palabras Clave: Bioinformatica Genómica y Metagenómica
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática

Idiomas

• Inglés

  Entiende muy bien / Habla muy bien / Lee muy bien / Escribe muy bien

• Portugués

  Entiende bien / Habla regular / Lee bien / Escribe regular

• Alemán

  Entiende regular / Habla regular / Lee regular / Escribe regular

Areas de actuación

• Ciencias Naturales y Exactas

  Ciencias Biológicas /Biología Celular, Microbiología /Ecología microbiana

• Ciencias Naturales y Exactas

  Ciencias de la Computación e Información /Ciencias de la Información y Bioinformática /Bioinformática y genómica ambiental

• Ciencias Naturales y Exactas

  Ciencias de la Computación e Información /Ciencias de la Información y Bioinformática /Desarrollo de herramientas bioinformáticas para la minería de genes biosintéticos en datos metagenóm

Actuación profesional

• Sector Educación Superior/Público - Universidad de la República - Uruguay

  Centro Universitario Regional del Este / Sede Rocha

  • Vínculos con la Institución

    • Funcionario/Empleado (09/2023 - a la fecha)Trabajo relevante

      Profesor Adjunto 40 horas semanales
      Escalafón: Docente
      Grado: Grado 3
      Cargo: Efectivo

    • Colaborador (02/2023 - 09/2023)Trabajo relevante

      Profesor Adjunto 40 horas semanales
      Escalafón: Docente
      Grado: Grado 3
      Cargo: Interino

    • Otro (03/2021 - 03/2023)

      30 horas semanales
      Proyecto CSIC I+D convocatoria 2020 titulado "Hacia el desarrollo de una plataforma para el análisis de datos metagenómicos: integrando bioinformática y ecología microbiana funcional".

    • Colaborador (10/2022 - 01/2023)

      Profesor adjunto 30 horas semanales
      Escalafón: Docente
      Grado: Grado 3
      Cargo: Interino

    • Colaborador (04/2022 - 07/2022)

      Profesor adjunto 30 horas semanales
      Escalafón: Docente
      Grado: Grado 3
      Cargo: Interino

    • Becario (12/2019 - 12/2021)Trabajo relevante

      Grado 3, 12 horas semanales 30 horas semanales
      Mi vínculo con el Centro Universitario Regional Este, es en el marco de un posdoctorado con beca de la ANII con una dedicación de 30 horas semanales, y como contrapartida, un cargo docente G3, 12 horas semanales.
      Escalafón: Docente
      Grado: Grado 3
      Cargo: Interino

  • Actividades

    • Líneas de investigación

      • Aplicaciones bioinformáticas en genómica ambiental (10/2022 - a la fecha )

        Desarrollo de herramientas bioinformáticas y análisis de datos de genómica ambiental (ej., datos metagenómicos y de amplicones de genes marcadores filogenéticos), aplicados en el estudio de la ecología de microorganismos.
        Mixta
        30 horas semanales
        Centro Universitario Regional Este, Departamento Interdisciplinario de Sistemas Costeros y Marinos , Coordinador o Responsable
        Equipo: Pereira Flores, Emiliano , CECILIA ALONSO , GRIFFERO, L
        Palabras clave: Ecología microbiana Bioinformática Genómica ambiental
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología microbiana
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática y genómica ambiental

      • Aplicaciones bioinformáticas en genómica ambiental (04/2022 - 07/2022 )

        Desarrollo de herramientas bioinformáticas y análisis de datos de genómica ambiental (ej., datos metagenómicos y de amplicones de genes marcadores filogenéticos), aplicados en el estudio de la ecología de microorganismos.
        Mixta
        30 horas semanales
        Centro Universitario Regional Este, Departamento Interdisciplinario de Sistemas Costeros y Marinos , Coordinador o Responsable
        Equipo: Pereira Flores, Emiliano , CECILIA ALONSO , GRIFFERO, L
        Palabras clave: Bioinformática Genómica ambiental Ecología microbiana
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología microbiana
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática y genómica ambiental

      • Aplicaciones bioinformáticas en genómica ambiental (12/2019 - 12/2021 )

        Desarrollo de herramientas bioinformáticas y análisis de datos de genómica ambiental (ej., datos metagenómicos y de amplicones de genes marcadores filogenéticos), aplicados en el estudio de la ecología de microorganismos.
        Fundamental
        30 horas semanales
        Centro Universitario Regional Este, Departamento Interdisciplinario de Sistemas Costeros y Marinos , Integrante del equipo
        Equipo: Pereira Flores, Emiliano , CECILIA ALONSO , GRIFFERO, L
        Palabras clave: Genómica Ambiental Ecología Microbiana Bioinformática
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ecología / Ecología Microbiana
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica Ambiental

    • Proyectos de investigación y desarrollo

      • Searching for our microbial ancestors (07/2025 - a la fecha)

        Proyecto financiado por el Schmidt Ocean Institute
        4 horas semanales
        Integrante del Equipo
        En Marcha
        RRHH formados en el proyecto:
        Pregrado:3
        Financiación:
        Schmidt Ocean Institute, Estados Unidos, Apoyo financiero
        Equipo: Pereira Flores, Emiliano , CECILIA ALONSO , GRIFFERO, L , Zanetti, J. , Gonzalez CD , Martina Hagenlocher , Francisco Larriera , de los Santos, María Cecilia. , GONZÁLEZ TECHERA A

      • Desarrollo y aplicación de herramientas moleculares, biotecnológicas y bioinformáticas para el estudio de la ecología de microorganismos marinos (10/2023 - a la fecha)

        Programa financiado por CSIC Grupos I+D
        20 horas semanales
        Integrante del Equipo
        En Marcha
        RRHH formados en el proyecto:
        Pregrado:4
        Maestría/Magister:1
        Doctorado:1
        Financiación:
        Comisión Sectorial de Investigación Científica, Uruguay, Apoyo financiero
        Equipo: Pereira Flores, Emiliano , CECILIA ALONSO , GRIFFERO, L , Zanetti, J. , Mateus-Barros, E , Gonzalez CD , Martina Hagenlocher , de los Santos, María Cecilia. , Francisco Larriera , GONZÁLEZ TECHERA A
        Palabras clave: Ecología Microbiana Monitoreo ambiental Genómica ambiental Bioinformática
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología microbiana
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica ambiental

      • Sucesiones recurrentes de bacterioplancton en mares costeros: una oportunidad para evaluar modelos predictivos de procesos ecosistémicos basados en taxonomía vs. rasgos funcionales (10/2022 - a la fecha)

        Los objetivos de este proyecto son: 1) Evaluar si las sucesiones recurrentes del bacterioplancton a nivel taxonómico y funcional asociadas a floraciones de algas observadas en la bahía alemana también están ocurriendo de forma similar en la costa atlántica uruguaya; 2) Develar los mecanismos detrás de estos patrones de sucesión; 3) Comparar modelos estadísticos basados en taxonomía vs. rasgos funcionales de acuerdo a su capacidad predictiva de funciones ecosistemas (ej., patrones de degradación de materia orgánica disuelta y cambios en el balance metabólico del ecosistema).
        40 horas semanales
        Centro Universitario Regional Este , Departamento Interdisciplinario de Sistemas Costeros y Marinos
        Investigación
        Integrante del Equipo
        En Marcha
        RRHH formados en el proyecto:
        Maestría/Magister:1
        Doctorado:1
        Financiación:
        Max Planck Institut für marine Mikrobiologie, Alemania, Cooperación
        Agencia Nacional de Investigación e Innovación, Uruguay, Cooperación
        Equipo: CECILIA ALONSO , Calliari, D. , CAROLINA CRISCI , MEERHOFF M. , RODRÍGUEZ-GALLEGO L , GRIFFERO, L , GONZALEZ,B , Pereira Flores, Emiliano
        Palabras clave: Ecología microbiana marina Ciclo del carbono Genómica ambiental
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología microbiana

      • Desarrollo y Aplicación de Herramientas Moleculares, Biotecnológicas y Bioinformáticas para el estudio de la Ecología de Microorganismos Marinos" (03/2024 - a la fecha)

        Integrante el proyecto de Grupos CSIC I+D llamado 2022
        24 horas semanales
        Centro Universitario Regional Este, Rocha , Departamento Interdisciplinario de Sistemas Costeros y Marinos
        Investigación
        Integrante del Equipo
        En Marcha
        RRHH formados en el proyecto:
        Maestría/Magister:2
        Financiación:
        Comisión Sectorial de Investigación Científica, Uruguay, Apoyo financiero
        Equipo: Pereira Flores, Emiliano , CECILIA ALONSO (Responsable) , GONZÁLEZ TECHERA A , GRIFFERO, L , ZANETTI, J.
        Palabras clave: Bioinformática Genómica ambiental Ecología molecular Desarrollo de herramientas Monitoreo ambiental
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Molecular

      • Desarrollo de herramientas bioinformáticas en ecología microbiana: estimando la distribución de rasgos funcionales en datos metagenómicos (09/2023 - 08/2024 )

        Responsable del proyecto financiado por el programa Despegue Científico del PEDECIBA llamado 2023
        20 horas semanales
        Centro Universitario Regional Este, Rocha , Departamento Interdisciplinario de Sistemas Costeros y Marinos
        Investigación
        Coordinador o Responsable
        Concluido
        Financiación:
        Área Biología (PEDECIBA), Uruguay, Apoyo financiero
        Equipo: Pereira Flores, Emiliano
        Palabras clave: Metagenómica; Rasgos funcionales; Ecología Microbiana

      • Sucesiones recurrentes de bacterioplancton en mares costeros: una oportunidad para evaluar modelos predictivos de procesos ecosistémicos basados en taxonomía vs. rasgos funcionales (04/2022 - 07/2022 )

        Los objetivos de este proyecto son: 1) Evaluar si las sucesiones recurrentes del bacterioplancton a nivel taxonómico y funcional asociadas a floraciones de algas observadas en la bahía alemana también están ocurriendo de forma similar en la costa atlántica uruguaya; 2) Develar los mecanismos detrás de tales patrones de sucesión; 3) Comparar modelos estadísticos basados en taxonomía vs. rasgos funcionales de acuerdo a su capacidad predictiva de funciones ecosistemas (ej., patrones de degradación de materia orgánica disuelta y cambios en el balance metabólico del ecosistema).
        40 horas semanales
        Centro Universitario Regional Este , Departamento Interdisciplinario de Sistemas Costeros y Marinos
        Investigación
        Integrante del Equipo
        En Marcha
        RRHH formados en el proyecto:
        Maestría/Magister:1
        Doctorado:1
        Financiación:
        Max Planck Institut für marine Mikrobiologie, Alemania, Cooperación
        Agencia Nacional de Investigación e Innovación, Uruguay, Cooperación
        Equipo: CECILIA ALONSO , Calliari, D. , CAROLINA CRISCI , MEERHOFF M. , GRIFFERO, L , RODRÍGUEZ-GALLEGO L , GONZALEZ,B , Pereira Flores, Emiliano
        Palabras clave: Ecología microbiana marina Ciclo del carbono Genómica ambiental
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología microbiana marina

      • Hacia el desarrollo de una plataforma para el análisis de datos metagenómicos: integrando bioinformática y ecología microbiana funcional (01/2021 - 12/2021 )

        Responsable del proyecto I+D financiado por CSIC (convocatoria 2020)
        24 horas semanales
        Centro Universitario Regional Este, Rocha , Departamento Interdisciplinario de Sistemas Costeros y Marinos
        Investigación
        Coordinador o Responsable
        Concluido
        RRHH formados en el proyecto:
        Maestría/Magister:1
        Financiación:
        Comisión Sectorial de Investigación Científica, Uruguay, Apoyo financiero
        Equipo: Pereira Flores, Emiliano , CECILIA ALONSO , GRIFFERO, L , Illarze, M. , Verónica Pinelli , María Belén González
        Palabras clave: Metagenómica; Ecología Microbaiana; Rasgos Funcionales
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática y genómica ambiental

    • Docencia

      • Curso de Educación Permanente (04/2026 - 04/2026 )

        Perfeccionamiento
        Invitado
        Asignaturas:
        Software R: Primeros pasos y resolución de problemas, 1 horas, Teórico

      • Doctor en Ciencias Biologicas (PEDECIBA) (10/2025 - 10/2025 )

        Doctorado
        Invitado
        Asignaturas:
        Hacia una nueva era en la evaluación de la biodiversidad y la búsqueda de indicadores de calidad ambiental en sistemas costeros y marinos, 1 horas, Teórico
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Mircobiana
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica Ambiental

      • PEDECIBA Biología (09/2024 - 09/2024 )

        Maestría
        Invitado
        Asignaturas:
        Herramientas Básicas de Genómica y Bioinformática, 40 horas, Teórico-Práctico
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica y Bioinformática

      • Licenciatura de Gestión Ambiental (03/2024 - 07/2024 )

        Grado
        Asistente
        Asignaturas:
        Microbiología Ambiental, 50 horas, Teórico-Práctico
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ecología / Microbiología Ambiental

      • PEDECIBA Biología (11/2023 - 12/2023 )

        Maestría
        Invitado
        Asignaturas:
        Comunidades microbianas como indicadoras de calidad ambiental. Uso de herramientas moleculares para la evaluación de indicadores, 40 horas, Teórico-Práctico
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ecología / Ecología Microbiana y genómica ambiental

      • PEDECIBA Biología (12/2023 - 12/2023 )

        Maestría
        Responsable
        Asignaturas:
        Bioinformática aplicada al análisis de datos de metabarcoding de ADN ambiental, 40 horas, Teórico-Práctico
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica ambiental

      • Lic. en Gestión Ambiental (04/2022 - 07/2022 )

        Grado
        Asistente
        Asignaturas:
        Microbiología Ambiental, 64 horas, Teórico-Práctico
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Microbiología Ambiental

    • Extensión

      • Charla de divulgación titulada "Microorganismos: muchos seres chiquititos dominando el mundo", realizada en las Escuelas número 19 de Rivera y Escuela número 26 de Maldonado el 22 y 24 de Julio del 2024, respectivamente, en el marco del programa Semana de la Ciencia y Tecnología del MEC. (07/2024 - 07/2024 )

        ANEP 4 horas
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ecología / Ecología Microbiana

      • Participación en el puesto de divulgación titulado "Microorganismos de colores" realizado en el marco del CURE puertas abiertas , difusión de la ciencia y educación. (05/2024 - 05/2024 )

        Centro Universitario Regional Este, Rocha, Departamento Interdisciplinario de Sistemas Costeros y Marinos
        2 horas
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Molecular

      • Tutoría dentro del programa Ciencias Joven de PEDECIBA. Esta tutoría está siendo llevada a cabo junto con otros miembros de mi equipo de trabajo, y tiene como pasantes a cinco estudiantes del Profesorado de Ciencias Biológicas. (05/2023 - 07/2023 )

        Centro Universitario Regional Este, Rocha 2 horas
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ecología / Ecología Microbiana

      • Motivador y evaluador en ferias departamentales de Clubes de Ciencia del Ministerio de Educación y Cultura (MEC) y la Administración Nacional de Educación Pública (ANEP) (07/2022 - 07/2022 )

        ANEP 1 horas
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución /

      • Motivador y evaluador en ferias departamentales de Clubes de Ciencia del Ministerio de Educación y Cultura (MEC) y la Administración Nacional de Educación Pública (ANEP) (08/2021 - 09/2021 )

        ANEP 1 horas
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución /

      • Impartición de charlas de divulgación en el marco de ferias departamentales de Clubes de Ciencia del MEC y ANEP. (08/2021 - 08/2021 )

        ANEP 2 horas
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ecología / Ecología Microbiana

    • Gestión Académica

      • Miembro de la comisión electoral para realizar las elecciones de director y delegados docentes del Departamento Interdisciplinario de Sistemas Costeros y Marinos. (08/2024 - 08/2024 )

        Centro Universitario Regional Este, Rocha, l Departamento Interdisciplinario de Sistemas Costeros y Marinos.
        Participación en consejos y comisiones 2 horas semanales
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Tierra y relacionadas con el Medio Ambiente / Oceanografía, Hidrología, Recursos Acuáticos /

• Sector Extranjero/Internacional/Otros - Alemania

  Max Planck Institute for Marine Microbiology / Microbial Genomics and Bioinformatics

  • Vínculos con la Institución

    • Becario (04/2014 - 09/2019)

      30 horas semanales

• Sector Extranjero/Internacional/Otros - Alemania

  Jacobs University gGmbH

  • Vínculos con la Institución

    • Becario (04/2014 - 09/2019)

      Estudiante de doctorado 40 horas semanales

• Sector Educación Superior/Público - Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas - Uruguay

  Área Biología (PEDECIBA) / Maestría en Bioinformática

  • Vínculos con la Institución

    • Colaborador (03/2014 - 06/2014)

      Asistente en el curso de Genética y Evolución de la Maestría en Bioinformática 20 horas semanales

  • Actividades

    • Docencia

      • Maestría en Bioinformática (03/2014 - 06/2014 )

        Maestría
        Asistente
        Asignaturas:
        Genética y Evolución, 40 horas, Teórico-Práctico

• Sector Educación Superior/Público - Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas - Uruguay

  Área Biología (PEDECIBA) / Maestría en Bioinformática

  • Vínculos con la Institución

    • Colaborador (05/2013 - 08/2013)

      Asistente en el curso de Genética y Evolución de la Maestría en Bioinformática 20 horas semanales

  • Actividades

    • Docencia

      • Maestría en Bioinformática (06/2013 - 08/2013 )

        Maestría
        Asistente
        Asignaturas:
        Genética y Evolución, 40 horas, Teórico-Práctico

• Sector Educación Superior/Público - Universidad de la República - Uruguay

  Facultad de Ciencias

  • Vínculos con la Institución

    • Becario (03/2011 - 01/2013)

      30 horas semanales
      Escalafón: No Docente

    • Becario (03/2009 - 03/2010)

      30 horas semanales
      Este trabajo consistió en un proyecto de becas de iniciación financiado por ANII llamado: ¨Análisis de datos de metagenómica: diversidad y evolución de microorganismos en gradientes ambientales.¨
      Escalafón: No Docente

    • Funcionario/Empleado (11/2008 - 03/2009)

      Ayudante del Lab Org y Evol del Genoma 20 horas semanales
      Cargo del proyecto Busqueda de nuevos aminoacidos traduccionales a traves del analisis evolutivo de la maquinaria traduccional
      Escalafón: Docente
      Grado: Grado 1
      Cargo: Interino

• Sector Educación Superior/Público - Universidad de la República - Uruguay

  Facultad de Ciencias / Laboratorio de Organización y Evolución del Genoma

  • Vínculos con la Institución

    • Colaborador (05/2011 - 09/2011)

      Asistente de investigación 20 horas semanales
      Asistente de investigación en el Laboratorio de Organización y Evolución del Genoma, Facultad de Ciencias, UdelaR, en el proyecto titulado: "Uso de codones en procariontes: hacia la detección de tripletes ancestrales traduccionalmente óptimos".

Carga horaria

• Carga horaria de docencia: 8 horas
  
• Carga horaria de investigación: 30 horas
  
• Carga horaria de formación RRHH: 10 horas
  
• Carga horaria de extensión: 2 horas
  
• Carga horaria de gestión: 2 horas
  

Producción científica/tecnológica

• Los microorganismos contienen una enorme diversidad taxonómica y metabólica, y son esenciales en el funcionamiento de los ecosistemas, y el mantenimiento de la vida de plantas y animales en la tierra. Comprender su biología es sumamente importante para la salud humana, el medio ambiente, la agricultura y la industria. Tradicionalmente, nuestra capacidad para estudiar a estos organismos ha estado limitada en gran medida debido al hecho que muy pocas especies pueden ser aisladas y cultivadas en el laboratorio. Sin embargo, el desarrollo de las nuevas tecnologías de secuenciación de la última década han aliviado enormemente esta limitante, revolucionando nuestra capacidad para acceder al mundo microbiano mediante la aplicación de técnicas independientes de cultivo. En particular, las nuevas tecnologías de secuenciación, han escalado de forma notable el alcance de los estudios en genómica ambiental, permitiendo la generación de grandes volúmenes de datos metagenómicos y de amplicones de genes marcadores filogenéticos. De esta forma, la genómica ambiental se ha posicionado como un área de investigación clave para avanzar en el estudio de los microorganismos.
  Mi trabajo está centrado en la aplicación y desarrollo de herramientas bioinformáticas para el análisis de datos de genómica ambiental, con el objetivo de mejorar nuestra capacidad para explotar los grandes volúmenes de datos generados por las nuevas tecnologías de secuenciación. A pesar de que mi investigación tiene como principal objetivo el estudio de la ecología de microorganismos, los productos generados, ya sean estrategias de análisis o herramientas desarrolladas, tienen múltiples aplicaciones en estudios biomédicos y biotecnológicos. A modo de ejemplo, destaco dos desarrollos bioinformáticos. El primero de estos, son las herramientas AGS-ACN (https://github.com/pereiramemo/AGS-and-ACN-tools), las cuales están dedicadas al cómputo del tamaño promedio del genoma y el número de copias promedio de genes 16S del ARNr; dos rasgos funcionales clave para caracterizar las estrategias ecológicas adoptadas por microorganismos. El segundo ejemplo, es la herramienta BiG-MEx (https://github.com/pereiramemo/BiG-MEx), la cual está dedicada a la exploración de clusters de genes biosintéticos en datos metagenómicos. Esta herramienta, no sólo tiene la finalidad de estudiar las implicancias ecológicas de tales genes, sino también contribuir al desarrollo de aplicaciones biotecnológicas.
  En un sentido más general, mi trabajo tiene la finalidad de contribuir en el desarrollo de la bioinformática y la genómica ambiental en el país, con la convicción de que este campo ofrecerá oportunidades cruciales para abordar los desafíos del futuro.
  
  

Producción bibliográfica

• Artículos publicados

  • Arbitrados

    • Marine Bacterioplankton Composition Predicts Oxygen Consumption During Dissolved Organic Matter Degradation Experiments (Completo, 2025)

      CECILIA ALONSO , ZANETTI, J. , GRIFFERO, L , Pereira Flores, Emiliano , Belén González , LESCANO C , Andrés Pérez-Parada, , Carolina Crisci , Rudolf Amann
      Environmental Microbiology, v.: 27 11 e7019, 2025
      Palabras clave: Coastal ecosystems Dissolved organic matter Microbial indicators Microbial-­driven processes Statistical modelling
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología microbiana
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Tierra y relacionadas con el Medio Ambiente / Ciencias Medioambientales / Monitoreo ambiental
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica ambiental
      Medio de divulgación: Internet
      Escrito por invitación
      ISSN: 14622912
      E-ISSN: 14622920
      https://enviromicro-journals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1462-2920.70197?af=R
      
      

    • Microbial communities indicate fine differences in pollution levels by emerging contaminants (Completo, 2024)

      Pereira Flores, Emiliano , GRIFFERO, L , LESCANO C , Lorena Rodríguez-Gallego , Andrés Pérez-Parada , CECILIA ALONSO
      Ecological Indicators, v.: 169 11287, 2024
      Palabras clave: Emerging contaminants Aquatic Quality Index 16S rRNA amplicons Coastal lagoons Environmental management
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Microbiana
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Tierra y relacionadas con el Medio Ambiente / Ciencias Medioambientales / Monitoreo Ambiental
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica Ambiental
      Medio de divulgación: Internet
      Escrito por invitación
      ISSN: 1470160X
      E-ISSN: 18727034
      DOI: https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2024.112875
      https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1470160X24013323
      
      

    • A Latin American network of microbial observatories for monitoring aquatic ecosystems (Completo, 2024)

      Paulina Fermani , Nicolás Martyniuk , Martín Saraceno , Marina Gerea , Carmen Sabio y García , María R. Schiaffino , María L. Sánchez , Sharon Allen Dohle , CECILIA ALONSO , Maité A. Barrena , Marcela Bastidas Navarro , María C. Bernal , Giuliana M. Burgueño Sandoval , Nicolás ´Cetra , Michaela L. De Melo , Patricia E. García , Bárbara M. Gómez , Sebastián Gómez Lugo , Eddy Gómez-Ramírez , GRIFFERO, L , Leandro A. Hünicken , Leonardo Lagomarsino , Mariana Lozada , Carolina Mansilla Ferro , Beatriz Modenutti , Erick Mateus-Barros , Damián A. Ojeda , María L. Padulles , Pereira Flores, Emiliano , Sol Porcel , María V. Quiroga , Juan F. Saad , María C. Salas , Janet Santucho , María E. Segade , Carolina Soto Cárdenas , Ana Torremorell , Fernando Unrein , María S. Zabala , Juan Zanetti , Martín Graziano
      Ecología austral, v.: 34 3 , p.:422 - 643, 2024
      Palabras clave: Ecosistemas acuáticos Bio-monitoreo Microorganismos Consorcio de investigación
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología microbiana
      Medio de divulgación: Internet
      Escrito por invitación
      ISSN: 1667782X
      E-ISSN: 03275477
      DOI: https://doi.org/10.25260/EA.24.34.3.0.2436
      https://ojs.ecologiaaustral.com.ar/index.php/Ecologia_Austral/article/view/2436
      
      

    • A georeferenced rRNA amplicon database of aquatic microbiomes from South America (Completo, 2022)

      Sebastian Metz , Paula Huber , Erick Mateus-Barros , Pedro C Junger , Michaela de Melo , Inessa Lacativa Bagatini , Irina Izaguirre , Mariana Câmara dos Reis , Maria Eugenia Liames , Victoria Accatattis , María Victoria Quiroga , Melina Devercelli , María Romina Schiaffino , Juan Pablo Niño-García , Marcela Bastidas Navarro , Beatriz E Modenutti , Helena Vieira , Martin Saraceno , Carmen Sabio y García , Pereira Flores, Emiliano , Alvaro González-Revello , Claudia Piccini , Fernando Unrein , Cecilia Alonso , Hugo Sarmento
      Scientific Data, v.: 9 565 , 2022
      Palabras clave: georeferenced rRNA amplicon database South America Aquatic environments
      Medio de divulgación: Internet
      Lugar de publicación: https://www.nature.com/
      E-ISSN: 20524463
      DOI: 10.1038/s41597-022-01665-z
      https://www.nature.com/articles/s41597-022-01665-z
      
      

    • Towards bacterioplankton composition as indicator of environmental status: proof of principle using indicator value analysis of estuarine communities (Completo, 2021)Trabajo relevante

      CECILIA ALONSO , Pereira Flores, Emiliano , BERTOGLIO, F. , Miquel De Cáceres, , Rudolf Amann
      Aquatic Microbial Ecology, 2021
      Palabras clave: IndVal Machine learning Río de la Plata Environmental management
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Microbiana
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica Ambiental
      Medio de divulgación: Internet
      ISSN: 09483055
      E-ISSN: 16161564
      DOI: https://doi.org/10.3354/ame01979
      https://www.int-res.com/prepress/a01979.html
      
      

    • Emergence and Spread of a B.1.1.28-Derived P.6 Lineage with Q675H and Q677H Spike Mutations in Uruguay (Completo, 2021)

      REGO N. , Salazar, Cecilia , Paz, Mercedes , COSTÁBILE, A , FAJARDO A. , FERRÉS I. , PERBOLIANACHIS, P , FERNÁNDEZ-CALERO T , VNOYA , Machado, Matias R , Brandes, Mariana , Rodrigo Arce , ARLEO M. , Possi, Tania , N.Reyes , Bentancor, María N , LIZASOAIN, A. , Bortagaray V , Moller, Ana , Chappos, Odhille , NIN N , Hurtado, Javier , Duquía, Melissa , González, Maria B , GRIFFERO, L , Méndez, Mauricio , Techera, Maria P. , Zanetti, Juan , Pereira Flores, Emiliano , Rivera, Bernardina , Matías Maidana , Alonso, Martina , SMIRCICH, P. , Arantes, Ighor , MIR D , Alonso, Cecilia , Medina, Julio , Albornoz, Henry , Colina, Rodney , Bello, Gonzalo , Moreno, Pilar , No , IRAOLA G. , Spangenberg, Lucía
      Viruses, v.: 13 9 1801, 2021
      Palabras clave: SARS-CoV-2 B.1.1.28 Spike Q675H Q677H Uruguay phylogeography phylogenetics
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Bioinformática
      Medio de divulgación: Internet
      Escrito por invitación
      E-ISSN: 19994915
      DOI: 10.3390/v13091801
      https://www.mdpi.com/1999-4915/13/9/1801
      
      

    • Fast and accurate average genome size and 16S rRNA gene average copy number computation in metagenomic data (Completo, 2019)Trabajo relevante

      PEREIRA EMILIANO , Fernández-Guerra, Antonio , Glöckner, Frank Oliver
      BMC Bioinformatics, v.: 20 1 , p.:1 - 13, 2019
      Palabras clave: Microbial ecology Metagenomics Functional traits Average genome size 16S rRNA gene average copy number
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ecología / Bioinformática
      Medio de divulgación: Internet
      Lugar de publicación: https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/
      E-ISSN: 14712105
      DOI: 10.1186/s12859-019-3031-y
      https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-019-3031-y
      
      

    • The North Sea goes viral: Occurrence and distribution of North Sea bacteriophages (Completo, 2018)Trabajo relevante

      Alexa Garin-Fernandez , PEREIRA EMILIANO , Frank Oliver Glöckner , Antje Wichels
      Marine Genomics, v.: 41 p.:31 - 41, 2018
      Palabras clave: Metagenome Virome Marine phages Virioplankton
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Bioinformática
      Medio de divulgación: Internet
      Lugar de publicación: Marine Genomics
      Escrito por invitación
      ISSN: 18747787
      DOI: 10.1016/j.margen.2018.05.004
      https://www.journals.elsevier.com/marine-genomics
      
      

    • Overview of the interactive task in BioCreative V (Completo, 2016)

      Qinghua Wang , Shabbir S. Abdul , Lara Almeida , Sophia Ananiadou , Yalbi I. Balderas-Martinez , Riza Batista-Navarro , David Campos , Lucy Chilton , Hui-Jou Chou , Gabriela Contreras , Laurel Cooper , Hong-Jie Dai , Barbra Ferrell , Juliane Fluck , Socorro Gama-Castro , Nancy George , Georgios Gkoutos , Afroza K. Irin , Lars J. Jensen , Silvia Jimenez , Toni R. Jue , Ingrid Keseler , Sumit Madan , Sergio Matos , Peter McQuilton , Marija Milacic , Matthew Mort , Jeyakumar Natarajan , Evangelos Pafilis , PEREIRA EMILIANO , Shruti Rao , Fabio Rinaldi , Karen Rothfels , David Salgado , Raquel M. Silva , Onkar Singh , Raymund Stefancsik , Chu-Hsien Su , Suresh Subramani , Hamsa D. Tadepally , Loukia Tsaprouni , Nicole Vasilevsky , Xiaodong Wang , Andrew Chatr-Aryamontri , Stanley J. F. Laulederkind , Sherri Matis-Mitchell , Johanna McEntyre , Sandra Orchard , Sangya Pundir , Raul Rodriguez-Esteban , Kimberly Van Auken , Zhiyong Lu , Mary Schaeffer , Cathy H. Wu , Lynette Hirschman , Cecilia N. Arighi
      Database (Estados Unidos), p.:1 - 18, 2016
      Escrito por invitación
      E-ISSN: 01624105
      DOI: 10.1093/database/baw119
      2016
      
      

    • Value, but high costs in post-deposition data curation (Completo, 2016)

      PETRA TEN HOOPEN , CLARA AMID , PIER LUIGI BUTTIGIEG , EVANGELOS PAFILIS , PANOS BRAVAKOS , ANA M. CERDEñO-TARRAGA , RICHARD GIBSON , TIM KAHLKE , AGLAIA LEGAKI , KADA NARAYANA MURTHY , GABRIELLA PAPASTEFANOU , PEREIRA EMILIANO , MARC ROSSELLO , ANA LUISA TORIBIO , GUY COCHRANE
      Database (Estados Unidos), v.: 2016 2016
      Palabras clave: Metadata curation Metagenomics Genomics
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución /
      Medio de divulgación: Internet
      Lugar de publicación: Database
      Escrito por invitación
      E-ISSN: 01624105
      DOI: 10.1093/database/bav126
      https://academic.oup.com/database
      
      

    • EXTRACT: interactive extraction of environment metadata and term suggestion for metagenomic sample annotation (Completo, 2016)Trabajo relevante

      EVANGELOS PAFILIS , PIER LUIGI BUTTIGIEG , BARBRA FERRELL , PEREIRA EMILIANO , JULIA SCHNETZER , CHRISTOS ARVANITIDIS , LARS JUHL JENSEN
      Database (Estados Unidos), v.: 2016 2016
      Palabras clave: Metadata curation Metagenomics Text mining
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución /
      Medio de divulgación: Internet
      Lugar de publicación: Database
      Escrito por invitación
      E-ISSN: 01624105
      DOI: 10.1093/database/baw005
      https://academic.oup.com/database
      
      

    • Oxygen and Guanine-Cytosine Profiles in Marine Environments. (Completo, 2009)Trabajo relevante

      HECTOR ROMERO , PEREIRA EMILIANO , HUGO NAYA , HECTOR MUSTO
      Journal of Molecular Evolution, v.: 69 p.:203 - 206, 2009
      Palabras clave: Metagenomics GC profiles Microbial Ecology and Evolution
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / ecología y evolución
      Medio de divulgación: Papel
      ISSN: 00222844
      E-ISSN: 14321432
      DOI: 10.1007/s00239-009-9230-9
      http://www.springerlink.com/content/l0117t74m4908620/
      
      

  • No Arbitrados

    • Seasonal dynamics and thermal vulnerability of marine microbial communities in Uruguayan coastal waters (Completo, 2025)

      Pereira Flores, Emiliano , ZANETTI, J. , GRIFFERO, L , Ana Martínez , Rudolf Amann , CECILIA ALONSO
      
      bioRxiv, 2025
      Palabras clave: Seasonal dynamics Marine Microbial Ecology Thermal Vulnerability Global Warming
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Microbiana Marina
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica Ambiental
      Medio de divulgación: Internet
      Escrito por invitación
      E-ISSN: 26928205
      https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.06.19.660397v1

    • Identification of key bacteria for ecological dynamics in a coastal marine observatory (Completo, 2025)

      View ORCID ProfileErick Mateus-Barros , Pereira Flores, Emiliano , ZANETTI, J. , GRIFFERO, L , Rudolf Amann , CECILIA ALONSO
      
      bioRxiv, 2025
      Palabras clave: Marine bacterioplankton Temporal dynamics CAZimes Biological interactions Amplicon 16S rRNA
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Microbiana
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica Ambiental
      Medio de divulgación: Internet
      Escrito por invitación
      E-ISSN: 26928205
      https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.06.16.659933v2

    • Mining metagenomes for natural product biosynthetic gene clusters: unlocking new potential with ultrafasttechniques (Completo, 2021)

      Pereira Flores, Emiliano , Medema , Buttigieg , Meinicke , Glöckner , Fernández-Guerra
      
      BioRxiv, 2021
      Palabras clave: Metagenomics Biosynthetic Gene Clusters Bioprospecting
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Microbiana
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática aplicada a la Genómica Ambiental
      Medio de divulgación: Internet
      ISSN: CCBCCB
      DOI: 10.1101/2021.01.20.427441
      https://www.biorxiv.org/

    • Spatiotemporal dissemination pattern of SARS-CoV-2 B1.1.28-derived lineages introduced into Uruguay across its southeastern border with Brazil (Completo, 2021)

      REGO N. , FERNÁNDEZ-CALERO T , Arantes, Ighor , VNOYA , MIR D , Brandes, Mariana , Zanetti, Juan , ARLEO M. , Pereira Flores, Emiliano , Possi, Tania , Chappos, Odhille , BILBAO, L. , Reyes, Natalia , Duquía, Melissa , Victoria, Matías , Techera, Pía , BENITEZ-GALEANO, M J , GRIFFERO, L , Méndez, Mauricio , Belen Gonzalez , SMIRCICH, P. , Colina, Rodney , Alonso, Cecilia , Bello, Gonzalo , Spangenberg, Lucía
      
      medRxiv, 2021
      ISSN: CCBYNCND
      DOI: 10.1101/2021.07.05.21259760
      https://www.medrxiv.org/

Producción técnica

• Productos

  • Mg-Clust (2021)

    , Software
    Pereira Flores, Emiliano
    Mg-Clust is a command line application programmed in BASH and AWK, dedicated to the computation of Operational Protein Units (OPUs) in metagenomic data, based on the assembly and clustering of Open Reading Frame (ORF) amino acid sequences.
    País: Uruguay
    Disponibilidad: Irrestricta
    Institución financiadora: Comisión Sectorial de Investigación Científica (CSIC)
    Patente o Registro:
    
    Otros registros
    GNU General Public License v3.0, GNU General Public License v3.0
    Depósito: 01/03/2021; Examen: ; Concesión:
    Patente nacional: NO
    Palabras clave: Functional Traits Operational Protein Units Metagenomics
    Areas de conocimiento:
    Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática y genómica ambiental
    https://github.com/pereiramemo/MG-Clust

  • bgcpred (2019)

    , Software
    Pereira Flores, Emiliano
    bgcpred is an R package dedicated to the training, validation and application of Biosynthetic Gene Clusters abundance models.
    País: Alemania
    Disponibilidad: Irrestricta
    Institución financiadora: Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII)
    Patente o Registro:
    
    Otros registros
    GNU General Public License v3.0, GNU General Public License v3.0
    Depósito: 01/03/2019; Examen: ; Concesión:
    Patente nacional: NO
    Palabras clave: Biosynthetic Gene Clusters Metagenomic Mining Machine Learning
    Areas de conocimiento:
    Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática y genómica ambiental
    Medio de divulgación: Internet
    https://github.com/pereiramemo/bgcpred

  • BiG-MEx (2019)

    , Software
    Pereira Flores, Emiliano
    BiG-MEx: a tool for the mining of Biosynthetic Gene Cluster (BGC) domains and classes in metagenomic data.
    País: Alemania
    Disponibilidad: Irrestricta
    Institución financiadora: Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII)
    Patente o Registro:
    
    Otros registros
    GNU General Public License v3.0, GNU General Public License v3.0
    Depósito: 01/03/2018; Examen: ; Concesión:
    Patente nacional: NO
    Palabras clave: Biosynthetic Gene Clusters Metagenomic Mining Machine Learning
    Areas de conocimiento:
    Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática y genómica ambiental
    Medio de divulgación: Internet
    https://github.com/pereiramemo/BiG-MEx

  • AGS-and-ACN-tools (2019)

    , Software
    Pereira Flores, Emiliano
    Fast and accurate Average Genome Size and 16S rRNA gene Average Copy Number computation in metagenomic data. Here, we present the ags.sh and acn.sh tools dedicated to the computation of the Average Genome Size (AGS) and 16S rRNA gene Average Copy Number (
    País: Alemania
    Disponibilidad: Irrestricta
    Institución financiadora: Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII)
    Patente o Registro:
    
    Otros registros
    GNU General Public License v3.0, GNU General Public License v3.0
    Depósito: 01/09/2019; Examen: ; Concesión:
    Patente nacional: NO
    Palabras clave: Functional Traits Metagenomics Average Genome Size Average Copy Number of 16S rRNA Genes
    Areas de conocimiento:
    Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática y genómica ambiental
    Medio de divulgación: Internet
    https://github.com/pereiramemo/AGS-and-ACN-tools

  • Mg-Traits (2018)

    , Software
    Pereira Flores, Emiliano
    Mg-Traits is a command line application programmed in BASH, AWK, and R, dedicated to the computation of metagenomic traits, ranging from GC variance and amino acid composition to functional diversity and average genome size.
    País: Alemania
    Disponibilidad: Irrestricta
    Institución financiadora: Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII)
    Patente o Registro:
    
    Otros registros
    GNU General Public License v3.0, GNU General Public License v3.0
    Depósito: 01/03/2019; Examen: ; Concesión:
    Patente nacional: NO
    Palabras clave: Functional Traits Metagenomics
    Areas de conocimiento:
    Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Bioinformática y genómica ambiental
    Medio de divulgación: Internet
    https://github.com/pereiramemo/Mg-Traits

• Otras Producciones

  • Informes de investigación

    • Convenio entre el Ministerio de Vivienda, Ordenamiento Territorial y Medio Ambiente (DINAMA) y la Universidad de la República (Centro Universitario Regional Este) para la implementación de la evaluación metagenómica en el plan de monitoreo de lagunas costeras de Uruguay. (2020)

      CECILIA ALONSO , GRIFFERO, L , Pereira Flores, Emiliano , GONZALEZ,B
      
      País: Uruguay
      Idioma: Español
      Número de páginas: 97
      Disponibilidad: Restricta
      Institución Promotora/Financiadora: DINAMA - UdelaR
      

• Evaluaciones

  • Evaluación de Proyectos

    • Evaluación independiente de proyectos

      Evaluación Proyecto ANII ( 2024 )

      Uruguay
      Cantidad: Menos de 5
      
      

  • Evaluación de Publicaciones

    • Revisiones

      LLM-assessed relatedness of microbiome study descriptions aligns more strongly with functional than with taxonomic profile similarity ( 2025 )

      Tipo de publicación: Anales
      Cantidad: Menos de 5
      Revisión del trabajo titulado "LLM-assessed relatedness of microbiome study descriptions aligns more strongly with functional than with taxonomic profile similarity" para ser publicado en la revista Microbial Ecology.

    • Metagenomic Insights into Microbial Adaptation to the Salinity Gradient of a Typical Short-residence-time Estuary ( 2024 / 2024 )

      Tipo de publicación: Anales
      Cantidad: Menos de 5
      Revisión del manuscrito titulado "Metagenomic Insights into Microbial Adaptation to the Salinity Gradient of a Typical Short-residence-time Estuary" de los autores Ziheng Wu, Minchun Li, Liping Qu, Chuanlun Zhang Wei Xie, para ser publicado en la revista Microbiome.

• Formación de RRHH

  • Tutorías concluidas

    • Grado

      • Implementación de la herramienta Mg-Clust, dedicada a la identificación de marcos de lectura abiertos en datos metagenómicos y a su agrupación en unidades proteicas operativas. (2024 - 2024)

        Docente adscriptor/Practicantado
        Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Centro Universitario Regional del Este / Rocha , Uruguay
        Programa: Centro Universitario del Oeste
        Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad ( Pereira Flores, Emiliano , Cecilia Alonso )
        Nombre del orientado: Patricia Viera
        País: Uruguay
        Palabras Clave: Metagenómica Caracterización funcional Unidades Proteicas Operacionales

  • Tutorías en marcha

    • Posgrado

      • Determinación de rutas metabólicas vinculadas a las tasas de respiración y producción primaria en un sistema acuático costero-marino (2021)

        Tesis de maestria
        Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Centro Universitario Regional del Este / PDU Ecología Funcional de Sistemas Acuáticos , Uruguay
        Programa: Maestría en Biología, PEDECIBA
        Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad ( Pereira Flores, Emiliano , Alonso, Cecilia )
        Nombre del orientado: Jaun Andrés Zanetti
        Medio de divulgación: Internet
        País/Idioma: Uruguay, Español
        Palabras Clave: Micrbiología Balance producción - respiración Captación de CO2

      • Análisis espacio-temporal de patrones y procesos del ciclo del carbono en ambientes marino costeros integrando datos fisicoquímicos y de genómica ambiental (2019)

        Tesis de doctorado
        Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Centro Universitario Regional del Este / Sede Rocha , Uruguay
        Programa: Doctorado PEDECIBA Biologia
        Tipo de orientación: Cotutor en pie de igualdad ( CAROLINA CRISCI , Calliari, D. , Pereira Flores, Emiliano , CECILIA ALONSO )
        Nombre del orientado: Belén González Pino
        País/Idioma: Uruguay, Español
        Palabras Clave: Comunidades de Microorganismos Marinos Ciclo del Carbono Producción Bacteriana
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Microbiana

    • Otras

      • Identification of key bacteria for ecological dynamics in a coastal marine observatory (2024)

        Orientación de posdoctorado
        Sector Educación Superior/Público / Universidad de la República / Centro Universitario Regional del Este / Rocha , Uruguay
        Programa: Estadía de Posdoctoral
        Tipo de orientación: Cotutor
        Nombre del orientado: Erick Mateus-Barros
        País/Idioma: Uruguay,
        Palabras Clave: Marine microbiome; Time-series data; Core-satellite hypothesis;
        Areas de conocimiento:
        Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ecología / Ecología Microbiana

• Otros datos relevantes

  • Premios, Honores y Títulos

    • Cargo de Asistente G2 40 hs para cumplir funciones en la Unidad de Genómica y Bioinformática del Departamento de Ciencias Biológicas, del CENUR Litoral Norte (2023)

      (Nacional)
      CENUR Litoral Norte
      Aprobación del llamado G2 40 horas para cumplir funciones en la Unidad de Genómica y Bioinformática del Departamento de Ciencias Biológicas. Puntaje 85.
      

    • Cargo Profesor Adjunto G3 40 horas. (2023)

      (Nacional)
      Centro Universitario Regional Este
      Cargo G3 40 horas para cumplir funciones dentro de la propuesta "Fortalecimiento de la oferta docente en Microbiología, Biología Molecular y Bioinformática: Aplicaciones en Ciencias Ambientales y Biomédicas" en el Centro Universitario Regional Este - Rocha, dentro del Departamento Interdisciplinario de Sistemas Costeros y Marinos (DISCoMar). Concurso y cargo ganado por oposición y méritos.
      

    • Proyecto Despegue Científico (PEDECIBA) (2023)

      (Nacional)
      Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas (PEDECIBA)
      Financiación del proyecto titulado "Desarrollo de herramientas bioinformáticas en ecología microbiana: estimando la distribución de rasgos funcionales en datos metagenómicos" en la convocatoria 2023 del programa Despegue Científico de PEDECIBA.
      

    • Grupo CSIC I+D (2022)

      (Nacional)
      omisión Sectorial de Investigación Científica (CSIC)
      Participante del proyecto grupo CSIC I+D financiado en la convocatoria 2022, titulado "Desarrollo y aplicación de herramientas moleculares, biotecnológicas y bioinformáticas para el estudio de la ecología de microorganismos marinos".
      

    • Investigador G3 PEDECIBA Biología (2020)

      (Nacional)
      Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas (PEDECIBA)
      En la convocatoria de ingreso a investigadores del Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas, he ingresado como investigador activo grado 3.
      

    • Proyecto CSIC I+D titulado "Hacia el desarrollo de una plataforma para el análisis de datos metagenómicos: integrando bioinformática y ecología microbiana funcional" (2020)

      (Nacional)
      Comisión Sectorial de Investigación Científica (CSIC), convocatoria I+D 2020.
      En este trabajo, nos proponemos desarrollar una plataforma para el análisis de datos metagenómicos enfocada en aproximaciones de ecología funcional. Concretamente, desarrollaremos una serie de herramientas para la cuantificación de rasgos funcionales a nivel metagenómicos. Asimismo, como parte de este trabajo, estaremos aplicando dicha plataforma para el análisis de datos metagenómicos generados en nuestro laboratorio.
      

  • Presentaciones en eventos

    • SAME18 - Barcelona Aquatic Microbiomes on a Changing Planet (2025)

      Congreso
      Presentación del poster titulado "Seasonal Dynamics and Thermal Vulnerability of Marine Microbial Communities in a Coastal South Atlantic Warming Hotspot". Autores: Emiliano Pereira, Juan Zanetti, Luciana Griffero, Ana Martínez, Rudolf Amann, Cecilia Alonso
      España
      Tipo de participación: Poster
      Carga horaria: 40
      Nombre de la institución promotora: Instituto de Ciencias del Mar, Barcelona, España
      Alcance geográfico: Internacional Palabras Clave: Marine metagenomics Marine microbial ecology Global warming Thermal vulnerability
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Microbiana Marina
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica Ambiental
      Abstract Seasonal dynamics and thermal vulnerability of marine microbial communities in Uruguayan coastal waters In an era of accelerating ocean warming, deciphering the drivers of microbial community composition becomes more urgent than ever. Long-term time-series studies are particularly powerful for this purpose. However, most previous works remain confined to the Northern Hemisphere and focus solely on taxonomy, leaving the Southern Hemisphere underrepresented and microorganisms? functional dimensions underexplored. Further, phenomena such as current-driven community shifts and microbial vulnerability to ocean warming are rarely understood. In this work, we sought to bridge these knowledge gaps by investigating microbial communities using metagenomic (shotgun) and metataxonomic (16S rRNA) data collected over two years at the Southern Atlantic Microbial Observatory, off the coast of Uruguay. By applying a suite of different ecological analyses, we revealed strong seasonal shifts driven by environmental variability and the influence of the Brazil?Malvinas ocean currents, resulting in two community states (summer?autumn vs winter?spring). The communities from these semesters exhibited contrasting composition, diversity, and assembly mechanisms. Notably, these results also showed that taxonomic and functional diversity trends diverge between these periods. Crucially, our work suggests that the predicted tropicalization of Uruguay's coast is likely to boost taxonomic richness but erode functional repertoires, while also increasing vulnerability to ocean warming, potentially undermining biogeochemical functioning.

    • SAME18 - Barcelona Aquatic Microbiomes on a Changing Planet (2025)

      Congreso
      Presenetación oral por la Dra. Paula Huber del trabajo titulado "Protein-based functional signatures reveal global patterns of ocean microbial metabolism" Autores: Paula Huber, Celio Dias Santos Junior, Roniel Freitas-Oliveira, Emiliano Pereira, Daniele de Angelis, Pablo Sánchez, Lorna Richardson, Ekaterina Sakharova, Stéphane Pesant, Daniele Iudicone, Silvia G. Acinas, Hugo Sarmento
      España
      Tipo de participación: Otros
      Carga horaria: 40
      Nombre de la institución promotora: Instituto de Ciencias del Mar, Barcelona, España
      Alcance geográfico: Internacional Palabras Clave: Ocean microbiome Functional diversity Operational Protein Units (OPUs) Functional dark matter
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología Microbiana Marina
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica Ambiental
      Abstract Protein-based functional signatures reveal global patterns of ocean microbial metabolism Marine microbes drive ocean ecosystem processes and global biogeochemical cycles. While prior studies have explored their taxonomic and functional biogeography, the potential metabolisms underpinning biogeographical patterns are still poorly understood. To address this, we analyzed 1,379 marine metagenomes using a sensitive clustering strategy that groups protein sequences into Operational Protein Units (OPUs), capturing both known and uncharacterized metabolic functions. This high-resolution profiling approach allowed us to move beyond traditional gene annotations and tap into the so-called ?functional dark matter? of microbial life. From this comprehensive OPU-dataset, we used machine learning to identify Ocean Microbiome Signatures (OMSs)?distinct functional assemblages that reflect the metabolic repertoire and ecological roles of microbial communities. We identified ten OMSs that collectively capture key metabolic capacities, each exhibiting specific spatial patterns and functional traits. For instance, some (OMS1, OMS3) are enriched in carbon fixation and energy metabolism, supporting productivity in sunlit, nutrient-poor waters. Others (OMS2) consist of resilient heterotrophs adapted to polar environments. Still others (OMS8, OMS10) specialize in stress resistance and nutrient transformation. By integrating both known and novel protein functions, our protein-level framework reveals new dimensions of the ocean microbiome's functional ecology, offering deeper insights into how microbial communities shape global biogeochemical processes.

    • 4º Taller de la Red colaborativa en Ecología Microbiana Acuática en América Latina (2024)

      Taller
      Presentación del poster titulado: Contrasting the composition, diversity, and assembly processes of marine microbial communities over time at the functional and taxonomic levels on the Uruguayan Atlantic coast
      Argentina
      Tipo de participación: Poster
      Carga horaria: 8
      Nombre de la institución promotora: MicroSudAqua
      Alcance geográfico: Internacional Palabras Clave: Metagenomics and metabarcoding Marine microbial ecology Southern Atlantic Microbial Observatory (SAMO) Global warming
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología microbiana marina
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica ambiental
      Contrasting the composition, diversity, and assembly processes of marine microbial communities over time at the functional and taxonomic levels on the Uruguayan Atlantic coast Emiliano Pereira, Luciana Griffero, Juan Andrés Zanetti, Cecilia Alonso Interdisciplinary Department of Coastal and Marine Systems, Eastern Regional University Center, University of the Republic, Uruguay

    • International Society of Microbial Ecology - Latin America (ISME-Lat) (2023)

      Congreso
      Presentación oral del trabajo de investigación titulado ?Characterizing and contrasting community assembly processes of marine microbial communities at the functional and taxonomic levels along time and environmental gradients?
      Argentina
      Tipo de participación: Expositor oral
      Carga horaria: 30
      Nombre de la institución promotora: ISME-Lat
      Alcance geográfico: Internacional Palabras Clave: Microbial ecology Environmental genomics Taxon-function decoupling
      

    • 3º Taller de la Red colaborativa en Ecología Microbiana Acuática en América Latina (2022)

      Congreso
      Encuentro/Taller bianual de la red colaborativa MicroSudAqua (https://microsudaqua.netlify.app)
      Brasil
      Tipo de participación: Expositor oral
      Carga horaria: 40
      Nombre de la institución promotora: Red colaborativa MicroSudAqua Palabras Clave: Ecología microbiana Genómica ambiental Bioinformática
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología Celular, Microbiología / Ecología microbiana
      En este evento, aunque no pude asistir presencialmente, se presentaron cuatro trabajos de los que soy coautor. Estos son: Explorando el uso de nuevos indicadores de calidad de agua basados en las comunidades microbianas Luciana Griffero, Emiliano Pereira, Belén González, Carolina Lescano, Lorena Rodríguez, Juan Francisco García-Reyes, Andrés Pérez, Cecilia Alonso Scale matters? The effect of spatial scale on ecological processes that drive aquatic bacterial communities Erick Mateus-Barros, Paula Huber, Pedro Junger, Sebastian Metz, Emiliano Pereira, Victor Saito, Inessa Lacativa, Maria Llames, Juan Pablo Niño-Garcia, Hugo Sarmento Estructura de la comunidad fitoplanctónica dentro de un área marina protegida Martínez-Goicoechea Ana, Emiliano Pereira, Carolina Lescano, Cecilia Alonso Relación entre la composición funcional de comunidades microbianas y la producción primaria y respiración en el observatorio marino SAMO Zanetti Juan Andrés, Calliari Danilo, Pereira Emiliano, Alonso Cecilia

    • 1 st DNAQUA International Conference (evento virtual) (2021)

      Congreso
      Presentación oral de la herramienta Mg-Traits dedicado al cómputo de rasgo funcionales en datos metagenómicos.
      Tipo de participación: Expositor oral
      Nombre de la institución promotora: DNAQUA Palabras Clave: Metagenómica Metabarcoding
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias de la Computación e Información / Ciencias de la Información y Bioinformática / Genómica Ambiental
      Video de la presentación: https://www.youtube.com/watch?v=xJtoJE9EFiU&t=212s

    • X Conferencia de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (2019)

      Congreso
      "Mining metagenomes for natural product biosynthetic gene clusters: unlocking new potential with ultrafast techniques", Emiliano Pereira, Pier Luigi Buttigieg, Marnix Medema, Peter Meinicke, Frank Oliver Glöckner, Antonio Fernández-Guerra
      Uruguay
      Tipo de participación: Expositor oral
      Nombre de la institución promotora: Sociedad Iberoamericana de Bioinformática Palabras Clave: Metagenomics Biosynthetic Gene Clusters Machine Learning
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Bioinformática
      

    • 2do Taller de la Red Colaborativa en Ecología Microbiana Acuática de América Latina (2019)

      Congreso
      "Fast and accurate average genome size and 16S rRNA gene average copy number computation in metagenomic data". Emiliano Pereira, Frank Oliver Glöckner, Antonio Fernández-Guerra
      Argentina
      Tipo de participación: Expositor oral
      Nombre de la institución promotora: Red Colaborativa en Ecología Microbiana Acuática de América Latina (SudAqua) Palabras Clave: Microbial ecology Metagenomics Functional traits Average genome size 16S rRNA gene average copy number
      

    • 41st Mediterranean Science Commission Congress (2016)

      Congreso
      "Biogeography of Biosynthetic Gene Clusters in the Marine Environment". Emiliano Pereira, Pier Luigi Buttigieg, Marnix Medema, Renzo Kottmann, Frank Oliver Glöckner, Antonio Fernández-Guerra
      Alemania
      Tipo de participación: Expositor oral
      Nombre de la institución promotora: The Mediterranean Science Commission Palabras Clave: Biosynthetic Gene Clusters Biogeography Marine Metagenomics
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Bioinformática
      

    • Society for Molecular Biology & Evolution Conference 2013 (2013)

      Congreso
      "Rooting Large Genome Flows Deep within Trees and Graphs". James A. Lake, Rafael R. de la Haba, Brook Sarna, Emiliano Pereira, Janet Sinsheimer.
      Estados Unidos
      Tipo de participación: Otros
      Nombre de la institución promotora: Society for Molecular Biology & Evolution Palabras Clave: Evolution Paralog Genes Genome Duplication Origin of Life
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Bioinformática
      

    • Gordon Research Conference, Marine Molecular Ecology (2013)

      Congreso
      "Variability at the Genomic Level in Microbial Environmental Samples". Emiliano Pereira, Lucia Garaña, Héctor Romero
      Hong Kong
      Tipo de participación: Otros
      Nombre de la institución promotora: Gordon Research Conferences Palabras Clave: Metagenomics GC Content Microbial Ecology and Evolution
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Bioinformática
      

    • Congreso de la Sociedad Uruguaya de Biociencias (2010)

      Congreso
      "Análisis de secuencias de ARNr 16S: diversidad y evolución de microorganismos en gradientes ambientales". Emiliano Pereira, Cecilia Alonso, Héctor Romero
      Uruguay
      Tipo de participación: Expositor oral
      Nombre de la institución promotora: Sociedad Uruguaya de Biociencias Palabras Clave: Genómica Ambiental Ecología y Evolución
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Bioinformática
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Ecología / Ecología Microbiana
      

    • 150 years of Darwin's Evolutionary Theory: a South American celebration (2009)

      Congreso
      "Tuning a phylogenetic classification for metagenomic samples based on homology, using simulated data". Emiliano Pereira, Héctor Romero, Héctor Musto
      Uruguay
      Tipo de participación: Otros
      Nombre de la institución promotora: Facultad de Ciencias, Universidad de la República Palabras Clave: Metagenomics Phyloclassification Microbial Ecology
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / ecología y evolución
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Bioinformática
      

    • Primeras jornadas de la Sociedad Uruguaya de Genética (2008)

      Congreso
      "Perfiles de contenido GC en muestras ambientales". Emiliano Pereira, Héctor Musto, Héctor Romero
      Uruguay
      Tipo de participación: Expositor oral
      Nombre de la institución promotora: Sociedad Uruguaya de Genética Palabras Clave: Metagenómica Contenido GC Ecología y Evolución
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Bioinformática
      

    • XII International Congress of Bacteriology and Applied Microbiology (2008)

      Congreso
      GC profiles in marine environment: the oxygen connection. Héctor Romero, Emiliano Pereira, Hugo Naya, Héctor Musto
      Turquía
      Tipo de participación: Otros Palabras Clave: Metagenomics GC content Microbial Ecology and Evolution
      Areas de conocimiento:
      Ciencias Naturales y Exactas / Ciencias Biológicas / Biología y Biología de la Evolución / Bioinformática
      

  • Construcción institucional

    • Integrante de la comisión electoral del Departamento de Sistemas Costeros y Marinos, del Centro Universitario Regional Este - Rocha, para realizar las elecciones del director y delegados docentes del departamento, realizada en agosto del 2023.
      
      
    • Responsable y co-responsable de las líneas de investigación tituladas "Desarrollo de herramientas bioinformáticas para el análisis de datos metagenómicos y su
      aplicación en ecología de comunidades microbianas" y "Relaciones diversidad-función de las comunidades microbianas en el ciclo del Carbono", respectivamente, llevadas a cabo en el grupo CSIC de Ecología microbiana de sistemas acuáticos.
      URL: https://formularios.csic.edu.uy/grupos/formulario/PrincipalAction.action?comando=ficha_completa&id=881062
      
      
    • Responsable del mantenimiento y administración de dos servidores de cómputo de alto rendimiento del Laboratorio de Ecología Molecular del CURE, configurados
      para el análisis bioinformático y estadístico de datos de genómica ambiental.
      

• Información adicional

  • Co-fundador de la empresa Ocean BioMetrics: oceanbiometrics.com
  
  

• Indicadores de producción

  Actividades	26
  Líneas de investigación	3
  Proyectos Investigación Desarrollo	7
  Docencia	9
  Extensión	6
  Gestión Académica	1
  Producción bibliográfica	25
  Artículos publicados en revistas científicas	16
  Completo	16
  Trabajos en eventos	5
  Documentos de trabajo	1
  Completo	1
  Preprints	3
  Producción técnica	6
  Productos tecnológicos	5
  Con registro o patente	5
  Otros tipos	1
  Evaluaciones	3
  Evaluación de proyectos	1
  Evaluación de publicaciones	2
  Formación RRHH	4
  Tutorías/Orientaciones/Supervisiones concluidas	1
  Docente adscriptor/Practicantado	1
  Tutorías/Orientaciones/Supervisiones en marcha	3
  Tesis de doctorado	1
  Tesis de maestria	1
  Orientación de posdoctorado	1